Прототип ночного истребителя Ju-88G был вооружен шестью 20-мм пушками MG-151/20. Четыре пушки монтировались в подфюзеляжной гондоле, две – по борту в нижней части фюзеляжа. Как выяснилось, носовые пушки при стрельбе слепили пилота в ночном полете, на серийных самолетах от них пришлось отказаться. Остались четыре подфюзеляжных пушки калибра 20 мм с боекомплектом по 200 снарядов на ствол. Четырех пушек вполне хватало, чтобы сбить любой самолет. На некоторых самолетах ставилась система «Шраге Мюзик» – две пушки MG-151/20 в фюзеляже стволами вверх. Оборонительный пулемет калибра 13 мм сохранился у стрелка-радиста.