«В течение дня Ленин вызывал Сталина бесконечное число раз... Большую часть дня Сталин проводил с Лениным».
Во время мирных переговоров с Германией в декабре 1917 года Ленин и Сталин для того, чтобы сохранить Советскую власть во что бы то ни стало, настаивали на принятии унизительных условий, предложенных Германией. Они думали, что Российская армия просто не способна сражаться. Бухарин и Троцкий хотели отвергнуть условия и объявить «революционную войну». Ленин считал, что эта ультралевая линия приведет в ловушку, поставленную буржуазией для того, чтобы ускорить падение большевиков. Во время переговоров с Германией Троцкий заявил: «Мы убираем наши армии и наших людей с войны... но мы считаем, что нас заставили отказаться от подписания мирного договора». Сталин утверждал, что в Германии нет признаков зарождающейся революции и что эффектный акт Троцкого не был удачным. Германия снова начала наступление, и большевики вскоре были вынуждены подписать еще худшие мирные условия. В это время партия была на грани катастрофы.
В январе 1918 года царский генерал Алексеев организовал добровольческую армию на Дону и Украине. В феврале Германская армия оккупировала Украину, чтобы «гарантировать ее независимость».
В мае 1918 года тридцать тысяч чехословацких солдат и офицеров оккупировали большую часть Сибири. Летом того же года, подстрекаемые Уинстоном Черчиллем Великобритания, Франция, Соединенные Штаты, Италия и Япония, в числе прочих, ввели свои войска, чтобы воевать против большевиков.
Начиная с марта 1918 года, Троцкий стал народным комиссаром по военным делам. Его задачей было организовать новую армию рабочих и крестьян под руководством 40 000 офицеров старой царской армии.
В июне 1918 года Северный Кавказ был единственной значимой хлеборобной областью, оставшейся в руках большевиков. Ей угрожала армия генерала Краснова. Сталин был послан в Царицын, будущий Сталинград, чтобы организовать транспортировку зерна. Он застал там полный хаос. 10 июля он писал Ленину, прося вооруженной поддержки для региона: «Я буду сам, без формальностей, свергать тех командармов и комиссаров, которые губят дело». Сталин был назначен председателем Военного совета Южного фронта. Позже Сталин противостоял бывшему царскому генералу артиллерии Сытину, назначенному Троцким командующим Южным фронтом, и главнокомандующему армии бывшему царскому полковнику Вацетису. Атаки на Царицын были успешно отбиты. Ленин расценил действия, предпринятые Сталиным, как образцовые.
В октябре 1918 года Сталин получил назначение в Военный совет Украинского фронта; его задачей было свергнуть режим гетмана Скоропадского, установленный Германией. В декабре, когда благодаря успехам реакционных отрядов Колчака ситуация на Урале стала критической, Сталин был послан с чрезвычайными полномочиями, чтобы положить конец катастрофе 3-й армии и вычистить некомпетентных комиссаров. По итогам своего расследования Сталин критиковал политику Троцкого и Вацетиса. На VIII съезде партии, в марте 1919 года, многие делегаты критиковали Троцкого «за его диктаторские замашки... за его восхищение специалистами, за его поток необдуманных телеграмм».
В мае 1919 года Сталин снова был отправлен с чрезвычайными полномочиями для организации обороны Петрограда от армии Юденича. 4 июня Сталин послал Ленину телеграмму, в которой, основываясь на захваченных документах, заявлял, что многие командиры Красной Армии тайно работают на «белых».
На Восточном фронте сильный конфликт разгорелся между его командующим С.С. Каменевым (не путать с Л.Б. Каменевым) и главнокомандующим Вацетисом. Центральный комитет принял окончательное решение в пользу последнего, и Троцкий подал заявление об отставке, которое не было принято. Вацетис был арестован и ждал приговора.
В августе 1919 года Белая армия Деникина двигалась к Москве с Дона, с Украины и с Юга России. С октября 1919-го и по март 1920 года Сталин руководил Южным фронтом и разгромил Деникина.
В мае 1920 года Сталин был направлен на Юго-Западный фронт, где Польская армия угрожала городу Львову на Украине, а отряды барона Врангеля — Крыму. Поляки оккупировали большую часть Украины, включая Киев. На Западном фронте Тухачевский провел контратаку, прогнав агрессора до Варшавы. Ленин надеялся победить в войне с реакционной Польшей. Было даже сформировано временное Польское Советское правительство. Сталин предостерегал против таких действий: «Классовый конфликт еще не набрал силы, чтобы разрушить чувство национального единства».