Сначала возникло предположение, что убийца — отчим, который хотел получить большую сумму денег, вроде бы оставленную мальчику отцом. Но «общественность» не дремала. Все чаще и чаще стали появляться антисемитские статьи, в которых доказывалось, что мальчика — тем более богобоязненного и мечтавшего стать священником! — убили, просто должны были убить евреи. К тому же убийство произошло в субботу, незадолго до еврейской Пасхи. Такие «мелочи», что суббота считается у евреев днем, предназначенным для молитв и отдыха, когда ничего нельзя делать, а также то, что в рецепт мацы ничья кровь — ни человеческая, ни животная — не входит, не имело никакого значения. Члены Союза русского народа отслужили панихиду по Андрюше Ющинскому и установили на его могиле крест. Мальчика стали потихоньку превращать в мученика, чуть ли не в страдальца за веру.
Журналисты, политики и просто «взволнованные граждане» все чаще говорили и писали, что это явно ритуальное убийство, и никакие доводы не действовали. И даже миф о ритуальных убийствах христианских младенцев гласит, что кровь должна быть получена у живой жертвы — очевидно, чтобы злодеи могли насладиться мучениями ребенка. Но эксперты доказали, что бóльшая часть ран была нанесена мальчику уже после смерти. Это тоже никого не убедило.
«И первым, и вторым вскрытием отвергнуто предположение о сексуальном и ритуальном характере убийства», — написал вовсе не еврей и не либеральный адвокат, а митрополит Киевский Флавиан.
Начальник Киевского сыскного отделения Евгений Мищук сначала изучил ритуальную версию убийства, но затем все больше начал концентрировать свое внимание на Вере Чеберяк, хозяйке воровского притона. Андрюша Ющинский дружил с ее сыном Женей. Убийцы так и не были найдены, но сегодня наиболее правдоподобной считается именно версия, которую начал разрабатывать Мищук: Женя Чеберяк поссорился с Андрюшей, и тот пригрозил всем рассказать, что Женина мама покупает и продает ворованные вещи. Женя наябедничал маме, а мама и ее подручные решили подстраховаться. Мищук в конце концов пришел к выводу, что убийство «было совершено преступным миром с целью симулировать ритуальное убийство и вызвать еврейский погром». Он считал, что, во-первых, Чеберяк и другие злоумышленники хотели отвести от себя подозрения, а во-вторых, погром — это всегда возможность безнаказанных грабежей. Мищука быстро отстранили от дела, обвинили в подлоге и арестовали. Следователей все больше подталкивали к тому, чтобы найти доказательства ритуального характера убийства.
И раз уж так нужно было доказать, что мальчика убили евреи, то надо было найти подходящего еврея.
Тут в дело опять вмешались «представители общественности». Почти с самого начала на расследование активно пытался давить человек, которого сегодня назвали бы «православным активистом», — молодой студент, председатель общества «Двуглавый орел» Владимир Голубев. Голубев был, как мы бы сказали, «мальчиком из хорошей семьи». Его отец был церковным историком, брат — архиепископом. Сам он учился в гимназии в одном классе с Михаилом Булгаковым, затем поступил на юридический факультет университета, вступил в Союз русского народа, а вскоре еще и в патриотическое общество молодежи «Двуглавый орел», и начал издавать газету «Киев».
Голубев был энергичным молодым человеком. Он устроил в Киеве антипольскую демонстрацию, во время которой студенты отправились к зданию редакции польской газеты на Крещатике и стали бросать в окна камни и бутылки с чернилами. Позже они пытались бить стекла издательства либеральной газеты «Киевская мысль», но там им оказали сопротивление.
Позже, уже в 1912 году, в разгар дела Бейлиса, один журналист пришел в редакцию газеты, издававшейся обществом «Двуглавый орел», но его вопросы не понравились сотрудникам и они его попросту избили. Через некоторое время другая газета опубликовала карикатуру на Голубева, так он тут же явился в редакцию, где «встал и вдруг, не говоря ни слова, развернулся и с такой силой ударил г. Ларского [редактора] по лицу, что тот в первое время от неожиданности не мог опомниться, и только когда Голубев направился к выходу, крикнул, чтобы позвали полицию и задержали Голубева».
Вот этот симпатичный молодой человек изучил территорию рядом с тем местом, где было найдено тело Андрюши Ющинского, и обнаружил там — ура! — «усадьбу некоего жида Зайцева» с принадлежавшим ему кирпичным заводом, а рядом жил «его управляющий, какой-то еврейчик Мендель». Именно об этом Голубев заявил следователю, добавив: «Лично мое мнение, что убийство, скорей всего, совершено или здесь, или в еврейской больнице. Доказательств, конечно, этому я представить не могу».