В тот же 1654 г. 2 августа в Калугу прибыл проездом в Москву антиохийский патр. Макарий. В записках диакона Павла Алепского имеются некоторые заметки о Калуге. «Городская крепость, говорится там, стоит на вершине высокого холма, и в настоящее время работают над сооружением другой новой крепости, ниже первой, на скате холма, с каменными основаниями и прочными башнями, с целью обнести стеной несколько выступающих здесь прекрасных источников с вкусной водой. Начало их находится у самой стены старой крепости со стороны, обращенной к реке; при них устроены удивительные сооружения… В городе 30 благолепных прекрасных церквей; их колокольни легкие изящные, приподняты, как минареты; куполы и кресты красивы. Вблизи церквей два величественных монастыря: один для монахов, другой для монахинь». Накануне Преображения патриарх отстоял службу в новой церкви в честь Воскресения, «как бы висячей, с окружной галереей». А на другой день, в праздник, патриарх слушал там же утреню и литургию, после которой калужские торговые люди прислали патриарху яблок, груш и дынь. Прекрасные плоды очень понравились чужестранцам. Патриарху пришлось пробыть в Калуге до 11 августа. Его предписано было отправить из Калуги водою в Коломну по случаю чумы. Однако, с отправлением вышла задержка из‑за ямщиков. «И как суды изготовили… и патриарх и власти из дворов вышли в суды, августа в 9 день, а ямщики того числа кормщиков и гребцов не дали. И августа 10 пришли ко мне (Камынину) калужские ямщики Микитка Назаров с товарищи, многие люди, и выслушав твою государеву грамоту, отказался, что им кормщиков и гребцов под патриарха и под властей не давать». Воевода велел «наймовать ямщиков и гребцов — охочих людей, чтоб патриарху в судех простою не было». На другой день, однако, ямщики прислали кормщиков и гребцов, и патриарх мог ехать. Такая же заминка случилась и на обратном пути патриарха, уже при новом воеводе Мих. Андр. Еропкине. «Ямской приказчик, жаловался патриарх уже с дороги царю, пришед сказал, что изготовлено для него 22 подводы (патриарх ехал в собственной карете, бывшей на сохранении в Калуге; лошади же его, оставленные здесь и в Воротынском Спасском монастыре, „истратились“ или пропали), и подорожную о подводах взял к себе списать; и того же дня те подводы отдал он торговым гречанам, а ему, патриарху, в тех подводах отказал, а подорожную бросил ему, патриарху, в груди и тем его тот ямской приказчик обезчестил».
В свою очередь ямской приказчик Петрунька Бохтияров бил челом, что «марта 26 приехал с Москвы Антиохийский патр. Макарий, и заслыша калужские ямщики, что приехал патриарх в Калугу, разбежались. И призвали меня толмачи к патриарху, учали на мне, холопе твоем, подвод править, и велели меня, холопа твоего, на правеже бить до полусмерти, и били меня, холопа твоего, поваля лежачего по ногам дубиною. Да они же, толмачи, говорят мне, холопу твоему, будто я с гречан посул взял и подводы им дал. А приехали те гречане первее его, патриарха, за день, и воевода ко мне пристава прислал и подводы велел тем гречанам дать. И я, холоп твой, тем гречанам 22 подводы дал, а посулу с них, гречан, не брал. И так то меня, холопа твоего, велели бить на правеже на смерть, и от того правежу на смертной постели лежу. И после того правежу собрал я, холоп твой, в ямской слободе 17 лошадей, и он, патриарх, всего взял из тех лошадей 6». «Однако, ямскому приказчику веры не дали; его приговорили „казнить“: отсечь ему мизинец правыя руки» и «от его дела отставить». Но приказчик успел своевременно сбежать, неведомо куда…
Прерванное мором благополучное возрастание Калуги пошло своим порядком после эпидемии. В 1681 г. в ней было уже 1045 дворов. В это время в Калуге была хорошая крепость, которая подробно описана в 1685 г. воеводою и писцом Иваном Полуехтовым. Крепость была деревянная: «город рубленой, покрыт тесом». Окружность крепости была 734 1/2 с.; на такое же расстояние тянулся окружавший сооружения вал. Вышина наружной стены крепости была 3 с. Башен было 12, из них три проезжих. Башни все были деревянные, высотою от 5 до 7 с. Проезд в крепость шел от Ильинской церкви, около которой стояла «Ильинская проезжая первая башня, пятиугольная, мерою вверх 6 с., а вверху шатрик пяти же угольный; поперег той проезжей башни кругом на две стороны два киота над воротами; в одном — образ Спаса, а в другом — Знамения пр. Богородицы, да изнутри города — третий киот, в нем образ Ильи пророка. Против ворот мосту дубоваго к площади 27 с.