На сегодняшний день Великим магистром Ордена являлся француз Жан де Вилье. Он был 80-м Великим магистром в истории Ордена.
Великий командор — религиозный глава Признанных Рыцарей и Рыцарей и Дам — послушников. В его обязанности входит распространение принципов справедливости, курирование Великих и малых Приоратов, составление отчетов в Ватикан о визитах, о состоянии дел и о жизни Ордена и общий присмотр за религиозными аспектами деятельности Признанных Рыцарей и Рыцарей-послушников. В частности, он отвечает за обучение членов Суверенного ордена тому, как правильно выполнять принципы Tuitio Fidei e Obsequium Pauperum (жить по справедливости и заботиться о бедных и больных). Великий командор также отвечает за часовню Дворца Магистра и организацию паломничеств. Он является регентом Великого магистра в случае его смерти, отставки или недееспособности. Сейчас эту должность занимал Его Преосвященство преподобный бейлиф фра Румерштайн, Людвиг Хоффманн фон Румерштайн.
Великий канцлер является главой исполнительной ветви власти. Он отвечает за международную политику и дипломатические миссии Ордена. Он также является министром внутренних дел и отвечает за отношения с сорока семью Национальными ассоциациями Ордена во всем мире. По распоряжению Великого магистра и в соответствии с Конституциональной Хартией и Уставом Великий канцлер уполномочен представлять Орден в отношениях с другими странами, претворять в жизнь политику Ордена, осуществлять руководство внутри Ордена и координировать деятельность Правительства Ордена. На сегодняшний день Великим канцлером Мальтийского Ордена являлся Альбрехт Фон Бозелагер. Его полномочия были подтверждены соответствующим указом Папы Римского.
Великий госпитальер является министром гуманитарной деятельности и международных отношений. Он координирует и руководит деятельностью Великих приоратов, Национальных ассоциаций и прочих организаций Ордена во всем мире, участвующих в благотворительной и гуманитарной работе. Он также следит за тем, чтобы соблюдались христианские принципы заботы о ближнем и уважения человеческого достоинства. Ему помогает Совет, состоящий из представителей тех регионов, в которых Орден проводит свою работу. Сейчас Великим госпитальером являлся Его Превосходительство Бейлиф Большого Креста Чести и Преданности в Послушании фра Доминик, принц де Ларошфуко-Монбель.
Хранитель Общей Казны — министр финансов — распоряжается финансами и собственностью Ордена по согласованию с Великим канцлером, под начальством Великого магистра и под контролем Совета аудиторов. Он должен составлять ежегодные отчеты об экономическом и финансовом состоянии Ордена и представлять их на одобрение Совету аудиторов и Великому магистру после одобрения Суверенным Советом. Также после одобрения Суверенным Советом он представляет на рассмотрение Великому магистру документы об унаследованных, пожертвованных или подаренных Ордену средствах или имуществе и о продажах имущества Ордена и последующем вложении средств. Он контролирует и руководит Почтовой службой Магистра и, через Генерального секретаря, внутренними службами резиденции Магистра и их персоналом, офисом технических служб и интендантскими службами дворца Магистра и прилегающих зданий. По поручению Великого магистра Хранитель Общей Казны осуществляет надзор за организациями Ордена и их работой. Он подписывает акты продажи и покупки и прочие контракты, касающиеся имущества Ордена и Приоратов. На сегодняшний день Хранителем Общей Казны являлся Его Превосходительство Рыцарь Большого Креста Чести и Преданности в Послушании граф Янош Эстерхази-Галанта.
Генеральный Капитул является высшей ассамблеей рыцарей Ордена и созывается каждые пять лет для избрания членов Суверенного Совета, государственных советников, утверждения возможных изменений в Конституционную Хартию, других законодательных актов, а также для решения наиболее значимых проблем деятельности Ордена.
СМО имеет свои судебные органы — апелляционный суд и суд первой инстанции, которые занимаются исключительно дисциплинарными вопросами.
Папа Римский назначает своего представителя в СМО (в настоящее время — архиепископ Джованни Беччини, заместитель Государственного секретаря Ватикана по общим вопросам), которому помогает прелат Ордена, также назначаемый Папой и являющийся помощником Великого Магистра в духовной деятельности.