Часть капитанов указывала на то, что боевые рубки многих кораблей плохо выполняют свои функции по защите находившегося внутри личного состава. В частности, из-за слишком широких и неудачно расположенных амбразур вместо того, чтобы рассеивать осколки, они их улавливали. Макаров сразу же осознал проблему и отдал приказ поставить дополнительные броневые плиты в самых уязвимых местах.
Стессель вел себя по-джентельменски, но его подчиненные Фок и Никитин писали в Мукден и Петербург многочисленные жалобы на превышение Макаровым своих полномочий. И хотя тот не обращал особого внимания на подобную чушь, подковерная борьба расстраивала, заставляя нервничать и отвлекаться. Хорошо хоть, что Макаров нашел верных союзников в лице генералов Белого и Кондратенко. С ними он провел множество часов, во время которых посетил самые важные батареи, включая Электрический утес и Артиллерийскую. Неутомимо осматривая укрепления, он обговаривал различные моменты по взаимодействию двух родов войск.
Тяжело, со скрипом, составили и подписали секретный план совместных действий. Большую помощь оказал прибывший из Петербурга полковник Агапеев, взявший на себя координацию общих действий. Адмирал назначил его начальником военного отдела Штаба.
Получившего полтора месяца назад звание контр-адмирала Иссена Макаров еще до прибытия в Артур отправил во Владивосток, поручив возглавить отдельный отряд крейсеров. Для солидности командовать им должен был именно адмирал, и для подобной деятельности Карл Петрович оказался к месту. Иссен быстро добрался по железной дороге до места новой службы и теперь вовсю осваивался.
— Карл Петрович, постарайтесь в кратчайшие сроки подготовить отряд к выходу в море. От вас мне нужна энергия и решимость сражаться, — писал ему Макаров. Жаль, но прямой телефонной линии между портами пока не существовало, приходилось использовать телеграф или почту, что существенно затрудняло связь и скорость принятия решений. — Я рассчитываю, что мы с вами одновременно выйдем в море, чем доставим неприятелю изрядные сложности.
Иссен трудился во Владивостоке и Макаров надеялся, что тот справится с поставленными задачами, расшевелив тамошнее сонное болото. Адмирал с радостью поручил бы подобную честь своим любимцам, Эссену или Храброву, но оба были еще слишком молоды, подобное решение вызвало бы недовольство среди прочих капитанов. Хотя, теоретически, Храбров, после победного для себя сражения у Чемульпо мог бы занять эту должность, но на ней Макаров желал видеть именно адмирала. Так что им, а особенно Эссену, требовалось еще раз зарекомендовать себя, проявить в настоящем деле, дабы адмирал мог с полным основанием более активно продвигать их в чинах.
Три раза Макаров выходил в море на крейсерах, пользуясь их скоростью и тем, что японцы в эти дни не беспокоили. Рейценштейн наконец-то привел свой корабль и экипаж в сносное состояние, так что теперь можно было использовать и его. «Аскольд», «Новик» и «Наследник» попеременно предоставили адмиралу возможности осмотра побережье, воочию увидеть с моря батареи и укрепления города, заодно проведя небольшие рейды, пробежавшись до Дальнего, островов Мяо-Дао и нескольких бухт. Во время одного из них, находясь на «Аскольде», Макаров принял участие в кратковременной схватке, по результатам которой крейсер потопил шальной японский миноносец.
В ночь на 10 марта командующий самолично произвел разведку побережья Квантуна, островов Элиот и Блонд, используя миноносцы. Эти острова находились в восьмидесяти милях от Артура и всего в десяти от бухты Бидзиво, которая являлась удобным местом для высадки японских войск на Квантунском полуострове. Разведка прошла успешно. Макаров благополучно вернулся в родной порт под утро, а вот миноносец «Решительный» отстал от общей группы и как выяснилось впоследствии, примкнул к японцам, приняв их в темноте за своих. Утром правда вскрылась, а японцы расстреляли русский корабль. Потеря выглядела не столь серьезной, сколько обидной, предоставив недругам очередной повод для язвительности и сплетен. Сам адмирал весьма нервно воспринял гибель миноносца и его экипажа.