Книги, названной в указе императрицы, у Новикова не обнаружили, как и церковных литер, зато нашли в лавках 20 книг, ранее запрещенных, и масонские издания, не проходившие цензуру.
Началось следствие. Екатерина присылала Прозоровскому инструкции, о чем «нужно спросить» Новикова, фактически сама вела дознание. Среди изъятых бумаг оказались и те, которые особенно интересовали императрицу, — бумаги о связях московских масонов с великим князем Павлом Петровичем: отчеты архитектора В. И. Баженова о его свиданиях с наследником. После этого следствие приняло четкое направление. Лопухин в своих «Записках», написанных около двадцати лет спустя после этих событий, когда все было уже спокойно обдумано, когда стали известны многие, ранее скрытые обстоятельства, пишет: «Вопросы сочинены были очень тщательно. Сама государыня изволила поправлять их и свои вмещать слова. Все метилось на подозрение связей с тою ближайшею к престолу особою, как я упоминал выше; прочее же было, так сказать, только для расширения завесы». Но во время допросов Лопухин не разделял, что было главным, а что завесой — всё казалось существенным, и никак нельзя было понять, в чем же заключается обвинение Новикова.
Связи московских масонов с цесаревичем через Баженова оказались малозначащими: в 1774 году Новиков, по предложению Баженова, передал Павлу несколько книг — дело обычное в издательской практике. Второй раз, в 1788 году, Баженов отвез еще несколько книг, которые были приняты благосклонно, но при этом Павел спросил, нет ли в их, то есть новиковского общества, деятельности чего худого; Баженов уверил, что ничего худого нет; на что цесаревич ответил: «Бог с вами, только живите смирно». Третья встреча состоялась в 1791 году; как только Баженов заговорил о масонах, Павел с гневом грубо оборвал его: «Я тебя люблю и принимаю как художника, а не как мартиниста; об них же и слышать не хочу, и ты рта не разевай об них говорить».
У Прозоровского сложилось впечатление, что Новиков хитрит и что-то скрывает, хотя тот рассказал о встречах Баженова с Павлом все, что знал. Видимо, именно эта откровенность и казалась генералу подозрительной. «Такого коварного и лукавого человека, — писал он, отчитываясь перед Екатериной, — я, всемилостивейшая государыня, мало видел. К тому же человек натуры острой, догадливый и характер смелый и дерзкий, хотя видно, что он робеет, но не замешивается. Весь предмет его только в том, чтобы закрыть его преступление».
Императрица распорядилась перевезти Новикова в Петербург, в Тайную канцелярию, к Шешковскому, и 17 мая под эскортом команды гусар Новиков был отправлен из Москвы для содержания в Шлиссельбургской крепости.
Отправляя вместе с Новиковым в Петербург бумаги, взятые при обысках, и протоколы допросов, Прозоровский обращал внимание Шешковского на оставшихся в Москве масонов:
«Заметить я вам должен злых его товарищей:
Иван Лопухин.
Брат его Петр, прост и не значит ничего, но фанатик.
Иван Тургенев.
Михаил Херасков.
Кутузов, в Берлине.
Кн. Николай Трубецкой, этот между ими велик; но сей испугался и плачет.
Профессор Чеботарев.
Брат Новикова и лих и фанатик.
Кн. Юрья Трубецкой, глуп и ничего не значит.
Поздеев.
Татищев, глуп и фанатик.
Из духовного чину:
Священник Малиновский, многих, а особливо женщин, духовник; надо сведать от Новикова, кто еще есть из духовного чина, их надо отделить от духовного звания. Прошу ваше превосходительство команду ко мне не замедля возвратить».
Несколько дней спустя в частном письме Шешковскому князь Прозоровский высказывал ему сочувствие: «Экова плута тонкова мало я видел. Не без труда вам будет с ним, лукав до бесконечности, бессовестен и смел и дерзок. Верю, что вы с ним замучились, я не много с ним имел дела, да по полету приметил, какова сия птичка, как о том и ее величеству донес».
Когда в Москве стало известно, что Новикова отправили к Шешковскому, то поняли, что дело действительно серьезное.
Никто не знал в точности, в чем обвиняется Новиков, и эта неизвестность еще более пугала.
Карамзин так же, как и все, мог только гадать о вине Новикова, но, хорошо его зная, был уверен, что ни в чем преступном тот замешан быть не может.
Среди приятелей и поклонников Новикова были вельможи, занимавшие высокие посты, имевшие вес при дворе, но, поскольку делом Новикова занималась сама императрица, все от него отступились. Единственным, кто осмелился публично высказать свое возмущение арестом известного просветителя, был Карамзин.