Но после того как в середине 1770-х годов масонством заинтересовался цесаревич Павел Петрович, Екатерина стала видеть в масонах потенциальных заговорщиков, что ставят своей целью свергнуть ее и возвести на российский престол Павла, который по закону имел на него более прав, чем она.
Посвящение Павла в масоны происходило тайно, у него в апартаментах. Свидетелями были лишь Елагин и Панин. Имя цесаревича не заносили в списки масонов, поэтому никто не мог подтвердить достоверность слухов о его масонстве, но и Екатерина, и московские масоны, по разным, конечно, причинам, были уверены в их правдивости.
Московские масоны, в общем-то далекие от двора, идеализировали Павла. Они наделяли его чертами просветителя и конституционалиста Панина, его воспитателя. В одном анонимном стихотворении тех лет, ходившем по рукам, говорилось:
В среде московских масонов исполнялась посвященная Павлу песня; автором ее был И. В. Лопухин:
Через архитектора В. И. Баженова, бывшего масоном, Новиков дважды посылал книги цесаревичу. Видимо, Екатерина узнала об этом. Известен ее разговор с московским генерал-губернатором князем Прозоровским, человеком необразованным, недалеким, но усердным службистом. «Для чего ты не арестуешь Новикова?» — вроде бы шутя спросила Екатерина. «Только прикажите, государыня!» — отвечал Прозоровский. «Нет, надобно найти причину», — недовольно сказала императрица. Но Новиков, к великому сожалению Екатерины, не давал повода для преследований. Не потому, что был осторожен и предусмотрителен, просто он не делал ничего противозаконного.
В сентябре 1784 года повод появился: императрице доложили, что иезуиты недовольны напечатанной Новиковым в прибавлениях к «Московским ведомостям» статьей «История ордена иезуитов». Екатерина отправляет указ московскому обер-полицмейстеру Архарову: «Уведомившись, что будто бы в Москве печатают ругательную историю ордена иезуитского, повелеваем запретить таковое напечатание; а ежели бы оная издана была, то экземпляры отобрать; ибо, дав покровительство наше сему ордену, не можем дозволить, чтоб от кого-либо малейшее предосуждение оному учинено было». Но поскольку статья прошла цензуру, дело кончилось тем, что запретили печатать ее продолжение.
Следующий демарш против Новикова происходил уже на глазах Карамзина. В октябре 1785 года на Новикова поступило несколько доносов протоиерея кремлевского Архангельского собора Петра Алексеева. Видя неприязнь Екатерины к масонам, он стал доносить о московских масонах, что они проповедуют «расколы, колобродства и всякие нелепые толкования», послал ей изданную Новиковым книгу «Братские увещания к некоторым братиям свободным каменщикам», заметив при этом, что по ней «можете рассуждать и о прочих сего рода сомнениях, здесь печатаемых к соблазну немощных совестей, и тем самым кому бы запрещать надлежало, одобряемых». Екатерина повелела московскому генерал-губернатору: «В рассуждении, что из типографии Новикова выходят многие странные книги, прикажите губернскому прокурору, сочиня роспись оным, отослать оную с книгами вместе к Преосвященному архиепископу московскому, а Его Преосвященство имеет особое от нас повеление как самого Новикова приказать испытать в законе нашем, так и книги его типографии освидетельствовать, что окажется, нам донести и Синод наш уведомить».
Архиепископ Платон дал отзыв, не удовлетворивший Екатерину: собственно литературные издания он похвалил, ибо они содействуют образованию, о масонских мистических изданиях сказал, что не понимает их, а посему и судить о них не может, о Новикове же написал: «Как пред престолом Божьим, так и пред престолом твоим, всемилостивейшая Государыня императрица, я одолжаюсь по совести и сану моему донести тебе, что молю всещедрого Бога, чтобы не только в словесной пастве, Богом и тобою, всемилостивейшая Государыня, мне вверенной, но и во всем мире были христиане таковые, как Новиков».