Оправившись от полученных увечий и немного придя в себя, хотя долго ещё не отпускала при резких движениях боль от сломанных рёбер и плохо заживала левая рука, Караваджо взялся за кисть. Первым делом он решил подправить «Давида с головой Голиафа», предназначавшегося для племянника папы кардинала Боргезе. Прежде всего он придал лицу поверженного Голиафа ещё больше боли и отчаяния, чтобы тот выглядел как незаслуженно пострадавшая жертва, а на лезвии меча в левой руке Давида вывел с трудом различимую надпись на латыни, в которой не был силён. Нацарапанные на стальной поверхности слова читаются примерно так: «Смирение побеждает высокомерие». Как же эта покаянная надпись отличается от прежнего девиза, украшавшего шпагу самого Караваджо: «Нет надежды, нет и страха!»
В ту зиму, когда он не находил себе места в анфиладах залов мрачного дворца, где за каждой дверью ему мерещилась засада, им была написана «Саломея с головой Иоанна Крестителя» (116x140). Возможно, его не устраивала прежняя одноимённая работа, находившаяся тут же среди перевезённых с оставленной квартиры картин, и он написал новый вариант, усилив интенсивностью цвета на непроницаемом чёрном фоне драматизм сцены, выделив не жертву казни, а её виновницу, красавицу Саломею, и палача. Отведя взгляд от лежащей на блюде головы, в которой угадываются черты самого автора, измождённого болезнью, Саломея выделяется на картине ниспадающей складками с плеча пурпурной накидкой, спорящей с чёрным фоном, и соблазнительно полуобнажённой грудью, стыдливо прикрытой гарусным коричневым шарфиком. Вместо прежнего палача-мясника с перебитой переносицей написан более молодой исполнитель приказа царской дочери, стоящий вполоборота с обнажённым торсом и смотрящий в некотором замешательстве на дело рук своих. На новой картине присутствует также фигура старой женщины в чепце; это единственный персонаж, осуждающий чудовищное злодеяние. Все герои картины выступают из кромешного мрака, и луч света выхватывает их фигуры из темноты, останавливаясь на лицах, руках, складках одежды и других деталях. Как известно, Караваджо писал картину в качестве покаянного дара для Виньякура, магистра ордена иоаннитов, но каким-то непонятным образом она оказалась в Испании. Не исключено, что картина не отсылалась на Мальту и кто-то отдал приказ попридержать её.
Не в силах сразу отойти от темы Крестителя — он продолжал считать себя кавалером братства иоаннитов, чем вызывал законный гнев в стане мальтийских рыцарей, считавших такое поведение дерзким вызовом, равно как и его побег с острова, — Караваджо пишет ещё две картины, посвященные юному Иоанну. Это дань молодости, когда художника привлекали вступающие в жизнь юнцы, которых на пути ждут суровые испытания. Позировал ему кто-то из дворцовой челяди. Но как же отличается этот подросток с задумчивым выражением лица от озорного Чекко на первой картине, написанной десять лет назад! Теперешний «Иоанн Креститель» (159x124) сидит с посохом в руке на камне, прикрытом красной накидкой, которая присутствует на всех шести картинах с юным Предтечей как символ его будущей кровавой казни. Здесь же другие неизменные атрибуты — кустик тиса, говорящий о нетленности, и барашек. Подросток сидит в неудобной позе и, чтобы не соскользнугь с камня, упирается ногой в поваленный на землю ствол дерева. Картина полна тревоги, отражая настроение самого автора. Завершает цикл картина из частного собрания на Мальте, на которой Креститель изображён сидящим у источника.
Агенту князя Маркантонио Дориа удалось проникнуть во дворец Челламаре, где он увидел на мольберте только что законченное полотно «Отречение святого Петра» (94x125,5), в котором Караваджо продолжил свой поиск выразительных средств в изображении реальной жизни, когда судьба способна так скрутить человека, что вынуждает его отречься от собственных убеждений. Но автор явно не согласен с такими поворотами судьбы и готов побороться за свою правоту, и это чувствуется по тому, как нервно он кладёт мазки на холст.