Казнь была назначена на пятницу 17 февраля. Совпадение более чем многозначительное, ибо для каждого итальянца число семнадцать приносит несчастье, а уж если не дай бог оно падает на пятницу, то откладываются все важные дела и лучше сидеть дома, не высовывая нос наружу. Однако церковь была противницей народных суеверий и предрассудков, рассматривая их как греховное проявление язычества. Не убоявшись кривотолков и злых языков, инквизиция выбрала этот несчастливый день для совершения «правосудия» в её понимании.
Обеспокоенные болезненным видом Караваджо, доведшего себя до исступления работой, братья Маттеи уговорили упиравшегося художника проветриться и прокатиться вместе к месту объявленного события, куда подойдут многие друзья. Караваджо согласился — ему хотелось попрощаться с человеком, который при первой встрече с ним ошеломил глубиной знаний и невероятной смелостью мысли в эти жестокие времена. На подъезде к месту казни карету пришлось оставить перед дворцом Канчеллерия, так как въезд на площадь Цветов был перекрыт. К ним присоединились оказавшиеся там же друзья Лонги, Леони, Марино и Милези. Вскоре подошёл и Манчини. Братья предложили всем зайти погреться в принадлежащий их семье доходный дом, чьи балконы смотрят прямо на место события.
Небольшая рыночная площадь Кампо ди Фьори вместо торговых рядов с разнообразной снедью и цветами, давшими ей название, украсилась сколоченным на скорую руку эшафотом из досок, пахнущих ещё смолой, с высоким столбом посредине. Вокруг столба были разложены поленница сухих дров и кучи хвороста. Всё было продумано до мелочей и выглядело на удивление буднично. Создавалось впечатление, что иезуиты приготовились к свершению привычной и ничем не примечательной процедуры. Сожжение Джордано Бруно, как и предыдущие подобные акты, должно послужить предупреждением всем инакомыслящим, явным и скрытым, что святая инквизиция ещё больше ужесточит свои действия в отстаивании чистоты христианского вероучения и избавлении людей от любого налёта скверны.
Место казни было оцеплено плотным двойным кольцом рослых папских гвардейцев, пеших и на конях, в ярких оранжево-синих полосатых униформах, пошитых по рисункам самого Микеланджело, и монахов в чёрно-белых сутанах. За кольцом живого ограждения стояла в ожидании зрелища серая угрюмая толпа римского люда. Из-за низких облаков выглянуло подслеповатое солнце, но тут же скрылось за тучку, не пожелав, вероятно, освещать животворными лучами эту зловещую картину. Было холодно, и от лошадей под всадниками валил пар.
Ждать пришлось недолго. На площадь въехала вереница закрытых экипажей, сопровождаемых отрядом всадников. Толпу оттеснили ещё дальше, а на помост поднялись палач с подручными. Из карет стали выходить члены верховного суда инквизиции. Показался и щуплый монах, с которого сорвали сутану и крепко завязали рот, чтобы приговорённый к сожжению не смог обратиться к толпе или произнести слова проклятия, как это произошло в прошлом году с приговорённой к смерти Беатриче Ченчи. В одном исподнем его повели на эшафот. Дрожа от холода, он стал похлопывать себя руками по бокам, чтобы как-то согреться. Поднявшись на помост и оказавшись выставленным на всеобщее обозрение, Джордано Бруно стыдливо прикрыл низ живота руками, но подручные палача заломили их назад и крепко привязали к позорному столбу. К обнажённому Бруно подошёл священник и поднёс к лицу распятие. Но приговорённый к смерти монах отвернулся, отказавшись приложиться к кресту. В толпе раздался гул, то ли осуждающий, то ли сочувствующий. Прощальный взгляд смертника был устремлён к небу, где за облаками сокрыта бесконечность миров Вселенной — кто знает, возможно, не столь жестоких, как этот отвернувшийся от него земной мир, который он так любил и с которым теперь ему предстоит расстаться.
Спустя почти триста лет отвергнувший философа мир всё же вспомнил о нём. Желая загладить вину и восстановить справедливость, Италия, ставшая наконец единым национальным государством, прилюдно попросила прощения у своего прославленного сына и 9 июня 1889 года воздвигла ему памятник на той же самой Кампо ди Фьори, почти не изменившейся и столь же людной со своими прежними торговыми рядами. Правда, в отличие от судей инквизиции, которые, чтобы унизить еретика, лишили его одеяния, автор монумента Этторе Феррари изобразил казнённого Джордано Бруно не в исподнем, а облачённым в тяжёлую монашескую сутану. Высокий постамент памятника украшен тремя барельефами с фигурами славных борцов с церковным мракобесием, многие из которых разделили трагическую судьбу Джордано Бруно. Это Эразм Роттердамский и Джулио Чезаре Ванини, Аонио Палеарио и Мигель Сервет, Джон Уиклиф и Ян Гус. На пьедестале имеются также два медальона с изображениями Паоло Сарпи и Томмазо Кампанеллы.