«Богоматерь паломников» не вызвала особого интереса у знатоков, которые сочли её маловыразительной. Присутствовавший при её освящении Бальоне резко отозвался о картине, обвинив автора в необдуманном отборе деталей и вульгарности, принижающих искусство. Однако он вынужден был при-зать, что новая работа пользовалась неимоверным успехом у простого римского люда, который подолгу простаивал перед алтарным образом, прося у Богоматери защиты и помощи. Это признание особенно ценно, поскольку высказано завистливым противником. Оно показывает, насколько демократичным было искусство Караваджо, волновавшее и затрагивавшее души простых людей.
Тем временем в верхах назревал крупный политический конфликт, когда в июне 1604 года своим указом Климент VIII взамен умерших назначил новых кардиналов, настроенных в основном профранцузски. Это вызвало явное раздражение нового посла Испании и обострило трения между новоявленными родственниками — происпански настроенным кланом Фарнезе, с одной стороны, и известным своими симпатиями к Франции родом Альдобрандини — с другой. Начался обмен письмами и нотами между недовольным Мадридом и Римом. Напуганному папе пришлось умерить пыл своего не в меру воинственного племянника Пьетро Альдобрандини, который собирался с преданными ему гвардейцами чуть ли не штурмом брать дворец Фарнезе, где засели его политические противники во главе с бывшим товарищем по тайным оргиям Одоардо Фарнезе, которого негласно поддерживал кардинал-викарий Камилло Боргезе. Напряжение нарастало в высших кругах, а простой люд продолжал жить своей жизнью, не проявляя симпатий ни к одной из враждующих сторон.
Случайно в эту политическую интригу косвенно оказался втянутым и Караваджо. Это случилось воскресным вечером 17 октября. После веселого застолья в одном из трактиров на Кампо Марцио, где Караваджо с друзьями отмечал успех «Богоматери паломников», помолиться перед которой приходили толпы римлян, весёлая компания направилась к площади Навона. В темноте на их пути выросла кучка незнакомцев, не пожелавших посторониться и уступить дорогу. Тогда с криком «Да здравствует Франция!» подвыпивший Лонги запустил в них камнем, и началась потасовка. Появившаяся полиция задержала всю компанию и препроводила в участок. Оказалось, что ввязавшиеся в драку парни были из числа сторонников Фарнезе. Караваджо успел передать увернувшимся от задержания Габриэлли и Милези, чтобы они бежали в соседний дворец Мадама к кардиналу дель Монте и сообщили ему о случившемся. Впервые после четырёхлетней разлуки он решил обратиться за помощью к бывшему патрону и благодетелю. Неизвестно, откликнулся ли тот на просьбу о помощи, но после составления протокола художник был отпущен восвояси, а главному зачинщику драки Лонги пришлось провести несколько дней в Тор ди Нона.
Удачно выпутавшись из неприятной истории и опасаясь новых злоключений, художник спешно приступил к написанию большого полотна «Положение во гроб» (300x203) для Санта-Мария ин Валличелла или Кьеза Нуова (Новой церкви), ставшей лабораторией утверждающегося стиля барокко. Это была та самая церковь, где бездомный оборванец Микеланджело Меризи однажды свалился в голодном обмороке и где он чувствовал себя счастливцем, если удавалось вместе с другими бедолагами получить тарелку горячей похлёбки и кусок хлеба в трапезной братства преподобного Филиппа Нери.
Из густого непроницаемого мрака пещеры вырастает монументальная шестифигурная композиция. Благодаря эффекту обратной перспективы персонажи картины, стоящие на каменной плите, нависшей над пропастью могилы, максимально приближены к зрителю, который невольно становится участником происходящего. Луч слева высвечивает обнажённое тело мёртвого Христа с опрокинутой назад головой и безжизненно свесившейся рукой. Любимый ученик Иоанн удерживает на весу бездыханное тело спереди, а старец Никодим, напрягшись, держит ноги. Над ними возвышаются озарённые мягким светом три Марии — застывшая в безутешном горе постаревшая Дева Мария, чьи распростёртые длани намекают на Распятие, рядом Мария Магдалина с поникшей головой и узнаваемым профилем Лены, а справа Мария Клеопова с воздетыми к небу руками, словно указывающая на предстоящее Христово Воскресение. Эти воздетые вверх руки завершают диагональ композиции, начавшейся с руки Христа, безжизненно повисшей над бездной.