Здесь отчётливо видно стремление автора к монументальной пластичности фигур в духе Микеланджело при написании картины, исполненной трагической патетики. Неслучайно её называют «классическим интермеццо», как дань великому наследию Возрождения. Высказывается предположение, что в образе фарисея Никодима, ученика Христа, приходившего к нему тайно, ночью (Ин. 3:1–2), художник запечатлел Микеланджело. Если это так, то моделью наверняка послужило изображение Микеланджело в образе философа Гераклита на фреске Рафаэля «Афинская школа» или изваяние «Пьета», на котором, по утверждению Вазари, великий мастер изобразил себя в образе старца Никодима. О новаторстве стиля художника говорят интенсивность красок на фоне густых непроницаемых теней и резкие контрасты светотени, усиливающие драматизм сцены. В картине поражают верность натуре и реалистический показ отдельных деталей. Например, натруженность ног старика Никодима с вздувшимися венами или же упирающийся прямо в зрителя угол тяжёлой каменной плиты. Выбранная автором точка зрения «снизу вверх» придаёт особую величественность и монументальность образам. Создаётся даже впечатление, что стоящие перед картиной зрители находятся на дне склепа, из которого пробился отросток тиса, препятствующего гниению, о чём было сказано выше, и им надлежит принять из рук Иоанна и Никодима тело Христа.
Трагическое «Положение во гроб» — это реквием возвышенной скорби по той неосознанной пока живущими на земле людьми великой жертве, которая была принесена Христом ради их спасения. Картина не оставила равнодушными даже противников художника. Бальоне и Беллори сочли её лучшим творением Караваджо. Никому из его современников не под силу было сотворить что-либо подобное. Даже известные картины Рафаэля и Тициана на тот же сюжет уступают творению Караваджо по силе эмоционального воздействия. С картины снимали копии крупнейшие мастера различных эпох — от Рубенса до Сезанна.
Несмотря на шумный успех, спустя некоторое время «Положение во гроб» было отвергнуто церковниками, которых смутили и напугали трагедийность звучания картины и жизненная достоверность персонажей. Её постигла та же участь, что и первый вариант «Святого Матфея» и обе доски для церкви Санта-Мария дель Пополо. К счастью для Караваджо, об этом он так ничего и не узнал, поскольку картину вынесли и упрятали в подвал, когда он уже покинул Рим. Она была извлечена на свет после более чем двухвекового заточения и оказалась в созданной в 1908 году Пинакотеке Ватикана. В 1608 году место отвергнутой картины в Кьеза Нуова занял триптих работы молодого Рубенса.
Когда художник накладывал на холст завершающие мазки, в переулке Сан-Бьяджо появился посыльный с вестью о кончине старого кардинала Маттеи. Отложив все дела, Караваджо поспешил во дворец Навичелла для выражения соболезнования братьям Маттеи. Через два дня состоялось отпевание в Санта-Мария ин Валличелла, куда пришло несметное количество народа проститься с кардиналом Джероламо Маттеи, учеником и последователем преподобного Филиппа Нери, чьи страстные призывы к добру и справедливости запечатлелись в памяти благодарных людей. Слушая скорбные звуки органа, Караваджо вспомнил, почувствовав ком в горле, как старый кардинал молча поддерживал его своим неслышным появлением в мастерской, когда он с остервенением работал над «Призванием апостола Матфея», а по завершении работы так же молча перекрестил его. Вернувшись домой, он долго сидел перед почти завершённой картиной, которая предназначена для церкви, где только что прошло отпевание. А как бы воспринял кардинал Маттеи его новую работу? Затем он подошёл к холсту и, взяв кисть с палитрой, слегка поправил безжизненно свесившуюся к бездне руку Христа, придав ей ещё большую мертвенную бледность.
В этой и последующих работах Караваджо всё отчётливее и мощнее слышна трагедийность звучания, особенно усилившаяся после потрясшей художника публичной расправы над Джордано Бруно. Что бы он ни делал и где бы ни находился, его неотступно преследовала мысль об уготованной ему злой участи. Предчувствием близкого конца объясняется поспешность в делах и поступках, словно он торопился выразить то, что считал своим долгом художника. Его нередко выбивали из колеи наветы недоброжелателей и завистников, число коих множилось после очередной неудачи, когда выполненные им работы отвергались и он становился посмешищем в глазах недругов. Однако вера в собственные силы и поддержка друзей помогали преодолевать моменты уныния и хандры. В одном из посвящений ему поэт Милези справедливо заметил: