Перед художником предстал разъярённый Рануччо Томас — сони — один из пятерых братьев монахини, поделивших центральный район Рима на сферы своего влияния. С ними Караваджо не раз сталкивался во время ночных походов по злачным местам. Пригрозив страшной местью за «поруганную честь» сестры, взбешённый Томассони выхватил из-за спины нож, успев полоснуть по холсту, но был вовремя скручен и выдворен вон сбежавшимися сторожами и крепкими братьями-августинцами. Но с того злополучного дня Лючии и след простыл. Дописывая картину по памяти, Караваджо ещё долго ощущал терпкий аромат полевых трав и цветов, исходивший от юной монахини, к которой он успел прикипеть душой. Не в силах забыть её образ, он тосковал и испытывал внутреннюю пустоту, но завершил работу, выразив в ней признательность этому юному созданию, которое помогло ему побороть болезнь и выжить. Это был первый написанный им женский портрет, в котором, возможно, нашло отражение неожиданно вспыхнувшее в нём чувство к женщине и желание передать её нежную красоту на полотне. Сам Караваджо, ослабленный болезнью, не смог тогда разобраться в своих чувствах. О судьбе портрета ничего не известно. Зато доподлинно известно, чем обернулась для него роковая встреча с задиристым братцем так полюбившейся ему робкой монахини.
Распрощавшись с приором и сиделками, художник с радостью встретил у ворот госпиталя ожидавших его Просперино и Марио с узелком его пожитков в руке. Отговорив Караваджо возвращаться в мастерскую Чезари д’Арпино, распускавшего о нём самые гнусные сплетни, Просперино предложил пока устроиться в доме друга его старшего брата, некоего монсиньора Фантино Петриньяни, в приходе Сан-Сильвестро ин Лауро в самом центре города. Неравнодушный к изящным искусствам старый прелат предоставил в распоряжение Караваджо и его помощника комнату для жилья, а для работы предложил использовать тёплый сухой подвал, служивший когда-то для хранения окороков, подвешиваемых на крюки к сводам потолка, и дозревания кругов овечьего сыра. Тонкий запах этих деликатесов ещё не выветрился, вызывая урчание в животе у вечно голодных молодых постояльцев монсиньора Петриньяни, но и привлекая в подвал стаи крыс, от которых не было житья. Завидев их, Марио в ужасе убегал из подвала, и парня трудно было заманить обратно. Пришлось завести кошку. Был ещё и приблудный чёрный пёс по кличке Корво (Ворон) — Караваджо с детства питал слабость к животным.
Узнав, что подающий надежды подмастерье решил к нему не возвращаться, Чезари д’Арпино рвал и метал, обвиняя Просперино в двурушничестве, а самого Караваджо в чёрной неблагодарности, но его картины оставил у себя в счёт оплаты за постой. Как раз в это время он как никогда раньше нуждался в подающем надежды помощнике, поскольку опаздывал с выполнением важного заказа для французской церкви Сан-Луиджи. Позднее оказалось, что неудача ненавистного соперника, вынужденного в конце концов отказаться от заказа и вернуть полученный аванс, обернулась для Караваджо тем долгожданным счастливым случаем, о чём он мог только мечтать, и позволила ему заявить о себе в полный голос, доказав всем, на что он способен.
Наступил 1594 год, оказавшийся на редкость плодотворным, когда Караваджо пытался наверстать упущенное за время болезни. Усилия даром не прошли, и коллекционеры стали приглядываться к нему. Несмотря на беспросветную нужду, он пишет в основном «для себя», развивая в новых работах то, что воочию видел и о чём слышал в Милане. Там в годы его пребывания много говорилось о идеях Леонардо да Винчи, касающихся световоздушной среды и дымки, которая обобщает форму или, наоборот, растворяет её. Получилось так, что теперь, когда он обрел наконец вожделенную собственную «мастерскую», ему пришлось работать в подвале, куда не проникал дневной свет. Это была своеобразная camera obscura, как и советовал в своё время художникам великий Леонардо. Следуя его советам, Караваджо с помощью падающего луча света через открываемую дверь наружу из подвала учился чётко выделять на тёмном фоне пластичность и рельефность фигур, создавая их с помощью света и тени без всякого контура. Как говорил Леонардо, «тени образуют свои границы определёнными ступенями, и кто этого не знает, у того вещи не будут рельефными. Эта рельефность — самое важное в живописи и её душа»{27}.