Вместо задуманного портрета Караваджо написал для кардинала повтор «Лютниста» (100x126,5), привнеся лишь небольшие изменения, вызванные главным образом нежеланием ограничиться копированием. Частично изменён натюрморт — к скрипке добавлены великолепная деревянная флейта и кимвал, лежащие на инкрустированной поверхности стола, а вместо вазы с цветами к потолку подвешена клетка со щеглом. На фоне затемнённого заднего плана рельефно выделяется фигура влюблённого музыканта с лютней в руках. Здесь, как и в первой картине, всё дышит пронизывающим каждую деталь ожиданием. Вот всколыхнулась в нетерпении страница лежащей на столе партитуры, словно от дуновения ветерка. Но молчат музыкальные инструменты, которым надлежит исполнить вместе с лютней любовный мадригал, так как никто из музыкантов не явился. Не выдержав напряжения затянувшейся паузы, запел щегол, дабы поддержать юношу, перебирающего в одиночестве струны лютни. На лице музыканта грусть. Он задумчиво смотрит на зрителя отстранённым взглядом, потеряв всякую надежду, что кто-то откликнется на его призыв.
В своём цикле музыкальных картин Караваджо выразил глубоко волновавшую его мысль о невозможности в повседневной жизни достичь гармонии и согласия между людьми. Каждый думает только о себе. Один лишь щегол, хоть и заточён в клетку, способен выразить пением радость жизни и осознанную им в природе гармонию, столь недостающую людям, живущим в мирской суете разобщённо и во вражде. Кардинал, никак не ожидавший вновь увидеть у себя «Лютниста», хоть и был несказанно рад его возвращению, на сей раз воздержался от выражения особой благодарности. Признавая яркий художественный дар и темперамент своего протеже, независимость суждений и дерзкий ум — «un cervello stravagantissimo», как он пояснял друзьям, умный дель Монте давно заметил, что на молодого художника дурно влияет любая похвала, оказываясь для него пагубной. Он начинал терять голову и пускаться во все тяжкие. Поэтому пусть уж лучше пребывает в привычном для него состоянии недовольства собой и всем миром. Как ни странно, но подавленность духа и хандра способствовали поддержанию в нём нужного творческого настроя, когда он яростно набрасывался на холст, накладывая быстрые мазки и не видя ничего вокруг. Пребывая в таком состоянии, Караваджо дни напролёт не покидал мастерскую, сидя перед мольбертом. В такие минуты он не расставался с потрёпанным молитвенником в кожаном переплёте, подаренным покойной матерью.
До кардинала дель Монте дошла весть, что герцог Фердинанд I Медичи принялся приводить в порядок свою коллекцию боевых щитов, которую недавно пополнили новые экземпляры, полученные в дар от персидского шаха. Будучи его послом в Риме, он решил тоже не ударить в грязь лицом и сделать подарок своему патрону, но со смыслом. Известно, что семейству Медичи принадлежал когда-то декоративный щит с изображённым на нём чудовищем, который расписал Леонардо да Винчи, о чём подробно повествует Вазари в своих «Жизнеописаниях». Но работа великого мастера была утеряна, и дель Монте поручил своему художнику написать картину на сюжет Медузы Горгоны, которая будет преподнесена в дар герцогу в связи с предстоящей женитьбой его сына Козимо II Медичи.
Знаток поэзии и мифологии дель Монте поведал художнику о поэте Горации, который в известном послании к Меценату говорит об отправке ему щита с изображением Медузы как своеобразной поэтической метафоры победы разума над чувствами и, стало быть, метафоры добродетели. По мысли дель Монте, такой щит должен послужить верным талисманом, надёжно защищающим дом Медичи от любой напасти. Известно, что после исчезновения работы Леонардо с изображением поверженной Медузы полновластные хозяева Флоренции Медичи были изгнаны восставшим народом из родного города в ноябре 1494 года. Дабы история не повторилась, нужна была во что бы то ни стало новая Медуза.
Приобретя в антикварной лавке старый восточный щит из тополевой доски и натянув на него холст, Караваджо приступил к написанию «Головы Медузы» (60x55). Он выкинул из головы рассказ краснобая-заказчика, послание Горация и попытался передать языком живописи неизобразимое, то есть запечатлеть крик, вырвавшийся изо рта отрубленной головы. Нечто подобное он уже старался передать в «Юноше, укушенном ящерицей», выразив боль на лице героя и инстинктивное движение его рук. На этот раз на картине голову позировавшего Марио вместо волос он украсил извивающимися и злобно шипящими змейками, которые стремятся уползти в сторону с поверхности щита. Тем самым художнику удаётся добиться поразительной иллюзии — под воздействием его кисти выпуклый щит превращается в вогнутую поверхность, на которой отрубленная голова с искажённым от ужаса лицом вопит от боли, источая потоки крови.