Не только монументальные, но и станковые церковные работы Брюллова прочно связаны с академической традицией. Правда, он зачастую стремится к экспрессии лиц, живости движений, характеров. Но все же ему не удается еще перевести драматические коллизии сюжетов Библии и Евангелия в область человеческих страстей, как сделает это впоследствии Николай Ге в своей «Тайной вечере», или в высокую сферу морально-этических проблем, над чем вот уже второе десятилетие бьется Александр Иванов. Станковых церковных образов Брюллов сделал немало. Самые значительные из них — «Распятие» для лютеранской церкви в Петербурге, «Взятое на небо богоматери» для Казанского собора, «Воскресение» для храма Христа спасителя в Москве, «Св. Александра, возносящаяся на небо» для казарменной церкви Преображенского полка. Образы, написанные Брюлловым, пользовались у публики огромным успехом. Жуковский, глядя на плачущую Магдалину в «Распятии», заплакал сам, а «Взятие на небо богоматери» назвал «видением». Егоров, пришедший в мастерскую посмотреть церковные работы своего бывшего ученика, сказал: «… ты кистью бога хвалишь, Карл Палыч! право, бога хвалишь. Славно, братец, славно!» Композитор Серов со Стасовым неоднократно ходили в Казанский собор, чтобы вновь и вновь любоваться творением брюлловской кисти. Тогдашние иконописцы пользовались в своей работе гравюрами с «Распятия» и «Взятия на небо богоматери», как руководством. Преображенцы, заказавшие ему на собранные ими средства образ для своей полковой церкви, не были одиноки: Брюллов получает письма от незнакомых офицеров из провинции, в которых они упрашивают прославленного мастера написать для них образа, опять-таки на собранные всем полком деньги. А в 1845 году приходит письмо от старого знакомца Корнилова — он передает художнику просьбу адмирала Лазарева, который счел необходимым прибегнуть к Брюллову «как к современному нам гению живописи хотя бы за советом на счет внутреннего убранства церкви» в Херсоне, деньги на строительство которой тоже собраны по подписке, и покорнейше просит мастера набросать эскиз.
Вместе с тем высокая оценка церковных работ Брюллова вовсе не единодушна. Многие считают, что эти работы делались художником не по побуждению сердца, а «всегда по заказу и на заданную тему», другие полагают, что все его религиозные композиции «холодны», а один из отцов русской церкви, Иннокентий, отдавая справедливость таланту мастера, утверждал, что его церковные работы «чужды всякого религиозного чувства». Репин, восхищаясь «Распятием», восклицал: «Энергия, виртуозность кисти… сколько экстаза, сколько силы в этих тенях, в этих решительных линиях рисунка!» и восторгался блестящим знанием анатомии. Именно блестящим, виртуозным мастерством, а не религиозным чувством покоряли современников церковные работы Брюллова. Религиозное же чувство, вера были ему, по-видимому, чужды. «Где кончается здоровье, где кончаются деньги, там начинается религия», — говорил Генрих Гейне. К этому можно бы добавить, что религия овладевает умами в эпохи безвременья, когда политические идеалы претерпевают крушение. Кондратий Рылеев незадолго до казни на кленовом листе наколол иголкой и переслал, Е. Оболенскому такие строки:
После крушения революции 1830 года во Франции многие из числа интеллигенции ищут спасения в боге — Лист, Жорж Санд, позднее Гюго пережили периоды увлечения мистицизмом. На склоне лет набожным станет Жуковский; Чаадаев, Гоголь будут искать спасения в религии. Брюллова эти веяния богоискательства не коснулись. Даже тогда, когда здоровье кончится совсем, а смерть подойдет вплотную. Он считал себя примерным лютеранином, хотя в церковь ходил редко, — и только. Священное писание для него в первую очередь художественное произведение, полное драматических коллизий, увлекательных событий, бурных страстей. В религии он ищет прежде всего художественных переживаний. Возвышенные чувства овладевают им, когда он слушает в Певческой капелле церковную музыку Бортнянского. В такие минуты, по его словам, душа его отрывается от тела, «она в таком блаженстве, так далеко, так высоко…» Мария Ростовская в своих воспоминаниях свидетельствует, что «никто увлекательнее Брюллова не говорил о величии божием, о премудрости мироздания, о жизни Искупителя и о бессмертии души». Но с еще большим вдохновением он говорил об искусстве или об астрономии. Его речами о законах построения мира заслушивались, по словам Рамазанова, ученые. Он вообще был человеком крайне увлекающимся, любившим и умевшим говорить на темы, самые разнообразные, принадлежа по своему складу к числу людей, мысль, идеи которых не столько созревают в тиши самоуглубленного размышления, сколько в процессе разговора, собеседования, спора. Однажды, когда он только что начал роспись в куполе Исаакиевского собора, он в порыве вдохновения воскликнул: «Мне тесно! Я бы теперь расписал небо!» Когда же присутствующие спросили у него, где бы он набрал столько сюжетов, он после некоторого раздумья ответил: «Я изобразил бы на нем все религии народов, которые существовали от сотворения мира, и торжество над ними христианской». Напрасно было бы искать в этом высказывании след религиозной убежденности художника — сама дерзновенная мысль расписать небо выглядит с точки зрения веры бессмысленной… К тому же, трудясь в этот момент над религиозной росписью купола, он и тему для своей «вселенской» росписи ищет, естественно, в той же сфере. В его трактовке эта тема — история религий — выглядит, скорее, как историческая, чем божественная… Сам он не раз возражал против утверждения пуристов, что искусство должно служить только религии: «Но почему же оно должно ограничиться одною религиею?» — говорил он.