След влизането на тази подводница в строя в печата се промъкнаха сведения за облъчване на личния състав поради недостатъци в конструкцията на биологичната защита на атомната силова уредба. Съобщава се, че военноморското командуване било принудено по най-бърз начин да замени част от екипажа, а подводницата да изкара на док за някои изменения в конструкцията на защитата.
През 1957 г. на подводницата открили теч на вода в една от веригите на уредбата, произвеждаща пара. Отново се наложил ремонт, който продължил до февруари 1958 г.
През май 1958 г. по време на подготовката на „Наутилус“ за поход към Северния полюс се появил воден теч в главния кондензатор на паротурбинната уредба. Просмукващата се в кондензатно-захранващата система извънбордна вода можела да стане причина за осоляване и за излизане от строя на цялата силова система на кораба.
Опитите на личния състав да намери мястото на протичането нямали успех и командирът на подводницата взел оригинално решение. След пристигането на „Наутилус“ в Сиатъл (Западното крайбрежие на САЩ) моряците, облечени цивилно (подготовката на похода се пазела в най-строга тайна), закупили от магазините за авточасти наличните количества от патентованата течност за заливане на радиаторите на автомобили с цел да се прекрати възможен теч. Това много удивило и затруднило собствениците.
Половината изкупена течност (около 80 л) излели в кондензатора. В резултат нито в Сиатъл, нито по-късно по време на похода не възникнал проблем за осоляване на кондензата. Вероятно течът се е явявал в пространството между двойните тръбни плочи на кондензатора и е спрял след заливането на това пространство със самовтвърдяващата се смес.
Още повече неприятности имали подводничарите със силовата уредба на втората американска атомна подводница — „Сий уулф“. Тук бил монтиран атомен реактор от друг тип.
Ако на първата подводница работел „водо-воден“ реактор (с топлинни неутрони и обикновена, химически чиста вода като забавител и топлоносител), то на „Сий уулф“ поставили атомен реактор с промеждутъчни неутрони и графит като забавител и течен (разтопен) натрий като топлоносител на първата верига. По изчисления на конструкторите това трябвало да увеличи работните параметри на парата от втората верига до 410–420°С и до 40–42 атмосфери, което пък на свой ред осигурявало намаляване на теглото и габаритите на паротурбинната уредба.
Отказите на атомно-силовата уредба на „Сил уулф“ започнали още при изпитанията. Поради високата химическа агресивност на натрия твърде скоро в системите се появил теч. Наложило се да изключат паропрегравателя, вследствие на което мощността на уредбата намаляла с двайсет процента. За няколко години експлоатация повредите в уредбата на „Сий уулф“ зачестили и затова я заменили с уредба, която имала реактор „водо-воден“ тип.
Повреждали се и атомни силови уредби на серийни подводници.
През март 1959 г. подводницата „Скейт“ е в поход към Северния полюс. Поврежда се циркулационната помпа на главния кондензатор. Командирът, за да не прекъсва похода, решава ремонтните работи да се извършат на борда на подводницата. Избира сред ледената повърхност едно свободно от ледове място и изплават. Електромеханиците започват ремонт на помпата. За това, какво се е случило по-нататък, разказва командирът на „Скейт“ капитан 3-и ранг Д. Калвърт:
„В машинното отделение лично аз с нищо не можех да бъда полезен и моето присъствие там само би затруднявало работата на специалистите. Затова се прибрах в каютата си и се опитах да се отвличам с четене.“
Скоро обаче телефонът иззвъня.
— Командире — каза с разтревожен глас вахтеният офицер Келън, — моля ви да се качите горе.
Бързо се облякох топло и се качих на мостика… На известно разстояние от кораба ледовете се движеха. Огромни ледени плочи се издигаха и заставаха отвесно. След това бавно се плъзваха обратно надолу. Глухият, подобно на гръмотевици шум ставаше все по-отчетлив.
Погледнах часовника. Беше 11,25 вечерта. Работите в машинното отделение продължаваха около час. Там всичко все още беше демонтирано и разглобено.
Конвулсивно потръпвайки, подводницата неочаквано се наклони на десен борд. Не биваше повече да губим време. Трябваше да се потапяме… Бързо слязох в машинния отсек. Сред шумовете от ледени блокове, удрящи се в бордовете, разсъблечени до кръста хора работеха с изумителна бързина.
Обърнах се към офицера Дейвид Бойд, който ръководеше работата:
— Взех решение. Принудени сме да се потапяме. Закрепете по-бързо всичко демонтирано и ми съобщете, щом сте готови.