На 26 януари М-2 извършвала обичаен учебен поход. В 10,11 часа от нея се получило съобщение за начало на потапяне. Подводницата повече не се показала на повърхността. Около 19,00 часа започнало търсене на изчезналата подводница, в което взели участие около 50 кораба. Открили я едва на осмия ден — 3 февруари. М-2 лежала на дъното с диферент към кърмата на дълбочина 35 метра. Капакът на контейнера и преходният люк в здравия корпус били отворени.
Адмиралейството организирало голяма операция за изваждане на потъналата подводница, но усилията на водолазите били възнаградени едва след три години, и то почти издигнатата до повърхността подводница внезапно се изплъзнала от сапаните и отново заминала под водата. Този път завинаги.
Истинската причина за гибелта на М-2 така и не е установена. Има опити трагедията да се обясни с това, че подводничарите са избързали с отварянето на капака на контейнера при изплаване, когато подводницата все още се е намирала под водата. Но как са допуснали толкова голяма грешка, остава неизяснено.
По неизяснени причини загинали при потапяне и френската подводница „Феникс“ (15 юни 1939 г.) японската I-67 (22 август 1940 г.) и американската О-9 (20 юни 1941 г.). Свидетели на катастрофите няма: от екипажите на подводниците (както и при предходните случаи) не е оцелял никой.
В годините на Втората световна война много подводници са записани като „безследно изчезнали“. След края на войната, като се съпоставят документите на двете воювали страни, в повечето случаи причините се установяват, но някои остават без обяснение.
През август 1942 г. американската подводница „Грюниън“ не се завърнала от боен поход до Алеутските острови. Последната радиограма от борда и била получена на 30 юли. В нея се съобщавало за силна отбрана на японцитите срещу подводници и за това, че са останали само десет торпеда. На 16 август американското командуване обявило „Грюниън“ за безследно изчезнала.
След войната в японските документи не се открил доклад за потопяване на подводница в този район. Тук нямало и минни полета, на които „Грюниън“ би могла да се натъкне. Причини за изчезването й са могли да бъдат само нерегистрирана атака (което е малко вероятно) или някаква неочаквана авария.
На 12 юни 1943 г. друга американска подводница — R-12 — трябвало да демонстрира пред офицери на бразилския флот маневра за потапяне и провеждане на торпедна атака Учението се провеждало в Мексиканския залив близо до Ки Уест (полуостров Флорида). На борда на подводницата освен 46-те члена на екипажа имало и двама бразилски офицери.
Около 12,20 часа, когато на подводницата се подготвяли за потапянето, в носовия отсек започнала да постъпва вода. Намиращият се на мостика командир заповядал да се затворят люковете, но не успели да изпълнят заповедта. R-12 потънала на дълбочина повече от 180 метра. Спасилите се подводничари, изхвърлени от мостика (командирът, двама офицери и трима матроси), не могли определено да кажат защо се е наводнил отсекът. Специалната следствена комисия също не могла да обясни причините за катастрофата. В изводите й имало предположение, че по време на потапянето случайно е останал отворен торпеден апарат. Пак този злополучен торпеден апарат, заради чиито дефекти загива някога и „Тетис“.
На 4 юли 1944 г., също по време на учебни торпедни стрелби, близо до Пърл Харбър загинала американската подводница S-28. В 17,30 часа S-28 се потопила за атака срещу стражевия катер „Рилайънс“. В 18,20 на около 23 кабелта от подводницата катерът загубил хидролокациокен контакт с нея. След безуспешните опити да се възстанови контактът била обявена тревога, а след това организирано търсене на изчезналата псдводница. По обяд на второто денонощие на повърхността открили маслено петно. При дълбочина на океана в този район 2600 метра спасителните операции били безсмислени. Комисията, натоварена да разследва катастрофата, не стигнала до определени изводи за причините, довели до гибелта на подводницата. В нейното заключение само се отбелязвало, че съобщения за авария (по подводна звукова връзка) от борда на S-28 не са улавяни, а акустиците на „Рилайънс“ не са регистрирали подводен взрив.