1. Вследствие грешки на личния състав подводницата е преминала граничната си дълбочина и била смазана от налягането.
2. Разрушаването на здравия корпус на дълбочина близо до граничната станало поради конструктивни и технологични дефекти.
3. Подводницата загубила плавателност поради постъпване на вода в здравия корпус през повредената арматура или разкъсал се тръбопровод.
Освен тези официални версии в печата се изказвали и други предположения. Посочвала се възможност за саботаж или диверсия. Не се изключвало и взривяване на подводницата — като вероятен резултат на бойно въздействие от „неизвестен подводен противник“.
Тази хипотеза се потвърждавала от факта, че сред намерените на мястото на гибелта предмета имало и парче полиетилен от реакторния отсек с повърхност около 116 квадратни сантиметра и следи от действието на огън. Специалистите обаче категорично отхвърлили тази версия като заявили, че „физически не е възможно реакторът да се взриви като бомба“ (по време на последния поход на „Трешър“ на борда не е имало торпеда). Що се отнасяло до хипотезата от областта на тайната война между подводници, смятали, че тя е лишена не само от основания, но и от здрав смисъл. „Абсолютно нелепи са предположенията — пише един от вестниците, — че подводницата е загинала в резултат на безупречно организирано подводно престъпление, уж от съвсем неизвестна подводница. Като челен подводен кораб за борба с подводници, «Трешър» притежавала най-новите средства за откриване на противника. Подводницата поддържала непрекъсната връзка с надводен кораб, който също бил снабден със средства за откриване на подводни цели… Всичко това много би затруднило нападение, а в случай че го допуснем, съпровождащият кораб безусловно би получил съответните сигнали.“
Но и без измъчените хипотези предположенията за причините, предизвикали гибелта на „Трешър“, били достатъчни. И всяка от тях, както показва и разследването, имала своите основания.
Макар и версията за грешка на личния състав да не била призната от комисията на ВМС за достатъчно обоснована, обективните резултати от разследването говорят за обратното. Например останалите на брега и по този начин запазили живота си членове от екипажа на „Трешър“ (щастливците били трима) отбелязали, че големите по обем ремонтни работи, към които привличали и екипажа, не позволили достатъчно добре да се отработят действията на личния състав, особено в аварийни условия. Един от моряците разказвал за случай от учение, когато при имитация за наводняване на цистерни за спомагателен баласт командата в продължение на десет минути не можела да намери необходимия кран, поставен при ремонта на друго място. Самият капитан-лейтенант Харви бил опитен подводничар, обаче на „Трешър“ бил прехвърлен само два и половина месеца преди гибелния поход и всъщност това излизане в морето било първото му като командир на подводница от нов тип.
Друга вероятна причина за гибелта на „Трешър“ може да бъде разрушаването на здравия корпус на дълбочина, близка до граничната. За недостатъците на конструктивния материал, от който бил направен корпусът на загиналата подводница, за лошото качество на заваръчните работи говори на заседанията на комисията на Конгреса адмирал Рикъвър: „Микропукнатините в заваръчните съединения на здравия ксрпус, направен от стомана HY-80, отдавна ме безпокояха. Колкото и да е печално, но основният конструкционен материал на нашите атомни подводници е доста склонен към разрушения като резултат от умора на материала в местата на заваръчните съединения… През 1959 г. в корабостроителния завод на остров Мер ние открихме дефекти в заваръчните шевове по здравия корпус на една от строящите се там атомни подводници. Последвалата проверка показа крайно неудовлетворително ниво на радиографичния контрол на завода… Управлението по корабоплаване, обезпокоено от положението на остров Мер, изпрати свой представител в Портсмътския завод, където в този момент се строеше атомната подводница «Трешър», В доклада на този представител се посочваше, че качеството на радиографичния контрол не дава възможности уверено да се съди за здравината на заваръчните съединения на тази подводница…“
Повечето американски специалисти все пак са склонни да смятат, че „Трешър“ е загинала поради навлизане на вода в здравия корпус през повредени тръбопроводи или външнобордова арматура. Подобни аварии, както читателят помни, и по-рано са ставали на подводниците, в това число и на американските. Първопричината са скрити технологични или конструктивни дефекти.