Роль партизан в сборе информации и диверсиях была в то время затушевана бюрократической неразберихой, а позже появилось множество мифов и легенд. Считается, что один из самых известных партизанских героев в тылу у немцев Николай Кузнецов (его портрет висит в мемориальной комнате Первого главного управления КГБ) в апреле 1943 года сумел под видом немецкого лейтенанта проникнуть в кабинет рейсхкомиссара Украины Эриха Коха. Он должен был убить Коха, но рейсхкомиссар начал рассказывать об операции «Цитадель» — предстоящем наступлении немцев на Курский выступ. Кузнецов решил Коха не убивать, а переправить план операции в Москву. История эта, быть может, в чем-то и правдивая, но, как отмечает доктор Тимоти Маллиган, Кох не мог иметь точных данных о предстоящем наступлении, в частности, он не мог знать даты, поскольку сам Гитлер еще не принял решения. В недавнем советском исследовании добытой партизанами разведывательной информации говорится о целом ряде недостатков, среди которых отмечается неопытность и недостаточная подготовка партизан в разведке, ненадежные документы, нехватка передатчиков и координации между партизанами и разведывательными действиями армии. Приказ Верховного Главнокомандующего от 19 апреля 1943 года «Об улучшении разведывательной работы в партизанских формированиях» требует лучшей координации и лучшей подготовки партизанских руководителей специалистами НКВД и ГРУ.
Первой массированной наступательной операцией партизан в тылу немцев, скоординированной с действиями Красной Армии, была «рельсовая война», целью которой было разрушение железнодорожных коммуникаций немцев во время Курской битвы с помощью огромного количества взрывчатки, которую сбрасывали партизанам с самолетов. Операция удалась лишь частично. Хотя и было взорвано несколько тысяч зарядов, железные дороги, от которых немцы зависели, разрушены не были. В недавнем советском исследовании разведывательной работы, проводимой партизанами во время Второй мировой войны, наиболее успешными названы действия 11-й партизанской бригады до и во время наступления, в результате которого в январе 1944 года была прорвана 880-дневная блокада Ленинграда. Из бригады регулярно поступали радиограммы с подробной информацией о перемещениях немецких войск по автомобильным и железным дорогам.
«К началу наступления… разведчики бригады установили количество и дислокацию частей, имена командующих, они, фиксировали передвижение штабов и частей 21 вражеской дивизии и бригады и определили местонахождение штабов 38-го армейского корпуса и 18-й армии, а также расположение четырех аэродромов. С началом наступления советских войск… разведчики часто выводили наступающих в тыл и во фланги противника».
Из-за огромного количества партизан в тылу у немцев абвер был буквально завален работой. К лету 1944 года немецкая контрразведка обнаружила 20.000 советских агентов, и предполагалось, что их количество увеличивается на 10.000 каждые три месяца. Наиболее сложно поддавались обнаружению «беспризорники» — подростки, обученные разведке и диверсиям. Даже солдаты вермахта уважали этих ребят за мужество. В одном докладе рассказывается о «подростке», которого поймали, когда он делал пометки о передвижении войск. На допросе он отказался сказать, кто послал его на задание, и «нес явную чушь». Тогда решили его испугать. Вначале его заставили присутствовать на расстреле семи взрослых пленных, а потом велели и самому приготовиться к смерти. В последний момент, когда солдаты уже взяли его на мушку, ему сказали, что его оставят в живых, если он скажет правду.
Мальчик усмехнулся и ответил, что знает, что его убьют, даже если все расскажет. Допрашивающий его офицер вновь пообещал оставить его в живых, если он скажет, кто его послал, на что мальчик ответил: «Я прекрасно знаю, что вы все равно меня убьете, даже если я скажу вам правду. Так вот я сейчас ее говорю — я вам шесть раз соврал и совру в седьмой.»
В докладе не говорится о судьбе мальчика. Скорее всего, его расстреляли.
В годы Великой Отечественной войны научная, а также политическая и военная разведка стали оказывать большое влияние на советскую политику. В области науки наибольшая важность придавалась информации, касающейся атомной бомбы. Первое предупреждение об англо-американском решении создать атомную бомбу поступило, по всей видимости, от Джона Кэрнкросса. В октябре 1940 года этот вопрос подробно обсуждался в Британском комитете по науке, возглавляемом лордом Хэнки, у которого Кэрнкросс работал личным секретарем. Летом 1941 года после секретного доклада комитета «Мауд», в котором предсказывалось — несколько оптимистично, — что к концу 1943 года может быть создано «очень мощное оружие» с использованием урана-235, вопрос снова был поставлен на обсуждение. Комитет по науке, как и комитет «Мауд» признал, что производство атомной бомбы (ей было присвоено кодовое наименование проект «Тьюб эллойз») потребует широкого привлечения к работе Соединенных Штатов, с которыми уже началось секретное сотрудничество. Хэнки стал членом созданного осенью 1941 года консультационного комитета «Тьюб эллойз». Кэрнкросс, несомненно, передал в Центр соответствующую информацию.
В апреле 1942 года М.Г. Первухин, заместитель председателя Совета Народных Комиссаров и нарком химической промышленности, по распоряжению Сталина получил толстое досье с материалами НКВД и ГРУ о работе над атомной бомбой за рубежом. Первухин предложил показать материалы физикам, которые смогут оценить их важность. В мае молодой советский физик Г. Н. Флеров, в то время лейтенант авиации, писал Сталину: «Очень важно не потерять времени и создавать урановую бомбу.» Просматривая американские и английские научные журналы, Флеров обратил внимание, что из них исчезли статьи по ядерному распаду, а имена ведущих в этой области ученых больше не встречаются. Он пришел к правильному выводу, что ядерные исследования засекречены и Соединенные Штаты создают атомную бомбу. Сталин был вне себя от ярости, что ядерную угрозу Советскому Союзу обнаружила не Академия наук, а какой-то лейтенант на фронте.