В тот же день Надь и несколько его министров укрылись в югославском посольстве. Серов руководил арестом самых важных «контрреволюционеров», которым не удалось найти политического убежища или бежать за границу. Среди тех, кого он арестовывал лично, был и Шандор Копачи. Тогда Серов впервые представился Копачи как председатель КГБ. Он напомнил ему об их встрече 23 октября, а потом пообещал: «Я тебя повешу на самом высоком дереве в Будапеште.» (Правда, обещание ему выполнить не пришлось.) 21 ноября новое просоветское правительство во главе с Яношем Кадаром пообещало Надю и его министрам гарантировать их безопасность, если они покинут югославское посольство. 22 ноября, когда они вышли, их силой вытащили из пришедшего за ними автобуса, после чего они были арестованы КГБ и вывезены через границу в Румынию.
Допросами Надя и его соратников руководил Борис Шумилин, главный советник КГБ «по вопросам контрреволюции». Выступая по будапештскому радио 26 ноября, Кадар заявил: «Мы обещали, что не будем привлекать Имре Надя и его друзей к суду за их прошлые преступления, даже если они потом признают себя виновными в них.» В феврале 1957 года венгерское Министерство иностранных дел подтвердило, что «не было намерений привлекать Имре Надя к суду». Но Москва решила по-другому, после того как Надь продолжал отказываться, несмотря на старания КГБ и АВХ, признать себя виновным в приписываемых ему преступлениях. Из шести человек, которые были арестованы при выходе из посольства Югославии, один погиб от рук своих мучителей, второй был задушен после того, как объявил голодовку. Надь и трое оставшихся в живых из его правительства предстали перед тайным судом в феврале 1958 года. Судебное разбирательство, явно разочаровавшее советников КГБ, которые не привыкли к тому, чтобы на политических процессах подсудимые отказывались признать себя виновными, вскоре было приостановлено. Когда же в июне 1958 года слушание дела возобновилось, трое из четырех главных обвиняемых продолжали настаивать на своей невиновности. Все они были признаны виновными, казнены и захоронены в безымянных могилах. Еще пятерых подсудимых приговорили к различным срокам тюремного заключения.
Ни один политический процесс из всех ранее прошедших в странах советского блока не вызывал таких проблем, с какими столкнулись Шумилин и его подручные из АВХ, стряпая дело против «Надя и его банды изменников». Посмертная реабилитация Ласло Райка и доклад Хрущева на XX съезде партии подорвали веру в досконально разработанные теории заговора, на которых строились сталинские показательные процессы. Примечательно, что, в отличие от хорошо отрепетированных спектаклей, которые уверенно разыгрывались в залах суда на протяжении предшествующих двадцати лет, официальный отчет «О контрреволюционном заговоре Имре Надя и его сообщников» был выдержан в мягком, чуть ли не извиняющемся тоне. Империализм был, как полагается, заклеймен как «главный организатор контрреволюции», а Надь разоблачался как его «послушный пособник». Но детали заговора были очерчены не так выразительно и красноречиво. Радиостанция «Свободная Европа» была объявлена «военно-политическим штабом контрреволюции за рубежом», а посылки с помощью Красного Креста — главным средством переброски империалистического оружия через венгерскую границу. Внутри же самой Венгрии британский военный атташе полковник Джеймс Каули, как утверждалось, принимал непосредственное участие в военном руководстве восстанием, а западногерманский парламентарий князь Хубертус фон Левенштейн был выведен как связующее звено с «крупными империалистическими капиталистами в Западной Германии». Материалы процесса над Надем, даже в том причесанном варианте, в котором они были опубликованы, еще задолго до эпохи Горбачева считались в КГБ примером неудачной попытки воздействия на общественное мнение. Это был последний политический процесс в странах советского блока, на котором жертвам был вынесен смертный приговор.
За три года пребывания на посту Первого главного (Иностранного) управления КГБ Александр Семенович Панюшкин ничего существенного в Московский центр не привнес. За это время здоровье его ухудшилось. Одного из его сотрудников при первой встрече с Панюшкиным поразила «его манера сутулиться при ходьбе, как будто у него не было уже сил, чтобы держаться прямо». В просторном кабинете Панюшкина было два больших кресла: одно — за письменным столом и второе — у окна. Выбрав одно из них, он «устало опускался в него и, несмотря на свой высокий рост, как-то сворачивался и съеживался.» В Зале Славы Первого главного управления сегодня портрет Панюшкина не увидеть. В 1956 году на смену ему пришел его бывший заместитель, гораздо более динамичный Александр Михайлович Сахаровский, который установил своеобразный рекорд, проработав в должности начальника ПГУ пятнадцать лет. Сахаровский также был первым после Фитина начальником ПГУ, который заслужил, чтобы его портрет был помещен в Мемориальной комнате. В ПГУ его запомнили главным образом как толкового и энергичного администратора. Правда, у Сахаровского не было опыта работы на Западе. Придя на работу в НКВД в возрасте тридцати лет, после войны он служил советником МГБ в Восточной Европе, в основном в Румынии.