Однако ощущение близости войны с Германией побудило Бланта поставить перед разведкой вопросы, связанные с возможным изменением его официального положения, а следовательно, и отведенной ему роли вербовщика, с которой он столь успешено справлялся до сих пор. 10 августа 1939 года Горский направил в Москву письмо, в котором говорилось, что ТОНИ просит указаний относительно того, где он мог бы быть наиболее полезным в случае войны, называя при этом две имеющиеся у него возможности: первая — зачисление в офицерский резерв и вторая — работа в штабной армейской разведке. Центр ответил, что поскольку личной связи с ТОНИ нет, то дать ему конкретные указания не представляется возможным, однако его пребывание в армейской разведке на время войны было бы предпочтительнее.
Британские разведывательные службы, видимо, придерживались такого же мнения относительно использования Бланта в военное время, хотя и по другим причинам. Вскоре он получил письмо, подписанное М.П. Бруксом за начальника Управления военной разведки, в котором ему предписывалось явиться не позднее 14.30 16 сентября 1939 года по указанному ниже адресу для прохождения «курса разведки». По окончании курса, писал майор Брукс, Блант получит назначение в Службу военной разведки.
Таким образом вопрос с устройством Бланта решился сам собой и не худшим для советской разведки способом. Но не успел он приступить к занятиям, как разразился первый в его оперативной работе кризис. Опять же через Берджеса стало известно, что 26 сентября Блант до окончания срока обучения был откомандирован из разведывательной школы. Через своего друга он передал записку для Горского, которая начиналась весьма тревожной фразой:
«26 сентября. Сегодня утром меня вызвал начальник разведкурсов в Мэнли полковник Ширэр и сообщил, что он получил указание из Министерства обороны о невозможности допуска меня к какой-либо разведывательной работе. Он не показал мне письмо, но сказал, что никаких мотивировок такого указания не приводит, однако категоричность его очевидна».
«ТОНИ было официально заявлено, — докладывал Горский по горячим следам в Центр, — что в директиве Военного министерства о его откомандировании сообщается, что он ни в коем случае не может быть использован на разведывательной работе, хотя служба в армии для него не закрыта». Хотя причины откомандирования не были указаны, продолжал Горский, сам Блант предполагает, что их может быть две: 1) контрразведка получила сведения о его коммунистических взглядах в прошлом; 2) ей стало известно, что он гомосексуалист. Берджес, передавая записку своего друга, просил указаний к действию, так как пассивность Бланта, по его мнению, могла быть расценена как признание вины.
Через несколько дней Блант был приглашен на беседу к бригадному генералу Мартину, который, как он предполагал, являлся заместителем начальника разведывательного отдела Военного министерства, и получил подтверждение своему опасению. «Между ними состоялась длительная беседа, — сообщал 3 октября 1939 года в Москву Горский, — в ходе которой Мартин сообщил, что ТОНИ был откомандирован из разведывательной школы якобы за то, что, в бытность его в университете, он был связан с коммунистической организацией, ездил в Советский Союз и писал статьи марксистской направленности». Блант не отрицал, что в своих критических статьях, публиковавшихся в журнале «Спектейтор», он рассматривал историю искусства с позиций марксистской философии. Это, вероятно, навело кого-то, предполагает Блант, на мысль, что те же взгляды он исповедует и применительно к политике. В конце долгого и чрезвычайно напряженного разговора генерал Мартин заявил, что обдумает сказанное Блантом, который произвел на него благоприятное впечатление, и наведет соответствующие справки о нем в Тринити-колледже.
Друг Берджеса — Денис Проктор, которого тот подослал к генералу Мартину с целью выведать отношение последнего к Бланту и в случае необходимости замолвить за него словцо, подтвердил, что у Мартина сложилось вполне хорошее мнение о Бланте и что он намерен вернуть его в разведку, назвав его увольнение всего лишь недоразумением. Со слов Берджеса, Денис Проктор в беседе с Мартином высказался в том плане, что «все благопристойные люди если не придерживаются левых взглядов, то, по крайней мере, имеют левых друзей». Берджес также высказал предположение, что информация о Бланте поступила от агента контрразведки из Кембриджа, а Блант подозревал конкретно бывшего члена коллегии в Тринити Денниса Робертсона, отказавшего ранее Филби в рекомендации для поступления на службу в Форин Офис. Хорошо зная Робертсона, Блант считал, что он может поступить таким образом даже в отношении близкого друга. Более того, Блант видел, как Робертсон завтракал со штабным офицером и несколько странно вел себя при последовавшей затем встрече с Блантом.