Несмотря на то что договор без подписи императора не имел юридической силы, в Корее был учрежден особый контрольный орган — Управление генерального резидента, руководивший армией и внешней политикой, а также имевший право издавать указы и давать распоряжения правительству. Во всех судах появились японские советники. В провинциях учреждались посты провинциальных резидентов, которые заменили собой корейских губернаторов.
Император пытался противодействовать японскому поглощению Кореи. В 1907 году он тайно направил на международную конференцию в Гааге посольство с просьбой помочь вернуть независимость Кореи. Делегация добралась до Голландии через Маньчжурию и Россию. Однако под давлением Японии и Англии ее на конференцию так и не допустили. Мировые державы были слишком заняты торгом между собой, чтобы обращать внимание на корейский вопрос. Существует красивая патриотическая легенда о том, что глава посольства Ли Чжун в знак протеста вскрыл себе живот прямо в ходе конференции. Впрочем, на самом деле его даже не пропустили в зал заседаний. Ли был вынужден ограничиться выступлением перед журналистами, а скончался от болезни.
Тем временем резидент Хиробуми, узнав о тайном посольстве, заставил Кочжона отречься от престола в пользу его сына Сунчжона, больного олигофренией. Династия стремительно двигалась к бесславному концу. Новый монарх безропотно подписал новый, еще более кабальный договор, едва ли отдавая себе отчет в своих действиях.
Возмездие вскоре настигло Хиробуми в лице молодого корейца Ан Чжун Гына. После заключения договора о протекторате Ан и его четверо друзей отрезали себе безымянные пальцы, кровью написали иероглифы «Независимость Кореи» и поклялись мстить захватчикам. В 1909 году он застрелил генерального резидента на вокзале в Харбине. Ан был казнен, но стал знаменем и символом корейского сопротивления.
Перед смертью Ито будто бы воскликнул: «Идиот! Он убил меня», имея в виду, что политика Японии в Корее еще больше ужесточится. Так оно и случилось. Под давлением нового генерального резидента король и премьер-министр были вынуждены согласиться с подписанием Корейско-японского договора о соединении, который окончательно поставил точку в существовании независимого Корейского государства.
Название страны сменилось с гордого имперского «Великая Хан» на нейтральное «Чосон». Вся власть передавалась японскому генерал-губернатору. Япония стала осуществлять в Корее военное, или, как его называли в советской историографии, сабельное управление.
Было объявлено, что два народа имеют общее происхождение, а корейский язык и культура являются лишь ветвью японского языка и культуры. Запрещалось издание газет и книг, обучение в школах на корейском языке. Большую часть привилегированных должностей и профессий могли занимать только японцы. Госаппарат также формировался полностью из них.
Кадастровый учет, проведенный новой властью, привел к тому, что большая часть пахотных земель и лесов оказалась в собственности генерал-губернаторства. Промышленность, торговля, сельское хозяйство находились в руках японцев, которые использовали их в интересах метрополии. Власти нещадно эксплуатировали местное население и жесточайшим образом подавляли любые проявления недовольства.
Корейцы ответили оккупантам массовым сопротивлением, которое выражалось в разных формах. С оружием в руках им противостояли бойцы Армии справедливости («Ыйбён»). Это старинная форма народного (преимущественно крестьянского) ополчения вновь возродилась к жизни после введения протектората.
«Ыйбён» является символом сопротивления захватчикам для корейских историков на Севере и на Юге и сейчас. О нем снимают фильмы и пишут стихи. Например, северокорейский журнал «Корея сегодня» публиковал такой текст на русском языке:
Призывы партизан «бить японцев, выковывая ножи из тряпок и вил», с воодушевлением были подхвачены самыми разными слоями населения. В одной из провинций в партизаны поголовно ушли охотники на тигров, после того как японцы попытались их разоружить. Расформирование корейской армии привело к тому, что к отрядам сопротивления примкнули также многие солдаты и офицеры.