Палаццо Уффици, построенный таким образом, что он служил как бы драгоценной рамой для восхитительных картин природы и созданий человека, рукотворных шедевров, был идеальным местом для размещения там коллекции Медичи. Соответствующая перестройка здания была осуществлена уже после смерти Вазари архитектором Буонталенти, но знаменитый коридор длиной около километра, соединивший (для удобства Медичи) палаццо Уффици с палаццо Питти и приютивший со временем Галерею автопортретов художников, был проложен автором первоначального проекта и носит его имя — Вазарианский коридор.
До 1737 года расположившаяся в Уффици коллекция хотя и была открыта для публики, принадлежала герцогам Медичи, пока не пресеклась мужская линия правителей города. После этого по воле сестры последнего великого герцога из рода Медичи Анны-Марии-Лодовики собрание было передано в общественное пользование, «чтобы украсить достойным образом государство, служить на благо публики и привлекать к себе любознательные чужестранцев».
Поначалу собственно музей занимал только верхний этаж одного крыла здания, но с увеличением коллекции он постепенно вытеснял другие учреждения, пока не занял его почти целиком. Однако со временем гигантский комплекс палаццо Уффици стал тесен для огромного количества собранных здесь произведений искусства, и от Уффици мало-помалу стали отпочковываться другие музеи, которые ныне пользуются заслуженной славой и известностью во всем мире: Музей Барджелло, где сосредоточены шедевры пластического искусства эпохи Возрождения, Археологический музей, в который были переданы произведения античного искусства, Музей Академии, Музей монастыря Сан Марко, стены которого были расписаны Фра Беато Анджелико и где также выставлена часть его живописных работ, Музей серебра, собравший произведения ювелирного искусства.
В палаццо Уффици же осталась лишь живописная коллекция и часть античной скульптуры, в том числе знаменитая Венера Медицейская. Галерея автопортретов, как уже говорилось, также была отделена от общей экспозиции и переведена в Вазарианский коридор. В залах Уффици, таким образом, была развернута не имеющая себе равных по богатству и значению в истории мирового искусства выставка шедевров итальянского Возрождения. Ее открывают мастера Проторенессанса — Чимабуэ, Джотто, Дуччо ди Буонинсенья, Симоне Мартини, продолжают великие художники раннего Возрождения — Мазаччо, Пьеро делла Франческа, Поллайоло, Филиппо Липпи, Боттичелли и венчают гении Высокого Возрождения — Леонардо да Винчи, Микеланджело, Рафаэль, Тициан. Ни в одном другом музее не представлено так полно и так исчерпывающе творчество титанов итальянского Возрождения, как в Уффици, где хранятся произведения, без которых невозможно вообразить развитие мировой художественной культуры. Достаточно назвать такие хрестоматийно известные вещи, как «Весна» и «Рождение Венеры» Сандро Боттичелли, «Поклонение волхвов» Леонардо да Винчи, «Святое семейство» Микеланджело Буонарроти, «Автопортрет», портрет папы Льва X и «Мадонна со щегленком» Рафаэля, «Флора» и «Урбинская Венера» Тициана. А рядом с ними в залах Уффици висят сотни творений других выдающихся итальянских мастеров, а также виднейших представителей европейских художественных школ: Дюрера, Кранаха, Хольбейна, Рембрандта, Рубенса, Ван-Дейка. Экспозицию завершают два недавно приобретенных Уффици полотна великого испанского живописца Гойи.
Но это если говорить собственно о пинакотеке — картинной галерее Уффици. А кроме пинакотеки, в палаццо Уффици располагается еще Кабинет графики с его богатейшими фондами, где хранится более 100 тысяч рисунков, гравюр, литографий, выполненных не только мастерами прошлого, но и современными художниками. До наших дней доведена экспозиция и в Галерее автопортретов.
Искусство новейшего времени представлено также и в палаццо Питти, где находится целый комплекс музеев: Галерея Палатина, которая органически дополняет пинакотеку Уффици собранными здесь шедеврами Возрождения (знаменитые «Велата», «Мадонна в кресле» и «Мадонна дель Грандука» Рафаэля, «Магдалина», «Красавица» и другие полотна Тициана и т. д.), Галерея современного искусства, Галерея серебра.