Василий III скончался, когда его сыну Ивану IV Васильевичу (Грозному впоследствии) было всего 3 года. В наследство ему достался Кремль в полном устройстве. Стены Кремля, храмы, дворцы — все было обновлено добротно и красиво. Родоначальником этих дел был Аристотель. Имя его в Российской истории осталось памятным в веках.
Первые итальянские мастера произвели крупнейший переворот в московском строительном деле. Стала формироваться новая эпоха в истории городского строительства. При усердии и несомненном таланте Аристотеля, этого выдающегося строителя того времени, сложилась отечественная школа специалистов каменно-кирпичных сооружений. Строители стали грамотно готовить известковые растворы (цемент появился только во второй половине XIX века). На качество кирпича были выработаны единые требования и определена классификация кирпича по сортам.
Впервые на Руси стали обжигать огнеупорный кирпич для кладки каминов, шведских и голландских печей. Для кровли изготавливалась черепица, для обделки печей стали применять изразцы. Своей огнеупорной глины в то время еще не знали. Глина эта завозилась из Германии и стоила очень дорого. Только в XIX веке залежи огнеупорных минералов были обнаружены на Юге России, в Донецкой области. Чтобы привлечь внимание отечественных предпринимателей к производству огнеупорных материалов в России был введен высокий таможенный тариф на импортную огнеупорную глину. В 1891 году платили 4 копейки золотом за пуд такой глины!
Но основная заслуга Аристотеля заключалась в том, что он в своей архитектурно-строительной практике сохранил главнейшие элементы русского стиля. И. Забелин по этому вопросу писал, что к началу царствования Ивана Грозного русские мастера основательно выработали свой самобытный, своеобразный стиль церковных построек. Они вводили старозаветные типы и элементы своих деревянных строений в кирпичные сооружения с незначительной прибавкой к ним итальянских образцов. Это касалось мелких деталей по преимуществу, в так называемых «обломах», при отделке и украшении поясов, карнизов и всяких подзоров. В таком стиле был построен в 1555–1561 гг. собор Покрова Пресвятой Богородицы (Храм Василия Блаженного) в память о покорении татарских царств Казанского и Астраханского.
К этому времени относится предположение о строительстве Благовещенской церкви в селе Тайнинское (Мытищи). И. К. Кондратьев в книге «Седая старина Москвы» пишет: «…кем построена церковь неизвестно, но с некоторой достоверностью можно полагать, что при царе Иоанне Грозном, с позднейшей реставрацией при отце Петра I, Алексеем Михайловичем».
Наиболее значимые храмы и строения, возведенные по указам Ивана Грозного, это особые хоромы с набережной стороны Кремля и при них каменно-кирпичный храм во имя Сретения Господня (1561 г.), 4 придела над папертями Благовещенского собора (1563–1564 гг.). Построены Посольская палата, особые хоромы в Александровской слободе и множество других построек. Все было выполнено в старорусском стиле. В год смерти Ивана Грозного (1584 г.) был создан «Государев Приказ каменных дел». Этому Приказу подчинялось «всего Московского государства каменное дело, да на Москве же известные и кирпичные дворы и заводы». Чиновники Приказа строго следили за сбором налогов со всех, кто имел дело с производством строительных материалов, добыча белого камня, изготовление кирпича и извести. Кроме надзора за строительством и расходом строительных материалов была создана служба дозорных и мерщиков для «обнаружения и осмотра» новых залежей минералов нерудного происхождения.
После смерти Ивана Грозного настало время деятельности Бориса Годунова при царе Федоре Ивановиче. Годунов состоял при Дворе в должности главы Конюшенного приказа и считался, как думный боярин, «первый после царя». Однако, он не был прямым родственником царской фамилии, а приходился братом жены царя Федора Ивановича и не имел официального права престолонаследия. После смерти царя наступило безвластие, и Годунов временно возглавлял московскую власть. Его указы были восприняты жителями как великое благодеяние: «…чтобы людям питатися, повелел делати каменное дело многое»; приступил к строительству кирпичных стен вокруг Кремля, заложил новые торговые ряды «во успокоение торжникам». Для кирпичников и каменщиков появилась возможность хорошего заработка. Во время правления Бориса Годунова были восстановлены и украшены многие церкви и монастыри. При нем был построен большой мост в середине Москвы с торговыми лавками и мост через речку Неглинку, воздвигнут большой храм Николая Чудотворца на Арбате (Никола Явленный). Особое внимание Годунов уделил восстановлению Новодевичьего монастыря.