О состоянии градостроительства Москвы в период Смутного времени свидетельствует лишь меткое народное слово «Московская разруха». Как писали историки, «…излися фиал горести царствующему граду Москве, всеобщее разорение. Падоша тогда вы сокосозданные домы, красотами блиставшие, все огнем поядошася, и вси премудроверхия церкви скверными руками до конца разоришося».
В первые годы царствования Михаила Федоровича Романова вокруг Посада был сооружен Земляной вал с глубоким рвом. На валу устроен острог-тын. На строительство ушло 8 лет (1633–1640 гг.) Это строительство диктовалось крайней необходимостью защиты города от ожидаемых повторных нашествий своих извечных врагов. Чтобы пополнить казну, на Земляном валу в 1641 г. была построена центральная каменная Мытоимница, «яже есть Таможня». Миновать заставы стало невозможно. Весь товар стал проходить через Мытоимницу по закону. Для торговли был построен кирпично-каменный Гостиный Двор. «В нем палаты двокровные и трикровные, на вратах Двора Михаил Федорович повелел свое, царского величия имя, написати златыми письмены, и вверху свое царское знамя орел позлащен». Устроением Москвы царь занимался с большим желанием и настойчивостью. Почти все храмы были подновлены, монастыри обнесены кирпичными оградами, «… хитростройными сооружениями благоверный царь возвел воду из Москвы реки на царский двор ради великого потребления».
Это первое упоминание о водопроводе в Москве. Историки по достоинству оценили деяния Михаила Федоровича: «яко же ин ни кто же». Не успел он подновить только стены Кремля. В год его кончины (1645 г.) эти стены «представляли с наружных своих сторон великую обветшалость».
Сын Михаила Федоровича, Алексей Михайлович, не торопился приступать к ремонту кремлевских стен. Предварительно была составлена смета на материалы и саму работу. Чтобы определиться со временем «этих забот» по царскому указу печник Куземка Кондратьев в 1647 г. устроил кирпичный завод у Данилова монастыря в так называемых «Даниловских сараях», сложил кирпичную обжиговую печь по немецкому образцу на 34500 кирпичей в одну загрузку. Но мощности такого завода было недостаточно, и ремонтные работы растянулись на 10 лет. В год изготавливалось около 5 млн штук кирпича, а потребность составляла 7–8 млн. штук. Поэтому стены и башни сторожевые приходили в ветхость быстрее, чем их могли подновить.
В 1666 году были разосланы Государевы грамоты по городам о собрании всех до одного человека каменщиков, кирпичников и горшечников в Москву для церковного, дворцового, палатного и городового (стенного) дела в Кремле, Китай-городе и в Белом городе. Грамоты сопровождались строгим наказом: «…если кто из них ухоронится, то жен их и детей повелено метать в тюрьму, покамест мужья не объявятся». Такова была государственная необходимость. Кирпичное производство переживает новый подъем. Кроме Даниловских заводов кирпич стали вырабатывать Хамовнические, Полевые (старые и новые), Андреевские, Калитниковские и другие.
Строительные работы при Алексее Михайловиче не были особо выдающимися, но все-таки при нем был построен новый Гостиный Двор, более обширный и удобный по сравнению с тем, что был построен при Михаиле Федоровиче. Заново было перестроено здание Приказов в Кремле, окончательное строительство было завершено уже при его сыне Федоре Алексеевиче. Исторические записи свидетельствуют, что он многие церкви Божии «пречудне украсил всяким благолепием и царский дом свой и грады Кремль, и Китай преизрядно обновил». К 1680 году были закончены ремонтные и реставрационные работы стен и башен Кремля. Но возникли другие проблемы. В прежние годы стены Кремля облицовывались белым известняковым камнем, поэтому и Москва называлась белокаменной. Однако многочисленные подновления в более поздние годы производились красным кирпичом. Дождями постепенно известь выбивалась из швов кирпичной кладки, и образовались потеки, обезобразившие внешний вид Кремля. Алексею Михайловичу было доложено, что необходимо либо все побелить известью, либо расписать стены и башни по образцу Спасских ворот, которые были «прописаны черленью и белилом в кирпич». Государь указал: «Город Кремль и стены выбелить известью!». Что и было исполнено.