7 мая 1993 Б.Ельцин лишил Руцкого всех поручений, и шаг за шагом вице-президента лишили атрибутов власти — персонального «мерседеса», затем охраны и личного врача. 16 июня Руцкой заявил, что он передаст 11 чемоданов в прокуратуру. В ответ Ельцин уволил руководителя Министерства безопасности Баранникова по подозрению в помощи Руцкому по сбору 11 чемоданов компромата.
Кроме того, межведомственная комиссия по борьбе с преступностью обвинила А.Руцкого в отмывании денег через счета в швейцарском банке (впоследствии, в январе 1994 года, Генпрокуратура это обвинение полностью опровергла). По результатам проверки Генеральной прокуратуры, из 51 обвинения Руцкого были подтвержены 45.
После того как указом президента Б. Н. Ельцина № 1400 от 21 сентября 1993 г. было объявлено о прекращении с 21 сентября «осуществления Съездом народных депутатов и Верховным Советом Российской Федерации их законодательных, распорядительных и контрольных функций», в ночь с 21 на 22 сентября Верховный Совет Российской Федерации принял постановление о прекращении президентских полномочий Б. Н. Ельцина и переходе полномочий, согласно Конституции, к «исполняющему обязанности президента» вице-президенту А. В. Руцкому. Руцкой принес присягу Президента Российской Федерации.
3 октября Руцкой с балкона Белого дома призывал своих сторонников взять штурмом здание мэрии Москвы и захватить телецентр Останкино. Указом президента Ельцина пост вице-президента был ликвидирован, а Руцкой арестован по обвинению в организации массовых беспорядков 3–4 октября 1993. Находился в заключении в изоляторе «Матросская тишина». 26 февраля 1994 г. освобожден из-под стражи в связи с постановлением об амнистии, принятом Государственной Думой 23 февраля 1994 г. (хотя суд так и не состоялся).
В ноябре 1996 г. защитил диссертацию на соискание ученой степени кандидата экономических наук. Автор книг: «Аграрная реформа в России», «Лефортовские протоколы», «Крушение державы», «Мысли о России», «Обретение веры», «Неизвестный Руцкой», «О нас и о себе», «Кровавая осень».
В 1996–2000 гг. глава администрации Курской области, член Совета Федерации, член Комитета Совета Федерации по вопросам экономической политики.
НАША ВЕРСИЯ:
Александр Руцкой быстрым уверенным шагом прошел в кабинет Р. Хасбулатова, и не дожидаясь формального приглашения, сел в кожаное черное кресло.
— Что будем делать, Александр Владимирович? — Хасбулатов отложил трубку в сторону. Механически взял авторучку с золотым пером, вынул ее из гнезда, покрутил в пальцах и поставил на место.
— Надо собирать совещание. Признаться, я ничего другого от нашего дурного президента и не ожидал.
— Еще бы. Все наслышаны о ваших 11 чемоданах компромата…
— Можно собрать и 11 вагонов компромата. И ему все будет нипочем! Он — непотопляемый и идет напролом! — Руцкой говорил жестко и довольно быстро.
— Вы же прекрасно видели, что словосочетанием «конституционный кризис» прикрывают совсем другое — битву за госсобственность…
— Все мы прекрасно видели…
— Ну и что вы сбираетесь делать сейчас? — Руцкой сжал кулаки. — Учтите, что я, исполняющий обязанности президента, — на вашей стороне. На стороне парламента. А не своего начальника, президента Ельцина
— А Ельцина больше нет, — коротко бросил Хасбулатов.
Руцкой вопросительно посмотрел на Хасбулатова.
— То есть?
Хасбулатов потянулся за книгой, лежащей на углу рабочего стола, — это была новая Конституция. Председатель Верховного Совета открыл ее на нужной странице, которая была заложена.
Статья 121.6 Конституции недвусмысленно гласила:
«…Полномочия Президента Российской Федерации не могут быть использованы для… роспуска либо приостановления деятельности любых законно избранных органов власти, в противном случае они прекращаются немедленно».
— Вы надеетесь, что эта статья сработает? — воскликнул Руцкой. — Что она защитит страну и вас лично от ельцинского произвола? В нашей стране законы давно не действуют. Власть достается только тем, кто идет против нее. В стране — государственной переворот! А для него все средства хороши…
Хасбулатов пожал плечами и потянулся за трубкой.
— Вспомните, как начинался приход Ельцина к власти. — Руцкой размахивал руками. — Был 1991 год. Путч плавно перетек в Беловежье. И чем дальше — тем хуже. Если мы не удержим сейчас ситуацию, то окончательный развал страны неминуем! Мы стоим у последней грани. У Рубикона. Понимаете?