Участие Баженова в политике не прошло незамеченным. Медицинское начальство пыталось уволить его с поста директора Преображенской больницы, обвинив в неисполнении обязанностей: в отличие от своих предшественников, Баженов не пользовался казенной квартирой на территории больницы, а жил в собственном доме неподалеку. Однако ему удалось остаться на своей должности. А вскоре он, как лидер московских психиатров, получил назначение работать в правительственной комиссии по пересмотру законодательства о душевнобольных. В 1911 году на съезде только что созданного Русского союза невропатологов и психиатров (еще в 1902 году Баженов был избран во временный комитет по его организации, а в 1911 году стал первым председателем союза) им был представлен итоговый проект законодательства52.
Еще одной областью деятельности Баженова было масонство. После Французской революции, и в особенности после декабрьского восстания, масонство в России попало под запрет. Поскольку собственных лож в стране не было, русские могли вступить в общество только за границей. Из русских членами лож были немногие, среди них — И.С. Тургенев и дядя царя, великий князь Николай Михайлович. Но Тургенев в 1883 году скончался, а Николай Михайлович был посвящен позже, в 1890-е годы Баженов был принят в масоны в 1884 году во Франции, в ложе под названием «Les amis гёшш» («Собрание друзей»). Члены ложи, по-видимому, связывали с ним надежды на возрождение масонства в России. Возможно, что многие из его профессиональных и личных контактов были связаны с масонами — как французами, так и русскими, которых становилось все больше. Когда академик, масон и, позже, член Конституционно-демократической партии М.М. Ковалевский (1857–1916) открыл в Париже Высшую российскую школу общественных наук, он пригласил преподавать в ней Баженова (в школе выступал и Ленин)53. Возможно, что с масонскими контактами связано и награждение Баженова орденом Почетного легиона, приуроченное ко дню его рожденья — 8 августа 1905 года54. В 1908 году Баженов основал в Москве дочернюю по отношению к французской ложе «Великого Востока» («Loge du Grand Orient») ложу. Ей дано было имя «Возрождение». Правда, по свидетельству Нины Берберовой, дочери известного русского масона, «братья» вскоре решили, что Баженов «слишком разговорчив», чтобы надежно хранить их тайны, и на выборах в Верховный совет его кандидатура была забаллотирована55.
Мечта о возрождении человечества, — свойственная масонству, но, несомненно, гораздо более древняя, — была диаметрально противоположна господствовавшему среди психиатров конца XIX века мнению, что человечество вырождается. Согласно сформулированной французскими психиатрами Б.-О. Море-лем и Моро де Туром теории дегенерации, ухудшение жизненных условий ведет к росту болезней в населении. Накапливаясь в поколениях одной семьи, физические и психические болезни могут в конечном счете привести к ее вымиранию и вырождению человеческого рода в целом. Патологические изменения (или «стигматы») вырождения проявляются сначала в виде повышенной нервности, алкоголизма, а на поздних стадиях — телесными уродствами, идиотией, рождением нежизнеспособных детей. Многие состояния, считавшиеся патологическими, — неврастения, истерия, наркомания, гомосексуализм, — были признаны стадиями вырождения. Теория дегенерации ценилась психиатрами за то, что помогала упорядочить пеструю картину психических болезней и более или менее патологических состояний. Связывая душевные болезни с наследственностью и физическими особенностями организма, эта теория претендовала на научность. В конце века она получила такое распространение, что во Франции, например, абсолютное большинство психиатрических диагнозов начинались словами «психическое вырождение, с…», после чего перечислялись основные симптомы56.