Казалось, обстоятельства благоприятствовали пруссакам. На второй день главные силы встретили в районе Ауэрштедта отдельный французский корпус, который значительно уступал им численно, особенно в коннице и артиллерии. Если бы прусское командование смогло хоть немного сориентироваться в ситуации, поражение было бы решительно невозможным, более того, победа сама шла пруссакам в руки. В случае успеха путь на Мерзебург был бы открыт, и если бы группировка Гогенлоэ в районе Йены медленно отступала перед главными силами французов, избегая сражения, пруссакам удалось бы сосредоточить все силы для решающей битвы на выгодной позиции.
Но и при Йене, и при Ауэрштедте прусское командование проявило полную беспомощность. Оба сражения представляют собой непрерывную цепь неправильных решений, излишней поспешности и серьезных упущений. Прусская армия на протяжении десятилетия не участвовала в европейских войнах; она не была знакома с новой тактикой, которой ее противник владел в совершенстве. Конечно, в теории в Берлине знали о переменах, и Шарнхорст неустанно пытался распространять это знание, а в военной литературе обсуждались проблемы стрелкового боя и тактики колонн.
Но отдельные фигуры ничего не могли поделать с армией, которая гордо застряла в эпохе Фридриха Великого. Наследникам великих деятелей сложно не переоценивать самих себя. С того момента, как Фридрих Вильгельм III вступил на престол, обсуждалось множество проектов реформ; однако любое изменение сталкивалось с сопротивлением старых, закаленных в боях генералов, сподвижников Фридриха Великого, и традиция в итоге побеждала. Застой превратился в отставание, и 14 октября 1806 года прусские воины увидели с изумлением и ужасом, что их отработанные на плацу приемы совершенно не соответствуют ситуации и не производят впечатления на противника, а последний, в свою очередь, использует методы, которым они ничего не могут противопоставить. Солдаты видели, как их строгие и гордые командиры оказались совершенно беспомощными, и под натиском этих впечатлений старые воинские добродетели не смогли устоять. Славная прусская армия бесславно развалилась.
Гренадерский батальон принца Августа находился в резерве главной армии, и его участь была особенно несчастливой. Во всеобщей сумятице король подчинил принцу еще три гренадерских батальона; эта бригада сначала пыталась переломить ход сражения, а затем прикрывала отход правого крыла. Клаузевиц в течение всего сражения командовал стрелковым дивизионом, сформированным из третьей шеренги батальона. Можно предположить, что обучение солдат третьей шеренги действиям в качестве стрелков осуществлялось до войны именно по его инициативе.
Поражение при Йене и Ауэрштедте решило судьбу кампании. Разбитые войска устремились на запад, в сторону Веймара, откуда повернули на север, к Гарцу. Наполеон же, стремясь использовать плоды победы, двинулся по самому короткому пути в сердце прусской монархии.
Принц Август во время отступления делал все возможное, чтобы спасти ситуацию. Он выступал против пораженчества верховного командования, которое было готово капитулировать прямо сейчас. Он также несколько раз брал на себя командование арьергардом, сдерживавшим преследователей.
После перегруппировки в районе Магдебурга князь Гогенлоэ повел разбитую армию несколькими колоннами на Штеттин, чтобы переправиться через Одер. Форсированными маршами можно было бы опередить противника, однако солдаты были неспособны справиться с этой задачей. Палатки и котлы были потеряны или двигались в северной колонне; у солдат не было шинелей, и они не могли ночевать на открытом воздухе, а должны были становиться на постой в дома, чтобы армия не развалилась окончательно. Все это замедляло движение.
28 октября авангард наступавших через Берлин французов столкнулся с южной колонной в районе Пренцлау. Пруссаки удерживали город и переправы через реку Укер, местность благоприятствовала обороне, и серьзной угрозы разгрома не было. Однако французы смогли убедить полковника Массенбаха, начальника штаба Гогенлоэ, в собственном численном превосходстве, и пруссаки сложили оружие.