В Афинах его встретила Фульвия. Она была уже больна, и вскоре после того, как их брак восстановился, умерла. Отношения Антония с Октавием стали натянутыми, но всё же в октябре 40 года им удалось преодолеть разногласия и заключить Брундизийский договор, подтверждавший раздел империи. Как бы скрепляя его, Антоний женился на Октавии, сестре Октавия, которая очень удачно недавно овдовела. Свадьбу сыграли спустя несколько недель после того, как Клеопатра родила от Антония двух близнецов; позже мальчика назовут Александр Гелиос, девочку — Клеопатра Селена.
Прошло ещё три года, которые Клеопатра провела в Египте, управляя своим царством и пытаясь восстановить его экономику. Эта женщина, вошедшая в историю как образец сладострастия, как героиня античной «лав-стори», большую часть своей жизни провела в безбрачии. Зимой 47 года она жила в Александрии с Юлием Цезарем. В течение следующих трёх лет в общей сложности восемь месяцев она пробыла в Риме, однако нет никаких свидетельств о том, что их близость возобновилась и продолжалась (об этом умалчивает даже вездесущая молва). Её союз с Антонием продолжался чуть больше шести лет, и из этого срока следует вычесть его войны и походы. Сомнительно, чтобы её браки с младшими братьями, умершими соответственно в 14 и 16 лет (первый погиб в гражданской войне, которую вёл против неё; второго, как предполагают, убили по её наущению), предполагали супружеские отношения. Поэты при дворе Августа обвиняли её в необузданной похотливости; тема была подхвачена в более позднюю эпоху, но, насколько можно судить теперь, у неё были только два сексуальных партнёра, причём обоих она выбрала хладнокровно и расчётливо, преследуя определённые политические выгоды. Клеопатра, героиня многих сотен горячечных сексуальных фантазий, оказывается на поверку и по нормам её времени образцом если не целомудрия, то воздержания.
Свою энергию она применяла в других сферах. Клеопатра проявила себя умелой, волевой, но и тактичной правительницей, владеющей трудным искусством переговоров, рачительной и бережливой хозяйкой государства. Греческая династия Птолемеев далеко не всегда пользовалась у своих египетских подданных популярностью — за триста лет их владычества страну не раз захлёстывали мощные волны национальных восстаний. Сама Клеопатра взошла на престол в период ожесточённой вспышки гражданской войны. Но при этом все документы свидетельствуют о том, что в её царствование в стране не было междоусобной розни. Если верить Плутарху, Клеопатра была первой царицей Египта, выучившей язык своей страны (при дворе говорили по-гречески) и соблюдавшей древние ритуалы её религии. Подданные платили ей за это верностью. Очевидно также, что благодаря её попечению и невзирая на огромные долги, сделанные отцом Клеопатры, Птолемеем, и на то, как безжалостно Цезарь, нуждавшийся в деньгах для ведения гражданской войны, ограбил египетскую казну, экономика страны окрепла. К концу её царствования в казне было достаточно средств, чтобы Клеопатра могла кормить и снабжать армию Антония и построить флот, способный на равных тягаться с римским, причём огромные военные расходы не сказывались на благосостоянии страны. Когда же после её гибели Октавий привёз захваченную в Египте казну в Рим, там упали цены, а учётные ставки снизились с 12 до 4 процентов.
Как добилась она такого процветания, в подробностях неизвестно: античные историки мало интересовались скучными экономическими материями. Мы знаем лишь, что Клеопатра пришла к чрезвычайно выгодному соглашению с арабскими племенами относительно прав на нефтяные месторождения, расположенные где-то на южном побережье Мёртвого моря, и что она, выпросив у Антония плодородные земли вокруг Иерихона, славившиеся своими финиками и ароматическими смолами, затем сдала эти земли в аренду иудейскому царю Ироду и, не потратив ни гроша и не пролив ни капли крови, получила значительный доход. Об этих операциях пишет Иосиф Флавий, иудейский историк I века н. э., один из тех немногих, чей взгляд на Клеопатру отличается от римской точки зрения. Его хроники создают очень своеобразный и привлекательный образ «работницы на престоле», царицы, куда больше интересующейся мощением дорог и рыночными ценами на финики, чем сексуальными наслаждениями.