Будучи царицей Египта, Клеопатра «автоматически» отождествлялась с богиней Изидой. Культ Изиды был широко распространён в эллинистическом мире в I веке до н. э. Для Клеопатры это было удачное и выгодное совпадение, которое позволяло объединить придворную греческую культуру с изначальными верованиями подданных-египтян. Изида была великой богиней — древней и почитаемой. Отождествление с ней давало благословление на царствование — Клеопатра получала подтверждение законности прав Птолемеев на престол, что было важно для неё, так как многие египтяне всё ещё считали греков узурпаторами.
В конце жизни, в отчаянной попытке собрать силы и оправиться от разгрома при Акции, Клеопатра, как свидетельствует Дион Кассий, изъяла сокровища из священного алтаря богини. Однако более поздние авторы заблуждаются, приписывая ей недостаточное почтение к Изиде. Надпись в Гермополе гласит, что в 51 году до Р. X., то есть на первом же году правления Клеопатры, «царица, владычица обоих царств, богиня, чтящая своего отца, перевезла на ладье Амона священного быка в Гермополь». Бык являлся инкарнацией божественного быка Аписа, так же как сама Клеопатра — воплощением Изиды. Поскольку предыдущий бык умер, то перевозка нового воплощения бога требовала большой церемонии, одной из тех, что являлись частью общественной жизни Древнего Египта. Большинство историков соглашаются с тем, что царицей-богиней, сопровождавшей ритуальную процессию, была Клеопатра. Процессия должна была преодолеть более четырёх сотен миль по воде. Раз царица взялась участвовать в этом ритуале, значит, она всерьёз собиралась исполнять роль богини или по крайней мере намеревалась уверить в этом племена Верхнего Египта, которые неоднократно поднимали бунты против её предшественников.
Культ Изиды был известен и в Риме. В 50 году до н. э. римский консул требовал разрушить все алтари богини, однако охотников заниматься такой работой не нашлось. В конце концов консул сам взялся за топор и приступил к делу. Эта история указывает и на распространённость культа Изиды среди низших классов, и на то, что он вызывал сильные подозрения у лиц, обладавших авторитетом.
В числе приверженцев Изиды наверняка было множество рабов, ввезённых с эллинистического Востока, и, следовательно, отправление культа могло быть ядром, вокруг которого собирались недовольные. С другой стороны, Изиде поклонялись и многие знатные римлянки. Проперций горько сетует на то, что его возлюбленная Цинтия уже десять ночей подряд не пускает его к себе, храня верность богине Изиде. Ювенал, век спустя, с большим возмущением описывает типичное поведение знатных римлянок — поклонниц Изиды: «И если некая египетская богиня потребует от неё совершить паломничество по Нилу, то она без промедления пускается в путь вверх к истокам реки и возвращается обратно с фиалом святой воды для окропления храма. И при этом она в самом деле верит, что Изида с ней говорила! Можно подумать, у богини нет других дел, как только болтать с дураками!» Римская пропаганда приписывала Клеопатре всё самое дурное, что только можно ожидать от женщины и чужестранки. Клеопатра же присвоила себе титул богини — покровительницы чужестранцев и защитницы тех, кто являлся аутсайдером при римском патриархальном общественном укладе, а именно женщин.
Рим ассимилировал пантеон богов покорённых азиатских народов так же, как до этого ассимилировал греческий пантеон. Новые божества смешивались со старыми и привычными. Процесс облегчался тем, что в тот период главную роль в религиозных верованиях играл определённый образ, а не его наименование. Мать с младенцем могла быть Венерой с Купидоном, Афродитой с Эросом или Изидой с Гором. Позже та же иконографическая традиция плавно и вполне успешно перетекла в другую религию, согласно которой эти фигуры получили имена Марии и Иисуса. Замена имён произошла легко, поскольку суть символического образа не менялась.
Изида была богиней, в которой сочетались характеры самых разных божеств. Её всеобъемлющая природа так воспевается в одном из египетских гимнов I века до н. э.: «О единственная, о всемогущая, к твоим стопам склоняются все народы, воспевая своих богов!» Явление Изиды описывает Апулей в «Золотом осле» (II век н. э.). Луций, рассказчик (который превратился в осла), молится Луне, Царице небес. Он не знает, как правильно называть богиню: Церера ли, Прозерпина, Венера или Афродита, — но просит её вернуть ему человеческий облик. Богиня является ему во сне, ничуть не смущённая его незнанием. «Единую владычицу, чтит меня под многообразными видами, различными обрядами, под разными именами вся вселенная». И только «богатые древней учёностью египтяне почитают меня так, как должно, называя настоящим моим именем — царственной Изидой».