Главные обвинения, согласно свидетельству бывшего тамплиера Сквин де Флексиана, заключались в том, что:
«Все тамплиеры при посвящении клялись никогда не покидать ордена и защищать его интересы всеми средствами, правыми или неправыми.
Вожди ордена находились в тайном сговоре с сарацинами и были в большей степени мусульманскими неверными, чем христианскими верующими, и каждый поступающий обязан был плюнуть на крест и попирать его ногами.
Вожди ордена еретики, жестокие и святотатственные люди, которые убивали всякого поступающего, кто собирался рассказать о злодеяниях ордена или пытался покинуть его. Более того, они обучали женщин, забеременевших от них, как осуществить аборт и тайно убить новорожденного ребенка.
Они были заражены порчей Фратечелли; они презирали папу и авторитет церкви и презирали священнодействия, особенно покаяние и исповедь.
Они были привержены к самым крайним формам излишеств и распутству. Если кто-то высказывал к этому отвращение, то его наказывали вечным заключением.
Дома тамплиеров являются прибежищем каждого вида преступления и гнусности, которые только можно совершить.
Орден сделал все возможное, чтобы отдать Святую землю в руки сарацин.
Великий Магистр возводится на эту должность тайно, и очень немногие из молодых братьев присутствуют при этом, он отвергает свою христианскую веру, делая что-то противоположное правильному.
Многие статуи ордена незаконны, имеют светский характер и противоречат христианству. Членам ордена запрещено под страхом вечного заключения показывать их кому-либо.
Нет порока или преступления, совершенного во славу или для благосостояния ордена, которые признавались бы грехом».
Арест пятнадцати тысяч тамплиеров, включая де Моле, был произведен утром в пятницу, тринадцатого. Главным подставным свидетелем был де Флексиан, отлученный от церкви за ересь и другие преступления. Вместе с флорентийцем Ноффо Деи он давал показания против ордена, в награду за которые ему обещали прощение и свободу. Инквизиция отдала приказ получить признания и применить любые пытки для достижения этой цели. Эти умелые палачи были мастерами причинять максимум боли, не доводя дело до смерти: только тридцать шесть тамплиеров в парижском районе умерли на первых стадиях допроса. При столь большом количестве допрашиваемых инквизиция была вынуждена дать специальное разъяснение, поскольку не хватало подземелий и орудий для пыток. Люди эти были с воображением и быстро предложили много новенького для получения признаний. Примером тому может служить «печка для ног», для которой требовалось всего лишь ложе, чтобы привязать заключенного, немного масла для его ног и жаровня. Эти легко изготавливаемые инструменты оказались высокоэффективными, когда инквизиция уговаривала тамплиеров сказать «правду». Одного мужчину внесли в зал суда для признания с коробкой в его руках, в которой лежали почерневшие кости, выпавшие из его ног при поджаривании.
Несмотря на все усилия инквизиции, признания поступали медленно, но быстро становились достоянием публики, с ужасом внимавшей, что когда-то выдающиеся тамплиеры при знались в том, что отвергали Бога, Христа и Деву Марию, в том, что они практиковали Osculum Infame — «поцелуй стыда», при котором человека, проводившего посвящение, надо было поцеловать в губы, пупок, пенис и ягодицы. На базе современного знания мы не можем верить этим признаниям под пыткой, отнеся их за счет воображения палачей, но некоторые признания следует воспринимать гораздо серьезнее.
Во многих странах неодобрительно отнеслись к приказу папы арестовать и допросить всех тамплиеров и выполняли приказ с нарочитой медлительностью. Португалия, Ирландия, Шотландия и Англия были среди тех стран, которые не хотели выполнять предписанное. В Англии король Эдуард II со временем согласился выполнить папский приказ, но его палачи особого успеха не добились, и парижская инквизиция предложила ему помощь в виде искусных в своем деле мастеров, которые с удовольствием им занимались. В июне 1311 года английская инквизиция получила весьма интересную информацию от тамплиера по имени Стефан де Страпелбриж, который признал, что во время обряда посвящения ему сказали: Иисус был человеком, но не богом. Другой тамплиер по имени Джон де Сток заявил, что Жак де Моле наставлял его в том, что Иисус был всего лишь человек и что он должен верить только в «Великого Бога Всемогущего, который был архитектором небес и земли, а не в распятие». Это многих удивило, поскольку такое заявление не укладывалось в теологические знания тех времен, включая знания о еретических сектах, таких, как катары, которые, возможно, имели контакт с орденом. Для нас, разумеется, это не было сюрпризом, поскольку именно таких слов мы ждали от людей, которые проходили посвящение в последние годы Братства назореев, судя по посланию Иерусалимской церкви Иакова, обнаруженному на свитках. Источником веры Великого Магистра являлось истинное учение Иисуса, которое возникло раньше культа распятия, созданного Павлом и принятого римлянами. Вера, приписываемая Великому Магистру, выглядит достоверно: они не отвергали Иисуса — они просто напоминали народу, что есть только один Бог, одна верховная сущность.