Парадоксально, но борьба с «еретическими» сочинениями имела еще и такую своеобразную форму: церковные христиане сами создавали апокрифы благочестивого содержания, подписанные теми же именами, что и книги еретиков и раскольников. Например, таким творением является Откровение апостола Павла. Осуждение в древней Церкви касалось вовсе не той книги, которую знаем теперь мы.
Было также много книг, которые не были вовсе включены в индексы; интерес к некоторым апокрифическим произведениям заслонял само запрещение. Ярким примером тому может служить русский митрополит Макарий, включивший в свои Великие Четьи-Минеи Сказание Афродитиана, Первоевангелие Иакова, Книгу Еноха и другие известные апокрифы. Жития святых святителя Димитрия Ростовского содержат пересказы из апокрифических евангелий, не называя их. В опалу, таким образом, попадала не информация и даже не сама книга, а название ложноподписанного сочинения.
Известно более ста новозаветных апокрифов по упоминаниям в творениях отцов и учителей Церкви, упоминания эти почти всегда с неодобрением. Первый церковный историк Евсевий Кесарийский является составителем первой апокрифической антологии, в которую он включил даже ныне канонический Апокалипсис Иоанна Богослова. Среди утраченных книг можно назвать, например, Евангелие Варнавы, Евангелие Варфоломея, Евангелие Евы, Василида, египтян и многие другие. Они являются символом апокрифичности, как претендовавшие на изложение Божественной истины, конкурируя с каноном. Но не всякий апокриф ложен, он просто не подлежит догматическому толкованию, он повествователен и информативен.
Нельзя не отметить, что апокрифическая литература имеет громадное значение в истории христианской Церкви — в установлении богослужебного канона, в закреплении отдельных обрядов и особенностей иконографии. Христианские песнопения, иконопись, проповеднические Слова на праздники тесно связаны с апокрифическими евангелиями, и если не придавать им значения исторических фактов, то синтез церковного искусства теряет тот смысл, который закрепился за ним в литургической и символической традиции Церкви.
Конкретно следует отметить, что большинство богородичных праздников из числа великих двунадесятых сформировались на апокрифической основе, например, Рождество Богородицы, Успение Богородицы; также можно здесь говорить о Зачатии Богородицы, отдельных сюжетах праздников, посвященных таким важнейшим событиям, как Рождество Христово, Воскресение (Сошествие во ад). Поводом к созданию Богородичных апокрифических сказаний послужила исключительная скудность фактов о Ее житии, недостаточность которых особенно почувствовалась во времена христологических споров, и ответом стали Первоевангелие Иакова, Евангелие о рождестве Приснодевы Марии, подписанное именем ап. Матфея, Сказания об Успении Богородицы Иоанна Богослова и Иосифа Аримафейского. Тема Сошествия во ад в «Евангелии от Никодима» была затронута по другим причинам, здесь раскрывалась недосказанная в канонических Евангелиях концепция христианской эсхатологии: смерть можно победить, только разрушив преисподнюю, и Христос, «смертию смерть поправ», искупил человечество. Своим сокрытым присутствием в празднично-литургическом календарном круге Церкви некоторые апокрифы можно назвать частью богослужебного канона.
В наше время нет индексов запрещенных книг, и апокрифическая литература определяется только как жанр, живущий параллельно с библейскими текстами, вопреки почти математической аксиоме пересекаясь за богослужением. Все иные христианские источники или источники о христианстве, не нашедшие места в устоявшейся богослужебной практике, являются подлинными богоотметными апокрифами, точнее, не подлинными свидетельствами. Таковы многие тексты из гностической библиотеки Наг-Хамади, подписанные именами апостолов и не получившие должной богословской оценки, Евангелие мира от ессеев, Евангелие Леви.
Интересно отметить, что в русской книжности уже существовал сборник апокрифических евангелий. Он был подготовлен В. В. Гейманом, подписавшимся псевдонимом Вега. Сборник был издан в 1912–1914 годах в Петербурге, он состоял из пяти апокрифов и был разбит на четыре раздела: первый посвящен зачатию и рождеству Девы Марии, второй — рождеству и детству Иисуса Христа, третий — праведному Иосифу Плотнику, четвертый — Воскресению Христову. Все тексты, подготовленные Вегой, включены в раздел новозаветных апокрифов.