То, что стеганография смогла просуществовать столь длительное время, показывает, что она, несомненно, обеспечивает определенную секретность, но ей присущ один принципиальный недостаток. Если курьер будет обыскан и у него обнаружат сообщение, то сразу же станет известно и его содержание. Перехват сообщения мгновенно ставит под угрозу всю безопасность. Бдительная стража может тщательно обыскивать всех, кто пересекает границу, счищая с дощечек весь воск, нагревая чистые листы бумаги, очищая сваренные яйца от скорлупы, брея людям головы и т. п., так что случаи обнаружения сообщения будут неизбежны.
Поэтому, наряду с усовершенствованием стеганографии, происходило развитие криптографии, которая берет начало от греческого слова kryptos, означающего «тайный». Цель криптографии состоит не в том, чтобы скрыть наличие сообщения, а в том, чтобы скрыть его смысл, — процесс, известный как шифрование. Чтобы сделать сообщение непонятным, оно зашифровывается по определенному правилу, которое заранее оговаривается между отправителем сообщения и его получателем. Так что адресат, получив сообщение, может применить к нему правило шифрования в обратном порядке, после чего его смысл станет понятным. Преимущество криптографии состоит в том, что если противник перехватит зашифрованное сообщение, то прочитать его ему не удастся. Восстановить исходное сообщение из зашифрованного текста, не зная правила шифрования, может оказаться для противника сложной, а то и вообще невыполнимой задачей.
Хотя криптография и стеганография являются независимыми, но для обеспечения максимальной секретности, чтобы и зашифровать, и скрыть сообщение, можно пользоваться обеими. К примеру, во время Второй мировой войны стала популярной микроточка, которая является одним из видов стеганографии. Германские агенты в Латинской Америке фотографическим способом сжимали страницу текста в точку диаметром менее 1 миллиметра, а затем прикрепляли эту микроточку поверх обычной точки в конце предложения в на первый взгляд совершенно безобидном письме.
ФБР обнаружило первую микроточку в 1941 г., получив предупреждение о том, что американцам следует искать крошечный блик на поверхности письма, указывающий, что в этом месте прикреплен кусочек глянцевой фотопленки. Впоследствии американцы смогли прочитать содержимое большинства перехваченных микроточек, за исключением тех случаев, когда германские агенты предпринимали дополнительные меры предосторожности, шифруя свое сообщение перед сжатием. Когда же вместе со стеганографией применялась и криптография, американцам иногда удавалось перехватывать сообщения и пресекать передачу информации, но это не давало им никаких новых сведений о немецкой шпионской деятельности. Из этих двух направлений обеспечения секретности связи криптография более эффективна благодаря тому, что дает возможность предотвратить попадание информации в руки врага.
В свою очередь криптография сама может быть разделена на два направления, известные как перестановка и замена. При перестановке буквы сообщения просто переставляются, образуя анаграмму. Для очень короткого сообщения, состоящего, например, из одного слова, такой способ весьма ненадежен, поскольку существует крайне ограниченное число возможных способов перестановки горстки букв. Так, три буквы с, о и w могут быть расставлены всего лишь шестью различными способами: cow, cwo, ocw, owc, wco, woc. Однако по мере увеличения количества букв число возможных перестановок стремительно растет, и восстановить исходное сообщение становится невозможным, если не известен точный способ шифрования. For example, consider this short sentence (рассмотрим, например, это короткое предложение). В нем содержится всего 35 букв, но число их различных перестановок составляет более 50 000 000 000 000 000 000 000 000 000 000.
Если бы один человек смог проверять одну перестановку в секунду, и если бы все люди на Земле работали день и ночь, то, чтобы проверить все возможные перестановки, потребовалось бы времени в тысячи раз больше, чем срок существования Вселенной.