Ответы напрашивались сами собой. Раз везли гроб аж с Украины, значит, у кого-то были веские причины скрыть тело. Это предположение подкреплял и цинковый гроб — по-видимому, организаторам сокрытия казалось, что такой способ захоронения навсегда погребёт тайну смерти Щорса.
Но все вышло наоборот. Именно герметичность гроба способствовала тому, что даже после тридцатилетнего пребывания в земле тело хорошо сохранилось, и это обстоятельство существенно облегчило проведение судебно— медицинской экспертизы. Согласно её акту, «… останки трупа, обнаруженные в могиле, действительно принадлежат тов. Щорсу Н. А.». А далее следует то, ради чего велись многолетние поиски: «Повреждения черепа нанесены пулей из огнестрельного нарезного оружия… Входным отверстием является отверстие в области затылка справа, а выходным — в области левой теменной кости… Следовательно, направление полёта пули — сзади наперёд и справа налево… Можно предположить, что пуля по своему диаметру была револьверной… Выстрел был произведён с близкого расстояния, предположительно с 5-10 шагов».
Таким образом, это свидетельство напрочь опровергло официальную версию. Подтверждалась догадка соратников Щорса о его убийстве. Но кто и зачем организовал покушение?
И тут надо отметить следующее: гибели Щорса предшествовала зловещая цепочка убийств высших командиров 44-й дивизии. По мнению руководителя киевской ЧК М. Я. Лациса, эта кровавая интрига исходила из штаба 12-й армии, в которой числилась дивизия Щорса.
Но если была интрига, значит кто-то её организовал! Имя организатора впервые назвал такой военный авторитет, как Ефим Щаденко, генерал-полковник, занимавший в годы Гражданской войны высокие должности (командовал Украинской армией, был членом реввоенсовета Украинского фронта). Именно он в 1958 году рассказал о неблаговидной роли в событиях, связанных с 44-й дивизией, члена реввоенсовета 12-й армии Семена Аралова, верного соратника Троцкого и его назначенца.
В 12-ю армию Аралов был назначен в июне 1919 года, когда вместе с Троцким прибыл в Киев. Положение Советской республики было в то время критическим, особенно на Южном Фронте. Поэтому приехав в Киев, Троцкий тотчас произвёл реорганизацию в войсках, объединив 1-ю и 3-ю украинские армии в одну, 12-ю, членом реввоенсовета которой и назначили Аралова.
Поскольку дивизия Щорса стала ядром вновь образованного соединения, Аралов не замедлил посетить её. Пробыв в дивизии всего три часа, член реввоенсовета обнаружил в ней такие недостатки, что впору было отдавать под трибунал её командира. По мнению Аралова, начальствующий состав дивизии — контрреволюционеры, в подразделениях процветает антисемитизм, а многие бойцы — откровенные бандиты.
Заметим, что эти выводы Аралов сделал после того, как дивизию Щорса инспектировали такие видные военачальники, как Антонов-Овсеенко, Подвойский и уже упомянутый Щаденко. Все они высоко отозвались о боеготовности 44-й дивизии и ни словом не укорили ее командиров.
Но у Аралова свои взгляды на этот счёт, и он, едва закончив инспектирование, посылает депешу Троцкому, в которой предлагает сменить начальника дивизии, поскольку тот держит себя «независимым царьком». Троцкий отвечает Аралову телеграммой, требующей провести чистку дивизии. И начать её он рекомендует с командования 44-й.
И начинаются странные и непонятные события: 27 июля 1919 года по приказу Троцкого был без суда и следствия расстрелян двадцатилетний комбриг 44-й дивизии Александр Богунский; через неделю эта же участь постигла комбрига Тимофея Черняка, а ещё через день был отравлен командир Таращанского полка Боженко. Перед этим убили его жену, и Боженко грозился в отместку идти походом на Киев (он считал, что жену уничтожила киевская ЧК). А затем наступила очередь самого Щорса.
Воспоминания участников трагического боя 30 августа 1919 года сильно разнятся между собой. Так, И. Дубовой, заместитель Щорса, принявший после его смерти дивизию, в своих показаниях утверждал, что в момент гибели начдива около него находился лишь он, Дубовой, и что Щорс погиб от пулемётной пули, попавшей ему в лоб.