Через какое-то время главой операции около школы назначили недавно выбранного шерифа округа Джона Стоуна, которому пока еще в его новом качестве не приходилось сталкиваться с убийствами и их расследованием. Полицейские из Денвера с презрением отозвались об этой новости. Очень многие открыто говорили о том, что это совершенно неправильный выбор.
Полицейские из Денвера и пригородов относились к шерифу округа и его помощникам как к охранникам в магазине. Шериф и его люди обычно отвозили обвиняемых в суд из тюрьмы и обратно. Они охраняли порядок в суде, пока сами полицейские выступали в качестве свидетелей или расследовали преступления.
Недовольство полиции стало еще более громогласным, когда все лично увидели шерифа округа. Джон Стоун внешним видом напоминал героя фильмов о Диком Западе. У него были густые седые усы, огромный живот, морщинистое лицо и уставшие глаза. Несмотря на то что Стоун был в форме и с пистолетом в кобуре, он казался окружающим профессиональным политиком. На протяжении двенадцати лет он работал в администрации округа. В ноябре 1998 года он выдвинул свою кандидатуру на выборную должность шерифа округа, победил конкурентов и принял присягу в январе. Своим заместителем Стоун назначил Джона Данавея.
Шериф и его помощники удерживали периметр вокруг школы, из которой периодически слышались выстрелы и взрывы. Прибывшая на место происшествия группа SWAT рвалась в бой и ждала сигнала к началу штурма.
Данавей назначил лейтенанта Дэвида Волчера ответственным за управление операциями на месте инцидента. Волчер был профессиональным полицейским. Шериф, его заместитель и лейтенант устроили командный пункт в стоящем в Клемент-Парке трейлере, расположенном на расстоянии чуть менее километра к северу от школы.
Сразу после полудня SWAT начала приближаться к зданию «Колумбайн». В качестве щита использовали пожарную машину. Около входа бойцы разделились на две группы по шесть человек в каждой. Команда под началом лейтенанта Терри Манваринга открыла отвлекающий огонь, а потом вошла в здание через другой вход. Первая группа попала в здание приблизительно в 12.06. На место трагедии продолжали прибывать новые отряды SWAT.
Первая группа бойцов рассчитывала на то, что вошла в здание в непосредственной близости от столовой. Лейтенант Манваринг неоднократно бывал в «Колумбайн», но не знал, что в школе провели перепланировку, после которой столовую перенесли в другое место. Эта новость очень удивила лейтенанта.
В здании звенел сигнал пожарной тревоги, поэтому бойцам приходилось общаться при помощи жестов. Каждое подсобное помещение и каждая комната воспринимались как место, где могут прятаться преступники. Многие двери оказались закрытыми, и бойцы стреляли в замки, чтобы попасть внутрь. Во многих классах прятались дети, которые, слыша приближающуюся стрельбу, думали о самом плохом. Ученики были уверены, что смерть неизбежна и произойдет в ближайшие минуты. Стоящие на улице полицейские, родители и репортеры считали, что это стреляют убийцы. Бойцы методично зачищали комнату за комнатой, постепенно приближаясь к преступникам, тела которых найдут через три часа после начала штурма.
Убийцы активизировались в западной части школы, где пожарные решили вытащить несколько человек, лежавших на траве напротив столовой. Часть этих людей была ранена и подавала признаки жизни. Анна-Мария, Шон и Лэнс уже сорок минут истекали кровью. Полицейские подошли ближе к зданию, чтобы обеспечить отвлекающий и заградительный огонь медперсоналу и пожарным.
Эрик из окна второго этажа открыл стрельбу по спасателям. Двое шерифов сделали несколько выстрелов. Полицейские тоже открыли заградительный огонь. Медики вытащили трех учащихся. Дэнни был мертв, и его на время оставили.
Эрик исчез.
Группа SWAT под командованием лейтенанта Манваринга медленно продвигалась вдоль школы под прикрытием пожарной машины. Через полчаса после начала движения группа вышла к противоположной стороне здания. Приблизительно в 12.35, то есть через 1 час и 15 минут после ранения, бойцы вынесли с газона Ричарда Кастальдо. Потом была найдена Рэйчел Скотт. Поняв, что девушка мертва, ее тело оставили на траве. После этого вынесли Дэнни Рорбофа и положили на тротуаре.
В 13.15 вторая группа бойцов SWAT проникла в здание со стороны парковки для старшеклассников. Бойцы разбили окно в учительской и влезли внутрь. Они вошли в расположенную поблизости от этого места столовую, и с первого взгляда им показалось, что в ней никого нет. Еда лежала на столах и подносах. Сработала автоматическая система тушения пожара, и на полу набралось 12–13 сантиметров воды, в которой плавали книги, рюкзаки и разный мусор. Произошло возгорание, в результате которого оплавилось несколько пластиковых стульев. Бойцы не заметили две большие матерчатые сумки, одна из которых слегка обгорела. В ней лежал баллон с пропаном, но на фоне общей захламленности бойцы его не приметили. Было видно, что ученики покидали столовую в панике. Тем не менее не было следов крови, а также с первого взгляда казалось, что в помещении нет ни тел, ни выживших.