Животный мир колумбийских Анд сильно пострадал от человека; более богато он представлен на покрытых лесами склонах Кордильер или в тех верхних частях речных долин, где еще сохранились лесные массивы. Когдато широко обитавший в Андах кондор (он изображен на гербе Колумбии) ныне встречается лишь в горном узле Нудоде-Пасто и в СьерраНевада-деСантаМарта, где он живет на очень больших высотах (более 3000 м). Чаще кондоров видят парящими выше слоя облаков (т. е. на высоте 7000 м).
Оринокия. Северную часть восточного района Колумбии, примерно до 2° с. ш., занимают льянос — высокотравная саванна с отдельными рощицами пальм или отдельно стоящими деревьями и галерейными лесами вдоль текущих к Ориноко рек. Площадь региона составляет примерно 320 тыс. кв. км (или 28 % площади страны).
Колумбийские льянос представляют собой промежуточный тип между сухой и влажной саваннами. Северная часть Оринокии в ряде мест напоминает тропическую степь, тогда как расположенные за рекой Гуавьяре пространства имеют значительный лесной покров. В Оринокии отчетливо выделяются два периода: сухой и влажный. Но в отличие от Прикарибской низменности сухой период продолжается с ноября по март, а то и с декабря, то есть сухой период более короток. Количество осадков убывает с юга на север (с 2500 до 1500 мм и меньше). Во время засухи (особенно в феврале — марте) травяной покров льянос выгорает и скотоводы перегоняют стада в предгорья Восточной Кордильеры и ближе к рекам. С апреля начинается период дождей, и реки Оринокии разливаются, затопляя обширнейшие пространства. Леса в Оринокии сохранились лишь по берегам рек и в предгорьях.
Амазония. К югу от реки Гуавьяре (южнее 2° с. ш.) низменность и слегка всхолмленная часть Оринокии за рекой Мета переходят в невысокое плато, представляющее собой часть Гвианского плоскогорья.
Реки, берущие свое начало в Андах, прорезают плато в широтном направлении, устремляясь к Ориноко и Амазонке. На всем их протяжении часто встречаются пороги, водопады и быстрины; судоходство по этим рекам очень затруднено. Особенно знамениты три водопада Ангостура на реке Гуавьяре и пороги Астильеро, Вандра и Моварикани на ее притоке — реке Инирида (1000 км). Значительное количество осадков (к югу от Гуавьяре в среднем их выпадает 2800–3000 мм) и высокие температуры (28°) обусловливают смену саванны экваториальной сельвой. На территорию Колумбии Амазонская низменность заходит на юговостоке (комиссариат Амасонас). Этот район вместе с расположенной к югу от реки Гуавьяре частью Гвианского плоскогорья (интендантство Какета и комиссариат Ваупес) и предгорным районом, примыкающим с юга к горному узлу Нудоде-Пасто (комиссариат Путумайо), сплошь покрыт влажноэкваториальным лесом — сельвой.
Колумбийская сельва мало отличается от влажноэкваториальных лесов соседних Бразилии и Перу, составляя часть обширнейшей на Земле лесной зоны Амазонии — непроходимых многоярусных зарослей из разнообразнейших деревьев и кустарников, причудливо перевитых лианами, изобилующих мхами, папоротниками, яркими орхидеями. Коллекция Института естественных наук Колумбии насчитывает более 15 тыс. наименований растительных видов Амазонии.
Серожелтый мрак словно поглощает все живое. Неподвижный, как в оранжерее, воздух насыщен парами воды и углекислого газа, сырость буквально пропитывает одежду и вещи, так как относительная влажность по ночам доходит до 100 %. Тропические ливни ежедневно обрушиваются на лес потоками воды, вымывают питательные вещества почвы и превращают низину в постоянно заболоченные участки. Во время паводка реки выходят из берегов, заливая огромнейшие пространства. Особенно этим отличается река Путумайо (1500 км), служащая границей с Эквадором и Перу.
В то же самое время реки — единственные пути сообщения в сельве Колумбии. На реках расположены и все основные населенные пункты района. Обитающие в сельве так называемые лесные индейцы избегают уходить далеко от речных долин. Их основное занятие до сих пор — лесные промыслы, охота и рыболовство. В сельве очень много деревьев и кустарников, дающих ценнейшую древесину, растительное масло, лаки, сырье для медицинской промышленности, съедобные плоды и т. д. Знаменито «черное золото» сельвы — гевея, дающая каучук.
Животный мир колумбийской Амазонии исключительно богат и своеобразен. Здесь живут многочисленные обезьяны, цепкохвостые опоссумы, дикобразы, муравьеды, оцелоты, ягуарунди и другие, пресмыкающиеся, рыбы, огромное множество птиц и насекомых.