Имущественным положением в известной степени объясняется и то, почему Сергей Колбасьев в Гражданской войне не оказался «по другую сторону баррикад» – в стане Белой Гвардии: его дворянство имело «пролетарский» характер (терять Сергею было нечего). В противном случае судьба Колбасьева могла бы стать иной.
Кроме того, Сергей был человеком чести: однажды присягнув Советской власти, он не считал себя вправе изменять ей, несмотря на жестокие потери близких ему людей в годы братоубийственной войны.
В июне 1918 года Колбасьев стал плутонговым командиром (артиллеристом) на миноносце «Москвитянин». Сначала этот корабль находился в составе Балтийского флота, а затем – в октябре-ноябре 1918 года – в группе судов по внутренним водным путям (Мариинской системе и Волге) перешёл в Астрахань.
В период службы в Каспийской военной флотилии (ноябрь 1918 года – май 1919 года) Колбасьев был командиром миноносца «Прыткий». Несмотря на своё название, этот корабль под управлением молодого командира не прошёл ни одной мили: очевидно, он простаивал из-за зимы.
В мае 1919 года Сергей Колбасьев был переведен на Балтийский флот, где стал служить в должности артиллериста миноносца «Украина». Этот корабль в основном находился в резерве и базировался в Шлиссельбурге, на Ладожском озере. В начале сентября 1919 года приказом начальника базы и коменданта штаба крепости Шлиссельбург Колбасьев был назначен временно исполняющим должность артиллериста 2-го дивизиона сторожевых судов.
Однако вскоре Сергея перевели к новому месту службы – вахтенным начальником и ротным командиром на линкор «Петропавловск». Фактически же он исполнял обязанности плутонгового, а впоследствии башенного командира на этом линкоре, стоявшем в Кронштадте.
Зима 1919/1920 гг. оказалась для военного моряка Колбасьева весьма тяжелой. В феврале Сергей перенес «тяжелую форму инфлюэнцы, осложнившуюся невралгией лицевого нерва». В конце апреля его освидетельствовала медицинская комиссия, которая пришла к заключению, что по состоянию здоровья Колбасьев «подлежит переводу для службы на Юг России».
25 апреля 1920 г. Сергей был откомандирован в распоряжение начальника Морских Сил Черного моря и получил назначение на должность начальника 2-го дивизиона канонерских лодок Азовской флотилии, которые были переоборудованы из ледоколов, паровых шхун («ростовских барж») и землеотвозных шаланд.
Поскольку белые на Азовском море действовали активно, то лето для Колбасьева и его боевых товарищей выдалось горячим.
С сентября 1920 года начался штабной период в службе Сергея Колбасьева. Сначала он был флаг-секретарем по оперативной части в штабе Азовской флотилии (с октября – в штабе базы Азовского моря), а после окончания боевых действий в Крыму – начальником оперативной части штаба действующего отряда Черного моря. С апреля по июнь 1921 года Колбасьев по совместительству исполнял обязанности еще и начальника дивизиона истребителей. Затем он был откомандирован на Балтийский флот. С августа 1921 года Колбасьев стал начальником группы строящихся тральщиков типа «Демосфен» в Петрограде.
Еще находясь в Крыму, Сергей Колбасьев познакомился с поэтом Н.С. Гумилевым, и эта встреча повлияла на его дальнейшую жизнь. Склонность к литературе Сергей Колбасьев обнаружил еще в период обучения в Морском корпусе. В Центральном военно-морском музее хранится заветная тетрадь с черновиками его первых рассказов. Писал он и стихи.
В Петрограде Гумилев привел Колбасьева в Дом искусств (Невский пр., 15), и Колбасьев был принят в Петроградское отделение Всероссийского союза поэтов. В Центральном государственном архиве Санкт-Петербурга хранится членский билет Колбасьева № 79, подписанный Гумилевым (в августе 1921 года он был расстрелян за контрреволюционную деятельность).
Вместе с Николаем Тихоновым Сергей Колбасьев стали инициаторами создания поэтической группы «Островитяне» (туда входили также К.К. Вагинов (Вагенгейм) и П.Н. Волков).
В конце 1921 года Колбасьев закончил работу над поэмой «Открытое море», которая увидела свет в начале 1922 года. Первые успехи на литературном поприще окрылили Сергея. Ради продолжения творческой деятельности он решил «сменить штык на перо» – оставить военную службу, ставшую после окончания Гражданской войны достаточно рутинной. В декабре 1921 года, будучи в отпуске, он отправился в Москву, где, вероятно, встречался с наркомом просвещения А.В. Луначарским и сумел убедить его в целесообразности своих творческих занятий. В то же время невозможность дальнейшего прохождения службы на флоте подтверждалась удостоверением, выданным доктором медицины П.М. Нечаевым. В нём, в частности, отмечалось, что «Колбасьев Сергей Адамович, 23-х лет, страдает хроническою маляриею... и расширением сердца... а также полным расстройством нервной системы... мигренями, бессонницею...».