28 декабря 1921 г. Луначарский обратился к помощнику Главнокомандующего Вооруженными Силами Республики по морским делам Э.С. Панцержанскому с просьбой откомандировать Сергея Колбасьева с морской службы для работы в издательстве «Всемирная литература», состоящем в ведении Наркомпроса (ранее главным редактором переводов французских и английских поэтов в этом издательстве был Гумилёв). 2 января 1922 г. Панцержанский удовлетворил просьбу Луначарского. Таким образом, судьба Колбасьева была решена.
Однако вскоре выяснилось, что литературный труд не мог обеспечить хлебом насущным Сергея Колбасьева, женившегося весной 1922 года на Вере Петровне Семеновой (1901–1976). По протекции отца Ларисы Рейснер, профессора И.М. Рейснера, он в феврале 1923 г. был зачислен на службу в Народный комиссариат иностранных дел. До августа того же года Колбасьев работал переводчиком в полпредстве РСФСР в Афганистане, откуда из-за ссоры с полпредом Ф. Ф. Раскольниковым вынужден был уехать.
В 1923–1926 гг. Колбасьев работал в полпредстве в Финляндии, затем – до марта 1928 г. – в торгпредстве в Финляндии: переводчиком и товароведом. Там у него был роман с молодой девушкой-шведкой. Вернувшись в Ленинград, Сергей Адамович расстался с женой, но дочь оставил при себе.
В течение последующих девяти лет он занимался литературной деятельностью. Печатался в различных журналах (в частности, в журнале «Вокруг света» в 12-и номерах 1928 года публиковался его роман-игра «Факультет кругосветного путешествия», а также перевод авантюрно— -приключенческого романа английского писателя П. Рёна «Похороны викинга»), издавал книги (среди наиболее известных его произведений повесть для детей «Салажонок», книга-роман, состоявшая из повестей «Арсен Люпен», «Джигит» и «Река»), публиковал статьи по радиоделу («Радиокнижка» выдержала несколько изданий), писал сценарий к фильму «Миноносец Бауман» (совместно с Н.А. Коварским), выступал на ленинградском радио с рассказами о джазовой музыке, так как в 1930-е годы Колбасьев был одним из признанных специалистов в этой области.
Кроме того, он неоднократно проходил военные сборы на кораблях Балтийского флота. 8 апреля 1937 г. Сергей Колбасьев был аттестован к присвоению воинского звания «интендант 3 ранга», но этого уже не случилось. И вот почему.
В декабре 1933 года Колбасьева впервые арестовали как «сотрудника иностранных разведорганов», в частности, Финляндии, отметив его обширные связи с иностранцами. Однако Колбасьев свою вину отрицал, и вскоре был выпущен на свободу.
В начале 1937 года сотрудники НКВД «вспомнили» о «шпионе» Колбасьеве. В ночь с 8 на 9 апреля он был арестован. В обвинительном заключении 4 сентября 1937 г. указывалось, что Колбасьев являлся «шпионом иногосударства, в пользу которого собирал и передавал секретные сведения особо охраняемой государственной тайны. Будучи резко настроенным, систематически проводил к.-р. агитацию среди писателей… Виновным себя не признал. Изобличается показаниями осужд. Паулин и обвиняемого Зуева-— Ордынца (и показаниями свидетелей Боголюбова и Стукмана)».
«Особая тройка» рассмотрела «дело писателей» Колбасьева и М.Е. Зуева-Ордынца 25 октября 1937 года. В отношении «агента финской разведки» Колбасьева решение было коротким: «Расстрелять». Зуев получил 10 лет заключения в исправительно-трудовом лагере.
30 октября 1937 года комендант Управления НКВД старший лейтенант госбезопасности А.Р. Поликарпов сделал записи в предписании и акте о расстреле 65 человек. Одиннадцатым в списке значился Колбасьев.
Однако 30 октября 1937 года он расстрелян не был. 21 января 1938 года Колбасьев убыл «В Отд. Тюрьмы», как указано в его учетно-анкетной карточке. По свидетельству А.А. Вейхера, отбывавшего срок в Талнахском лагере (Красноярский край), однажды зимой большая группа заключенных, возвращавшихся с работ, замерзла по пути в лагерь. Среди них, по словам Вейхера, был и Сергей Колбасьев. Таким образом, точная дата и место смерти Колбасьева остаются неизвестными. В 1956 г. он был реабилитирован.
После 20-летнего забвения, начиная с 1958 года, произведения Сергея Колбасьева печатались в СССР огромными тиражами. Его книги стали настольными для нескольких поколений военных моряков.