В отпуск Роман по настоянию врачей уехал на морское побережье. Вместе с ним поехал и брат Елисей с женой. Остановились все трое в малолюдной деревушке Хосте, в доме бывшего сослуживца Елисея Исидоровича. Братья с удовольствием провели месяц, купаясь в ласковом море, совершая небольшие прогулки по побережью. Роман и здесь не оставался без дела. Занимался языком, изучил с помощью брата статистику. Елисей Исидорович охотно разъяснял Роману премудрости и тонкости своей профессии, и вскоре тот уже мог серьезно помогать брату в кропотливой работе по обработке статистических данных климата Кавказа.
Отдохнувшие и окрепшие вернулись Кондратенки в Тифлис. Роман рвался к работе. Шел второй год его офицерской службы. Прежде всего он стал готовиться к давно задуманным занятиям с унтер-офицерами роты. Занятия эти выходили за рамки учебной программы. Их придумал сам молодой офицер, мечтавший поднять уровень подготовки младших командиров на более высокую ступень. Но мечтам этим не суждено было сбыться. С первых дней осени Роман снова слег. Снова госпиталь, резкий запах йода и хлороформа, тугие, тянущие боли. Нога распухла.
К Рождеству в Тифлис приехал один из родственников Юлии Васильевны, довольно известный врач. По просьбе Юлии Васильевны он всерьез принялся за лечение Романа Исидоровича, и скоро тот встал на ноги. Сразу после Рождества он подал рапорт о разрешении ему сдавать экзамены в Николаевскую инженерную академию. Командир батальона удовлетворил просьбу молодого офицера. Отправив требуемые документы в Петербург, Роман Кондратенко стал готовиться к экзаменам. Пришло подтверждение о зачислении его кандидатом. Зная требования к поступающим в академию еще по учебе в Инженерном замке, Роман делал особый упор в подготовке на математику, фортификацию, артиллерию. Служба, насыщенная занятиями, внутренними и гарнизонными караулами, оставляла мало времени для подготовки, но дело было знакомое, а трудности только подхлестывали его.
В начале лета 1879 года он прибыл в Петербург. Столица, как он отметил, изменилась незначительно, впрочем, почти не изменился и сам Роман. Разве что похудевшее его лицо обрамляли теперь бакенбарды да на погонах прибавилось по звездочке — он стал поручиком.
Конкурс в Инженерную академию по сравнению с академией Генерального штаба или Михайловской артиллерийской был не столь высок, хотя требования к поступающим предъявлялись серьезные. Отчасти это объяснялось тем, что саперные войска оставались едва ли не самыми малочисленными и слабыми в русской армии. Отчасти тем, что окончание академии не давало особых преимуществ в дальнейшем продвижении по службе. Производство в следующий чин и удерживало многих офицеров от, казалось, необдуманных шагов. Служба же в далеких гарнизонах засасывала своей обыденностью. Книги достать было чрезвычайно трудно, да и дорого. Развлечений, кроме карт и вина, никаких. Впрочем, и книги надоедали. От тоски пили, от тоски женились, пытаясь хоть как-то скрасить жизнь, и чаще всего портили ее не только себе, но и женам, у которых не было даже службы. Нужно было иметь силу воли, чтобы не опуститься, находить время и желание на подготовку к экзаменам, не запуская службы. Именно таким человеком был еще совсем юный поручик Кондратенко.
Экзамены Роман сдал с блеском, не оставив у комиссии ни малейшего шанса сомневаться в целесообразности его зачисления в академию. Многие экзаменаторы помнили его еще по юнкерскому училищу. До начала занятий Роману пришлось заняться поисками квартиры. Он понимал, что скромного жалованья саперного поручика на столичную жизнь не хватит. А если и хватит, то в обрез. Вот почему важно найти удобную и недорогую квартиру. Помогла Юлия Васильевна. По ее рекомендации Роман снял комнату у немки, дальней родственницы, вдовы почтового чиновника. Комната была небольшая, но уютная и чистая.
Начались занятия. Радовало, что преподаватели относятся к слушателям с большим вниманием. Не было казенщины, как в юнкерских училищах. Можно было без ограничений пользоваться библиотекой. В учебной литературе недостатка не было. Привычка писать подробные конспекты только помогала в самостоятельной работе.
В академии, помимо военных вопросов, много внимания уделялось чисто инженерным дисциплинам. При тогдашнем понимании роли крепостей в системе долговременной обороны каждый военный инженер должен был быть прекрасным строителем. Читался еще специальный курс по строительству железных дорог и мостов. Прав оказался начальник Константиновского училища Гонзоровский, напутствовавший в свое время юнкеров для службы в саперах. Но основное внимание, конечно, уделялось полевой и крепостной фортификации, осаде и обороне крепостей.
Роман учился с большим удовольствием, как всегда, основательно и серьезно. Скоро он числился среди первых слушателей. Хорошие взаимоотношения сложились у него и с товарищами. На курсе преобладали немолодые офицеры, поступавшие в академию не по одному разу. Для них это было не только стремление узнать новое, во и воплощение многих честолюбивых надежд в будущем. Давно окончившие юнкерские училища, обремененные семьями, учились они тяжело, но упорно. Кондратенко много помогал таким «старикам». Он был самым молодым на курсе, но едва ли не самым уважаемым.
Свободное время Роман, как и прежде, посвящал Эрмитажу и музеям. Посещал службы в Исаакиевском соборе. С удовольствием слушал церковные хоры. В Петербурге хоры в соборах отличались высокими художественными достоинствами и классической музыкальной культурой. Кондратенко знал все тонкости хорового многоголосия и любил его.
Экзамены за первый год он сдал легко, на одном дыхании, с энергией принялся за годовую работу в поле. В тех же Усть-Ижорских лагерях слушателям выделялся участок местности, который они рекогносцировали в инженерном отношении, снимали план и готовили схематический рубеж обороны… Готовые работы предъявлялись к началу следующего учебного года. Быстро и точно обрабатывал участки местности Кондратенко. Уже здесь выполнил основную часть работы в черновике. Большие чертежные и рисовальные работы оп. рассчитывал выполнить в отпуске с помощью Елисея Исидоровича.
С легкой душой он поехал в Тифлис. Брат оказал Роману значительную помощь в работе.
По возвращении в Петербург все сделанное он представил к защите. Откровенно говоря, Роман ожидал более высоких результатов, но некоторые оппоненты выступили против слишком вольной трактовки Кондратенко степени сложности укрепления передовых позиций. Роман хорошо привязал задание к местности и максимально использовал естественные препятствия, в инженерном отношении их оборудование свел к минимальной затрате сил и средств. Об экономии средств и упрощении труда солдата говорили тогда мало. Тем не менее проект понравился и, по мнению всех, заслужил высокой оценки.
На старшем курсе требовалось еще больше творчества и самостоятельности в работе. Кондратенко предстояло защитить три задания. Два — военные укрепления, организация минной и контрминной войны. Последнее — проектирование железнодорожного моста. Привыкший глубоко рассматривать каждый вопрос, Роман находил для себя в проектировании много непонятного. Нужны были дополнительные знания, и он кропотливо изучал марки бетона, свойства металлов, познакомился с основами электричества. Любознательность его была поразительна. Работы отличались глубиной проработки материала, точностью формулировок. Преподавателей часто поражало несоответствие внешнего облика и внутреннего мира этого молодого поручика. Невзрачный, с робкой улыбкой и тихим голосом, он буквально преображался на экзаменах и при защите контрольных работ.
Вне академии Роман продолжал вести более чем скромный образ жизни. Жил на той же квартире, по-прежнему посещал церковь, музеи, изредка театр. Книги занимали очень важное место в его жизни. Он начал собирать небольшую библиотеку, в которую, помимо книг по специальности, входили и произведения русских классиков. Прежде всего купил недорогие издания Пушкина и Лермонтова. Затем появились Гоголь, Толстой, Аксаков, Лесков. Толстого он вообще выделил, как военного писателя, и даже поставил на одну полку с военными рассказами, вышедшими под общей редакцией князя Мещерского. Особенно поражали его воображение «Севастопольские рассказы». Такое сочетание лаконизма и полноты охвата событий в книгах о войне он встречал впервые. «Войну и мир» перечитывал несколько раз. Эта книга тянула к себе.