Но ни один командир надолго не застрахован от неприятностей. Бывали они и у полковника Кондратенко. И всегда переживал их Роман Исидорович болезненно. Из 2-го батальона, например, солдат-еврей отказался служить в строю из-за религиозных побуждений, его перевели в полковую музыкантскую команду, так оттуда он вообще сбежал. Солдата вскоре задержали и присудили к двум годам дисциплинарного батальона. Служебные разбирательства, нарекания со стороны начальника диви-вин оторвали Романа Исидоровича от спокойной жизни. Но вскоре все было забыто и армейская жизнь потекла по знакомому, четко размеренному руслу.
В это время появилась вакансия на должность начальника юнкерского училища в Москве. Роман Исидорович не прочь был бы ее занять. Ему часто приходилось бывать в Москве. Город нравился своей спокойной, какой-то домашней жизнью, резко отличающейся от петербургской, столичной. Останавливался он обычно в меблированных комнатах «Княжий двор», недалеко от храма Христа Спасителя, и все свободное время отдавал знакомству с городом.
Москва, торопясь догнать Петербург, спешила приобрести европейский лоск. Булыжник мостовых еще пересекали рельсы конок, но уже шли первые трамваи. По вечерам центральные улицы расцветали светом электрических фонарей, которые отражались в громадных зеркальных витринах магазинов. Изредка, выпустив струю ядовитого дыма и пронзительно сигналя, подпрыгивая на булыжнике и пугая вереницу лихачей и просто «Ванек», катились первые авто.
Но внешняя новизна лишь подчеркивала истинно русскую сущность города. Обилие церквей, заливающих столицу малиновым звоном, толчея на улицах и тишина переулков делали город единственным и неповторимым. Все здесь было до глубины души русским…
Переполненный впечатлениями, Роман Исидорович писал тогда жене: «…Очень бы хотелось мне показать как-нибудь тебе и деткам достопримечательности Москвы. Мне кажется, что подобный показ очень и очень содействовал бы развитию и укреплению в них русского, хорошего духа…»
Но перевод не состоялся. Помешала, как ни странно, история со сбежавшим солдатом. С новым веком наступили перемены и в семье командира Сувалакского полка. Новости накатились одна за другой. В начале 1900 года из Главного штаба пришло Кондратенко предложение занять место в Порт-Артуре. О Порт-Артуре и о Дальнем Востоке в России в то время говорили как о далекой, сказочной стране. Слухи ходили самого противоречивого содержания. В Сувалакском полку абсолютное большинство офицеров считало службу там своего рода наказанием. Поэтому, когда в полку узнали, что их командир согласился ехать в Порт-Артур и, более того, уже готовит к переезду семью, в городке стали придумывать самые невероятные объяснения. Говорили, что Кондратенко собирается уезжать из-за крупных неприятностей со сбежавшим солдатом, который якобы был шпионом; что военное министерство получило донос на Кондратенко за то, что он узаконил в полку солдатские школы. Волна пересудов еще больше всколыхнулась, когда узнали, что в переводе Кондратенко отказали. Роман Исидорович действительно получил из штаба известие с разъяснением, почему полковник Кондратенко не может быть назначен на предложенную должность. На Квантунском полуострове решили сформировать 3-й Восточно-Сибирский корпус и на предложенную вакансию могло претендовать лишь лицо с чином не ниже генерал-майора.
Не успел Роман Исидорович пережить эту неудачу, как поступило распоряжение того же Главного штаба о назначении его в комиссию по образованию войск.
Давно соскучившийся по живому делу, Кондратенко включился в работу комиссии с юношеской энергией. Появилась возможность осуществить давнишнюю мечту: написать для офицеров книжку, которая бы имела такое же значение, как памятка для солдат. Работа в комиссии, связанная с длительным проживанием в Петербурге, позволила ему, наконец, заняться книгой. Жил Роман Исидорович у брата Николая, прекрасная библиотека которого в значительной степени облегчала ему подготовительную работу. Работа в комиссии много времени не занимала. Кондратенко только вошел во вкус работы над рукописью, как пришел приказ вернуться к прежнему месту службы.
Сувалакскому полку было предписано эшелоном прибыть в Одессу, погрузиться на пароход и отправиться в длительный путь на Дальний Восток. Вспыхнувшее в Китае боксерское восстание заставило царское правительство срочно усилить войска на восточных окраинах империи. В Китай по железной дороге и морем потянулись эшелоны, транспорты с «бравыми ребятушками…».
Длительное морское плавание заставило Кондратенко окончательно прийти к выводу, что военный организм Русского государства тяжело болен и нуждается в радикальном лечении. Новых методов обучения и воспитания требовали не только нижние чины, но и офицеры. Офицерство, большей частью погрязшее в пьянстве, с тупой жестокостью насаждало в ротах изуверские порядки. Зуботычина стала единственным аргументом в обращении с солдатами. С горечью отмечал Роман Исидорович, как постепенно расширяется пропасть между командирами и нижними чинами. Солдаты, озлобленные побоями, темные, неграмотные, как тяжелый крест несли нелегкую службу. Длительное совместное пребывание на ограниченном пространстве парохода скоро дало понять ему, что в полку не так благополучно, как казалось раньше.
Кондратенко ввел с первого дня плавания обязательные занятия в солдатских школах. Но встречены они были большинством офицеров в штыки. Открыто никто не высказывал неудовольствия. Однако, проверяя занятия, Кондратенко видел, что начальники, особенно штаб-офицеры, проводят их кое-как. Выводы командир полка сделал самые решительные и незамедлительные. Не ограничиваясь взысканиями, он сам брался за некоторые занятия, устраивал показательные уроки. Предметом обсуждения делалось все — география экзотических стран, мимо которых проходил пароход, очерки по русской истории. Но больше всего времени уходило на изучение основ грамоты, простейших правил счета. Не забывал командир полка и об офицерах. Организовал некоторое подобие лекторской группы, в которую привлек всех командиров батальонов и наиболее грамотных офицеров. Начались лекции по истории военного искусства, тактике, основам фортификации, топографии. Вместе с регулярными занятиями по командирской подготовке они значительно оживили монотонную морскую жизнь. Роман Исидорович видел, что его полк — только небольшая частица сложного военного организма, который вовсе не намерен изменяться по прихоти какого-то дотошного полковника. Становилось муторно на душе, опускались руки, и только многолетняя привычка к труду и ненависть к праздности заставляли продолжать начатое дело.
Сокровенными мыслями Роман Исидорович делился с самым близким человеком — женой: «…Два месяца пребывания на пароходе познакомили меня с нашими офицерами несравненно более, чем четырехлетнее командование полком. Вывод мой — не дай бог нашим детям служить даже в лучшем армейском полку: узкие взгляды, перемешивающиеся с самонадеянностью, не знающие во многих случаях границ, дают такую атмосферу, среди которой воспитанному и более широко развитому человеку приходится жутко, если он подчиненный или товарищ, а если начальник, как был на пароходе я, то он осужден на полное одиночество и недоброжелательство, а при малейшей снисходительности не гарантирован и от нарушения дисциплины. Один офицер после нескольких сделанных ему мною замечаний по службе позволил себе просто отвернуться при встрече со мной. Я остановил его и, конечно, немедленно, по приезде, доложил генералу, который и прикомандировал его к другому полку, командиру которого было написано соответствующее письмо».
Почти двухмесячное путешествие через моря и океаны так и закончилось для Сувалакского полка ничем. Восстание было жестоко подавлено еще до прибытия полка в порт назначения. Осенью того же года полк отправили на старые квартиры уже по железной дороге.
Совершив кругосветное путешествие, Роман Исидорович вернулся домой разбитым, усталым физически и морально. Однако надо было приводить полк в порядок, налаживать хозяйственную часть, организовывая боевую подготовку. Болезненный, усталый вид мужа, его постоянное мрачное настроение расстроили Надежду Дмитриевну. Заручившись поддержкой братьев Романа Исидоровича, она стала уговаривать мужа просить отпуск для подкрепления здоровья. В конце концов Кондратенко подал рапорт, но тут из Главного штаба пришел запрос о возможности откомандирования полковника Кондратенко в распоряжение штаба Приамурского военного округа. В Хабаровске появилась свободная вакансия дежурного генерала при штабе, и старый друг, генерал Соболев, советовал Роману Исидоровичу в частном письме незамедлительно соглашаться.