Гарнизон крепости к началу осады насчитывал более 50 тысяч нижних чинов и около 1000 офицеров. Сюда входили 9 стрелковых полков (4-й и 7-й дивизий), 3 запасных батальона и несколько отдельных рот, то есть около 30 тысяч нижних чинов и 400 офицеров. В крепостной артиллерии, отдельных бригадах, дивизионах, инженерных войсках служило еще 7500 солдат и 150 офицеров. В различных штабах и учреждениях числилось еще 4000 нижних чинов и 100 офицеров. Личный состав эскадры и Квантунского экипажа превышал 10 тысяч человек.
Конечно, такой гарнизон был недостаточен для обороны более чем 30-верстного сухопутного фронта, приморских позиций и морских коммуникаций, да и он был слабо подготовлен к длительной осаде.
На сухопутном фронте имелось мало укреплений долговременного типа. Располагались они в одну линию, что не гарантировало от прямого поражения артиллерией противника жизненно важных пунктов крепости. Большинство фортов и укреплений оставались недостаточно замаскированными, в тактическом отношении располагались неправильно.
В крепости не было дорог для своевременного маневра войсками и артиллерией, да и сам подвижный артиллерийский резерв, по сути дела, отсутствовал.
Особенно плохо дело обстояло с управлением. Телефонная связь, проложенная в основном по поверхности, была легко уязвима, привязных аэростатов наблюдения не было. Все управление осуществлялось в основном через связных.
Многое было не доделано. И все-таки к началу осады крепость была сильна. Сильна тем, что за короткий срок на голом месте возникла достаточно укрепленная линия обороны. Сильна прежде всего своими людьми — солдатами и офицерами, моральный дух армии даже после первых неудач был очень высок. Портартурцы — в основной своей массе кадровые солдаты и матросы в возрасте до 30 лет — прошли хорошую военную подготовку, отличались крепким здоровьем, выносливостью, были обстреляны и не боялись врага. Многие из них не только принимали участие в боях, но уже почувствовали сладость победы над врагом, знали, что японца можно бить.
Все это, вместе взятое, стало для вновь назначенного начальника сухопутной обороны крепости генерала Кондратенко определяющим в его дальнейшей деятельности. Только безусловная уверенность в своих силах, четкая организация и искоренение каких бы то ни было пораженческих настроений могли спасти крепость. С этого времени и стала крылатой в среде портартурцев его любимая фраза: «Гарнизон крепости не сдается, но погибает вместе с ней…», которую Роман Исидорович неустанно повторял всем и везде: офицерам своего штаба, солдатам в окопах, морякам в порту…
Крепость готовилась к отпору. Кондратенко вновь окунулся в организационную лихорадку. Предстояло выдержать серьезный бой при утверждении новой организации сухопутной обороны крепости. В принципе согласный с новой схемой, Роман Исидорович добивался самостоятельности в решении вопросов сухопутной обороны. Вся она делилась на два фронта — приморский и сухопутный. Сухопутный подразделялся на две части. Первая часть обороны включала территорию от Крестовой горы до форта № 5 и заканчивалась редутом Белый волк. Не без труда, преодолевая яростное сопротивление Фока, назначенного командиром общего резерва, добился Роман Исидорович утверждения начальниками первой и второй частей обороны своих подчиненных. Эти должности заняли командиры бригад 7-й дивизии генерал-майоры Горбатовский и Цершщкий.
На фронте установилось относительное спокойствие. Изредка крепостная артиллерия обстреливала вражеские позиции, да охотничьи команды вели постоянную разведку. Затишье позволило Кондратенко вывести войска на позиции согласно повой диспозиции быстро и организованно. На правом участке передовых позиций, у гор Дагушань и Сяогушань, сосредоточилось 12 рот с 8 орудиями. В центре, у Угловых гор, 20 рот, 4 охотничьи команды и 18 орудий. Основные силы были выведены на крепостные верки первой части обороны — 50 рот с 30 орудиями и второй части — 36 рот с 16 орудиями. В резерве у Фока остались 2 полка 4-й дивизии, сотня казаков и 24 орудия.
Распределив войска по оборонительным рубежам, Кондратенко отдал приказ использовать каждый час передышки для совершенствования инженерного оборудования позиций. Сам он вновь сутками не покидал форты и сооружения. Замелькала по крепости, порту, укреплениям знакомая маленькая фигурка в пропыленном мундире. Вновь по вечерам в маленьком домике генерала собирались единомышленники, чтобы за ужином решать неотложные вопросы, намечать план работ на следующий день. Горячился и спорил вспыльчивый подполковник Рашевский. Как обычно, оставался собранным и спокойным подполковник Науменко. От инженерных вопросов переходили к оперативным, от них — к сугубо техническим, обсуждая предложение присутствующего тут же лейтенанта Подгурского о новом использовании морских мин. Но в отличие от витгефтовской коллегиальности здесь чувствовалась твердая направляющая рука опытного руководителя. Последнее слово всегда оставалось за Кондратенко. Он не навязывал своего мнения, но, выслушав множество аргументов, всегда выделял главное, нужное именно сейчас, и мало кто из присутствующих на таких совещаниях мог возразить генералу.
После ухода гостей, оставаясь один, Роман Исидорович продолжал анализировать события ушедшего дня, планировал буквально поминутно следующий, всякий раз с горечью чувствуя нехватку времени.
«Сколько вам, генерал Кондратенко, его ни давай, все будет мало, — думал он. — Но что поделаешь?.. Столько вопросов, и все безотлагательны. Вчера приказал на хребте между Угловой и Высокой поставить дополнительно 6 орудий, сделать на обратных скатах укрытия для артиллеристов. Сегодня поднимали с затонувших японских брандеров митральезы для установки на передовых позициях. Завтра надо усилить Угловые горы двумя-тремя обстрелянными ротами, да и офицеров бы туда поопытней. И все надобно согласовывать со Стесселем, уговаривать, просить…»
Имя Стесселя сразу напомнило еще один больной вопрос. Пора, уже давно пора ставить на место зарвавшихся инженеров, обозников. В крепости накануне штурма продолжало процветать взяточничество, казнокрадство. Сам он с горечью замечал, как некоторые из инженеров продолжают видеть даже в лихую для Родины годину одну цель — обогащение. Еще весной он писал жене: «Наши военные инженеры совершенно не помогают войскам в скорейшем создании блиндажей и вообще не идут навстречу интересам войск, а заняты почти исключительно казнокрадством. Поэтому инженеры ведут только те работы, на которые можно напять китайцев, причем число нанятых китайцев в своих отчетах для получения денег увеличивают страшно и таким образом наживаются. Те же работы, на которых участвуют только войска, инженеры тормозят. Такова же и деятельность иптепдаптства: недостает обуви, обмундирования, снаряжения, часть людей ходит в порванных валенках, принесенных из дома…»
Сейчас, в виду более тесной осады, подобных безобразий почти пет, но и вскрывающиеся изредка факты поражают своим цинизмом, Роман Исидорович уже пе раз имел стычки с начальником инженеров крепости полковником Григоренко. Тот был, видимо, настолько запутан своими подчиненными, что либо отделывался пустыми обещаниями, либо покрывал стяжателей. Стессель же, которому по повой организации был непосредственно подчинен начальник инженеров, на все жалобы и рапорта Кондратенко никак не реагировал. Стессель, впрочем, и сам пе отличался разборчивостью в средствах. Кроме того, он по-прежнему был увлечен борьбой за власть в высших сферах: «упразднял», по его собственному выражению, коменданта, грозил гражданскому комиссару области подполковнику Вершинину, отчитывал командира порта и даже командующего эскадрой.
Позднее, на суде, он признается, что ему приходилось сражаться не только с японцами, но и с комендантом крепости, командиром порта, начальником эскадры и гражданским комиссаром.