Главным оружием контрреволюции в Хорезме и Бухаре стало басмачество, разгром которого являлся жизненным условием существования и развития ХНСР и БНСР.
Упорная и длительная борьба с басмачами Джунаид-хана шла в Хорезме. Лишенный власти диктатор-басмач при щедрой и активной помощи английской разведки собрал значительные силы.
Воинство Джунайда состояло преимущественно из представителей феодалов, бывших чиновников Хивинского ханства, реакционного духовенства и недобитых белогвардейцев.
В октябре 1920 г. басмачи Джунаида перешли к активным действиям. 27 октября Джунаид-хан захватил Кунград, учинил зверскую расправу над партийным и советским активом. Ликвидировав органы народной власти, он поставил во главе оккупированного города бывшего бека Балабия.
В конце 1920 г. басмачи окружили город Нукус, где находился воинский гарнизон. 14 дней не стихали бои у стен города. Как нередко бывало в те годы, небольших запасов продовольствия и боеприпасов хватило лишь на несколько дней. Приходилось экономить каждый патрон, каждый грамм хлеба. Но бойцы Красной Армии и народные добровольцы выстояли. Когда запасы были на исходе, красноармеец Б. Рузметов вызвался доставить донесение командованию Красной Армии в Петро-Александровск. Как только стемнело, Рузметов под покровом ночи прополз мимо басмаческих дозоров, вышел за кольцо окружения и добрался до города. Оттуда на помощь поспешил отряд красноармейцев. Басмачи отступили.
Поражение басмачей явилось не только результатом героической борьбы добровольческих отрядов и прибывших на помощь частей Красной Армии. Разгром джунаи-довцев на территории Хорезмской Республики явился результатом укрепления Советской власти, роста активности трудового населения Хорезма.
В конце 1920 г. Джунайду было предложено сложить оружие и тем самым искупить вину за преступления перед народом. Однако Джунаид-хан отклонил это предложение. Его мобильные группы продолжали совершать разбойничьи набеги на отдельные кишлаки. Командование Красной Армии приняло решение добиться полного разгрома оставшихся в Хорезме шаек. Операции вели две группы Красной Армии, состоявшие из пяти рот и трех эскадронов. Весной 1921 г. басмачи сосредоточились у колодца Аджи-Куль. Здесь их настигли подразделения Красной Армии. Завязался бой, в ходе которого основные силы басмачей были уничтожены или взяты в плен. Оставшаяся часть вместе с Джунаид-ханом бежала в пустыню и некоторое время активных действий не Предпринимала.
Тем временем трудовой народ Хорезма укреплял советский строй. В мае 1921 г. состоялся II Всехорезмский курултай Советов, который рассмотрел ряд жизненно важных вопросов: земельно-водный, финансовый, о вооруженных силах, просвещении и др.
Большое внимание курултай уделил национальному вопросу, который имел серьезное значение в многонациональном Хорезме. Руководствуясь ленинским учением, курултай предоставлял право каждой национальности создавать местное самоуправление. Для практического решения национального вопроса при Центральном Исполнительном Комитете Советов ХНСР были образованы два отдела: Казахско-Каракалпакский и Туркменский.
Преобразовывались органы Советской власти на местах, в избрании которых уже не участвовали эксплуататорские классы, хотя родовой принцип их построения еще продолжал существовать, оставалось аксакальство, т. е. подчинение старейшему рода.
На основании решений II курултая в Хорезмской Народной Советской Республике была сформирована Красная Армия численностью в 5 тыс. человек, организовывались суд, народная милиция и органы Чрезвычайной комиссии (ЧК).
Курс на создание подлинно народного советского государства в Хорезме проводился в условиях исключительно сложной классовой борьбы. Пользуясь живучестью старых предрассудков в народе, при помощи различных махинаций и ухищрений представители эксплуататорских классов, националистические элементы еще сохраняли свои позиции в советских органах и в партии. Они готовили свержение Советской власти в Хорезме. Раскрытый в конце 1921 г. заговор возглавлял председатель ЦИК Хорезмской Народной Советской Республики, националист Ата Максумов. Вместе с ним действовали народный комиссар иностранных дел Мулла-Нияз и несколько других ответственных работников. В ходе расследования заговора Ата Максумов, Мулла-Нияз и их приближенные бежали к басмачам.
В 1922 г. Коммунистическая партия Хорезма вошла в состав Российской Коммунистической партии (большевиков). Это событие сыграло огромную роль в жизни трудящихся Хорезма, в укреплении и развитии народного строя, ускорении перехода к социалистическим преобразованиям. Действуя в составе РКП (б), КПХ строго осуществляла ленинские принципы национальной политики.