В связи с опасными размерами басмачества в северных районах и на территории Восточной Бухары ЦК Бухарской Коммунистической партии и Бухарский ревком начали широкую политическую кампанию среди населения. В районы Гиссара, Карши выехал видный деятель БКП Алимджан Акчурин, в район Шахрисабза — с 15 политработниками председатель Совета Народных Комиссаров Файзулла Ходжаев. В Душанбе для этой цели была направлена «политическая ударная группа» под руководством Сагдуллы Турсунходжаева.
С конца 1920 г. военный комиссариат Бухары под руководством большевика Б. Шегабутдинова развернул работу по формированию Бухарской Красной Армии. В помощь ему командование Туркестанского фронта направило командиров и политработников.
Для борьбы с воинством бывшего эмира и басмачами сосредоточивались части Туркестанского фронта. В ноябре 1920 г. приказом командующего 1-й армией Г. В. Зиновьева все советские войска в пределах БНСР были сведены в Бухарскую группу войск с целью проведения Гиссарской экспедиции. К январю 1921 г. в Бухарскую Республику прибыли пять бригад Красной Армии, в том числе две стрелковые и три кавалерийские.
Первую операцию на Гиссарском направлении осуществлял специально сформированный отряд. В его задачу входили ликвидация остатков эмирских войск, освобождение от них и басмаческих банд Гиссарской долины и создание там благоприятных условий для установления Советской власти трудовым народом.
Действуя на этом направлении, к концу декабря 1920 г. части Термезского гарнизона освободили Шерабад, Самаркандская группа красноармейцев освободила Китаб, а другая группа овладела Яккобагом. С боями отряды Красной Армии 20 февраля 1921 г. подошли к Гиссару. Завязалась схватка, в которой противник потерпел поражение и бежал. К концу февраля 1921 г. в упорных боях были освобождены Душанбе, Куляб и Гарм, где долгое время гнездились басмачи. К концу февраля 3-й пограничный эскадрон под командованием А. Я. Панкеева первым вышел к советско-афганской границе. Разбитые басмаческие группы рассеялись в районе Каратегина и в долине реки Вахш.
Разгром остатков войск эмира и крупных басмаческих банд сорвал планы Сейид Алим-хана. Не рассчитывая теперь на успех и опасаясь быть плененным, бывший эмир Бухары 5 марта 1921 г., охраняемый басмачами, пересек государственную границу с Афганистаном. Тяжело груженный караван из 300 верблюдов увез награбленное золото, драгоценности и другое имущество. Вместе с эмиром бежали за рубеж Ибрагим-бек и Давлиятман-бий.
1-я бригада под командованием Я. А. Мелькумова и комиссара Логинова продолжала громить крупные банды Курширмата (перешедшего из Ферганы) и Фузайл Максума. Не выдержав натиска частей Красной Армии и добровольческих отрядов, Курширмат укрылся в Алайской долине.
К концу марта 1921 г. 1-й кавалерийский полк под командованием Д. Е. Красильникова, неотступно преследуя Фузайл Максума, нанес ему ощутимые удары в урочище Катта Карамык. В ходе боев были взяты трофеи: около 5 тыс. голов овец, скарб, награбленный у населения, 40 кожаных сундуков с ценностями.
Однако основные силы Фузайл Максума (более 800 человек) скрылись в направлении Дарвазы, где действовал дарвазский бек Ишан Султан.
Проводя активные действия против басмачей, Коммунистическая партия и правительство Бухары продолжали революционные преобразования и укрепляли государственный аппарат. В феврале 1921 г. состоялся V съезд Бухарской Коммунистической партии, который имел большое значение для прогрессивного развития республики.
Принимаемые Коммунистической партией и правительством Бухарской Республики меры укрепляли народную власть, однако обстановка по-прежнему оставалась сложной. Правильно воспринять смысл осуществляемых преобразований трудящимся мешали наличие феодальнопатриархальных отношений, низкий культурный и экономический уровень, тяжелые бытовые и материальные условия жизни, приверженность к религии. Веками морально приниженные, воспитанные из поколения в поколение в условиях политического бесправия, беспрекословного и слепого подчинения родовой знати, баям и духовенству, дехкане не сразу смогли разобраться в сложных перипетиях социально-политической борьбы. Тем более, что дехкане доверялись мусульманскому духовенству, а реакционная часть духовенства смыкалась с контрреволюцией, помогала главарям в сколачивании басмаческих банд, являлась их идейными вдохновителями. Идеологическим оружием басмачей не случайно был избран ислам. Ислам испокон веков внедрялся и использовался эксплуататорами в целях порабощения. Коран призывал мусульман к покорности, непротивлению богатым и их власти, якобы данной самим богом. Ислам извечно воспитывал ненависть к немусульманским народам.