Посылая 9 ноября свое заявление лицу официальному, сам я воздержался тогда от изложения личных своих соображений о злоумышлении при этом крушении против жизни всей Царской Семьи, как причине крушения, в надежде, что… он может и даже обязан был, в интересах разыскания истины дела вообще и Верховной Власти в особенности, потребовать от меня надлежащего разъяснения оснований высказанного мною предположения…
Не имея сведений, что было сделано… с таким страшно серьезным заявлением моим, — …и, с другой стороны, имея в виду, что в делах такого рода, где угрожает опасность жизни Государя Императора и Верховной Его власти и даже жизни всей Царской Семьи (ст. 241, 242, 243 и 244 Уложения о наказаниях…) всякий верноподданный имеет естественное право принимать на себя обязанности не только сыщика, следователя, прокурора и судьи, но даже и палача, 9 января 1889 года покорнейше просил… о сообщении мне Кони своего постановления, по поводу означенного моего заявления».
Коллежский советник с возмущением писал далее, что никаких разъяснений от Кони не получил, а итоги расследования крушения «судя по Высочайшему рескрипту 10 мая 1889 года на имя Председателя Комитета Министров, одно лишь кощунство над чудом Промысла Божьего, явленным при крушении императорского поезда, над всей Царской Семьей…».
«…имею честь покорнейше просить Правительствующий Сенат о привлечении Обер-прокурора Кони к законной ответственности за укрывательство злоумышления против жизни всей Царской Семьи при крушении 17 октября 1888 года…
15 марта 1892 года, г. Сквира».
Так как и сенат не очень торопился с ответом, Никитин прислал в Петербург заказными письмами новые заявления — 1 сентября, 28 сентября, 20 октября 1892 года… «Имею честь покорнейше просить Правительствующий Сенат, как непоколебимый оплот для внутреннего государственного благоустройства и нерушимую опору трона о скорейшем, в интересах Верховной Власти разрешении моего прошения… о привлечении… Кони к законной ответственности».
Кони уже ушел с поста обер-прокурора, став рядовым сенатором, а Никитин упорно требовал привлечения Анатолия Федоровича к ответственности. Толстые пакеты из городка Сквира Киевской губернии шли теперь не только в сенат, но и в другие правительственные учреждения.
3 октября 1892 года, получив должное оформление, дело по жалобе коллежского советника Никитина на действия бывшего обер-прокурора Кони было принято к рассмотрению сенатом и 15 октября решено на соединенном присутствии 1-го и кассационных департаментов. Обвинения коллежского советника были признаны не заслуживающими внимания.
Год от года копилась глубокая душевная усталость, горечь от окружающего непонимания и недоброжелательности.
Кони начинает думать об отставке. Его грызет неудовлетворенность тем, как закончилось следствие о крушении царского поезда. Победоносцев не упускает любого повода, чтобы высказать неудовольствие за «вредное и разрушительное для православной церкви направление», которого якобы придерживается сам Анатолий Федорович и уголовно-кассационный департамент сената. А это «разрушительное» направление — не что иное, как стремление Кони, человека глубоко верующего, противодействовать жестокой и не свойственной православию политике Победоносцева в отношении инаковерующих — раскольников, лютеран… С легкой руки Константина Петровича уголовным преследованиям подвергаются люди, насильно или обманом приписанные к православной церкви и приводящие своих детей на конфирмацию к лютеранскому пастору.
«Я… совершил бы нарушение своих обязанностей толкователя закона и гражданина, для которого не может быть безразличной ошибочная и пагубная политика на окраине государства и который не может ей содействовать услужливым извращением истинного смысла законов», — писал Кони министру юстиции Манасеину, накануне рассмотрения в сенате апелляции 70-летнего пастора Вильгельма Гримма, осужденного за то, что десять лет назад конфирмировал крещенную в православную веру крестьянку Вассиловскую.
Кони победил в этом деле. Как побеждал и во многих других подобных, но внутренняя неудовлетворенность и пессимизм на время — только на время! — взяли свое. Он написал прошение об отставке. 15 июня 1891 года Кони был освобожден от обязанностей обер-прокурора и назначен сенатором.
«В Сенат коня Калигула привел, стоит он убранный и в бархате и в злате. Но я скажу: у нас — такой же произвол: в газетах я прочел, что Кони есть в Сенате», — писал в «Новом времени» Буренин.
О том, что творилось в душе у Анатолия Федоровича, когда он ушел с поста обер-прокурора кассационного департамента сената и стал рядовым сенатором, свидетельствует письмо Морошкину: