Для решения столь важных задач требовалось совершенствование разведки, ее структуры, организации управления ее деятельностью и методов ведения работы. В 1947–1953 годах имела место структурная перестройка военной и политической разведок, направленная на повышение эффективности их деятельности и поиск оптимальных форм управления в условиях нарастания конфронтационных тенденций.
30 мая 1947 года Совет министров СССР принял постановление о создании Комитета информации (КИ) при Совете министров СССР, на который возлагались задачи политической, военной и научно-технической разведки. Единый орган разведки возглавил В. М. Молотов, бывший в то время заместителем председателя Совета министров СССР и одновременно министром иностранных дел. Его заместителем, который занимался участком внешней разведки, был назначен опытный чекист, в прошлом руководивший работой разведывательных и контрразведывательных подразделений органов госбезопасности, Петр Васильевич Федотов.
Однако время показало, что объединение столь специфичных по методам деятельности военной и внешнеполитической разведок в рамках одного органа при всех преимуществах затрудняло процесс управления их работой. Уже в январе 1949 года правительство приняло решение о выведении из Комитета информации военной разведки и возвращении ее в Министерство обороны.
В августе 1949 года Комитет информации был передан под эгиду МИДа СССР. Руководителем КИ при МИДе СССР стал новый министр иностранных дел А. Я. Вышинский, а позднее — заместитель министра иностранных дел В. А. Зорин.
19 сентября 1949 года первым заместителем председателя КИ, отвечавшим за текущую оперативную работу внешней разведки, был назначен Савченко.
В ноябре 1951 года правительство приняло решение об объединении внешней разведки и внешней контрразведки под руководством Министерства государственной безопасности (МГБ) СССР и создании за границей единых резидентур. Комитет информации при МИДе СССР перестал существовать. Внешняя разведка стала Первым главным управлением МГБ СССР, которое возглавил С. Р. Савченко. Одновременно он стал заместителем министра госбезопасности и членом Коллегии МГБ СССР.
На период его руководства советской внешней разведкой приходится приобретение ею нескольких наиболее ценных источников информации послевоенных лет.
Так, в конце 1950 года в Германии был привлечен к сотрудничеству западный немец журналист Хайнц Фёльфе. На встрече с представителем Центра в августе 1951 года в Восточном Берлине перед ним была поставлена задача предпринять шаги по устройству на службу в организацию Гелена — разведывательную структуру, действовавшую на территории Германии с 1946 года и находившуюся под контролем США. Напомним, что в апреле 1956 года руководство ФРГ создало на базе организации Гелена самостоятельное ведомство — Федеральную разведывательную службу Германии.
Фёльфе успешно справился с заданием. Уже в октябре 1951 года его зачислили в генеральное представительство организации Гелена в Карлсруэ. Материалы, которые стали поступать от него, представляли большой интерес для советской разведки. В частности, были получены документы, раскрывавшие роль западногерманских спецслужб в организации путча в ГДР 17 июня 1953 года, что сыграло большую роль в его подавлении.
Один из ветеранов советской внешней разведки, руководивший работой с источником с позиций Центра, вспоминал:
«Фёльфе был совершенно удивительным человеком как по своему жизненному пути, полному превратностей и метаморфоз, так и по эффективности результатов своей работы. Через его руки шли еженедельные политические обзоры, которые докладывались канцлеру ФРГ Конраду Аденауэру. Но чуть раньше они уже были в Центре и в Кремле. Полученная от Фёльфе информация позволила советскому правительству заранее ознакомиться и подготовиться к тем вопросам и предложениям, с которыми в 1955 году Аденауэр прибыл в Москву с официальным визитом».
Вскоре по заданию советской разведки Фёльфе добился перевода в центральный аппарат организации Гелена, расположенный в небольшом городке Пуллах под Мюнхеном.
Весной 1951 года, будучи резидентом СИС в Сеуле, добровольно, по идейным соображениям установил связь с советской внешней разведкой кадровый сотрудник английской разведки Джордж Блейк. Он регулярно сообщал ценные сведения о спецслужбах Англии, в частности об их структуре, функциях и кадровом составе.
В дальнейшем Блейк заранее информировал Центр о готовящихся операциях американских и английских спецслужб по прокладке тоннелей к линиям связи советских войск в Австрии и ГДР, в результате чего советская разведка смогла провести крупномасштабные акции по дезинформации противника.