В греко-болгарской церковной распре К. Леонтьев решительно стал на сторону греков, в то время как на стороне болгар было русское общественное мнение, и славянофилы, и Катков, и наш посол гр. Игнатьев. Сущность этой распри заключается в том, что болгары, зависевшие в церковном отношении от греческого патриарха в Константинополе, захотели самостоятельности и отделились от патриарха. Поместный собор в Константинополе в 72-м году объявил их "схизматиками". "Славянская" политикана Востоке требовала сочувствия болгарам. В этом видели борьбу за национальную независимость. Леонтьев же видел в этом ущерб для Православной Церкви на Востоке, подрыв авторитета патриархов, победу "демократических" начал над "византийскими" началами. К. Н. всегда ставил интересы религиозно-церковные выше интересов национальных и государственных. Православная Церковь на Востоке была ему дороже славянства. Отношение русского общественного мнения к болгарам он называл болгаробесием. И с политической точки зрения он лучше других видел, что болгары не будут друзьями России. Но главное не в этом. Он не мог примириться с демократизацией
Церкви, к которой вели национальные притязания болгар. Он был сторонником строго-иерархического строя Церкви и скорее склонен был сочувствовать папизму, чем демократизму в Церкви. По его мнению, "и Катков, и Аксаков так и скончались в заблуждении по греко-болгарскому вопросу". "Разница только та, что у Аксакова заблуждение было, вероятно, более искреннее и вместе с тем более близорукое, опять-таки либерально-славянское по существу его {собственной веры; а} у Михаила Никифоровича - едва ли! Он имел тут, по всем приметам, другие виды, гораздо более дальнозоркие и вместе с тем более для Церкви вредные. Ему, видимо, хотелось вообще заблаговременно сокрушить силы всех восточных Церквей, чтобы в случае скорого разрешения восточного вопроса русскому чиновнику не было бы уже там ни в чем живых и твердых препон... Дух Феофана Прокоповича и подобных ему!" Такой патриотической политики, которая обращает Церковь в своё орудие, К. Н. не выносил. Церковь для него выше патриотизма. В этом мотиве он близок к Вл. Соловьёву. В греко-болгарском вопросе у К. Н. возникло разногласие с Игнатьевым, которое сделало затруднительной его дальнейшую дипломатическую службу на Востоке. К этому присоединились и причины чисто личного характера. Он должен был выйти в отставку. Приспособляться К. Н. не умел. Он отличался прямотой характера. В это время уже кончался период упоенности жизнью Востока; он пережил духовный кризис, изменивший все направление его жизни.