Появление первых боеспособных лодок вызвало огромную тревогу во время русско-японской войны, причем их боялись как японцы, так и русские. Один из журналов того времени писал:
«Моральное действие выстрела миной с подводной лодки, конечно, потрясающе. Это хорошо и ярко определилось при гибели «Петропавловска» и аварии «Победы». Последняя, получив неожиданную подводную пробоину и предполагая, что она атакована японскими подводными лодками, около получаса отстреливалась мелкокалиберной артиллерией в воду. Еще более яркий пример с японским броненосцем «Хатсусе», наткнувшимся на мину, выставленную нашим заградителем «Амур». Все сопровождение броненосца, как по команде, открыло бешеный огонь с обоих бортов в воду, продолжавшийся сорок пять минут, подозревая атаку русских подлодок, которых, к сожалению, в Порт-Артуре не было. Несколько лодок находилось во Владивостоке, чье присутствие, несомненно, удерживало японцев от более энергичной его блокады».
Русско-японская война дала мощный толчок развитию русского подводного кораблестроения. В военно-морских кругах велись тогда горячие споры о том, каким должен быть возрождаемый русский флот, какие корабли должны стать его ядром — новомодные дредноуты или стремительные миноносцы и подводные лодки?
Эти споры активизировали изобретательскую и конструкторскую деятельность, и после русско-японской войны в России велись интересные разработки, зачастую опережавшие то, что делалось на Западе. Так, именно в этот период С. Джевецкий спроектировал экспериментальную подводную лодку «Почтовый», которая вошла в историю как первый в XX веке подводный корабль с единым двигателем. Джевецкий отказался от электродвижения под водой. Вместо аккумуляторных батарей он установил 45 баллонов со сжатым до 200 атм. воздухом. Когда лодка находилась под водой, сжатый воздух из баллонов приводил в движение воздушный двигатель, соединенный с газовым насосом, и поступал во внутренние помещения лодки. Бензиновый мотор засасывал воздух из машинного отделения, а выхлопные газы выбрасывал в водонепроницаемую надстройку, откуда они откачивались газовым насосом и выдавливались в воду через две длинные дырчатые трубы. Зарядка баллонов сжатым воздухом производилась как и зарядка электрических аккумуляторов, когда лодка шла на поверхности воды. Хотя лодка «Почтовый» показала неплохие результаты, ее основной недостаток — пузырчатый след при движении под водой — оказался неустранимым, и в 1913 году она была исключена из списков флота. Считалось, что другую интересную новинку — устройство, позволяющее двигателю работать во время хода лодки под перископом, — разрабатывал в 1915 году командир «Акулы» лейтенант Н. Гудим. Но лишь недавно советский исследователь Ю. Стволинский установил, что еще в 1910 году начал разрабатывать эту идею поручик корпуса инженеров-механиков флота Б. Сальяр: в октябре 1910 года устройство для работы двигателя под водой было испытано на тихоокеанской подводной лодке «Фельдмаршал граф Шереметев». Лишь через 34 года немцы применили эту идею под названием «шнорхель». Было и много других талантливых изобретателей и конструкторов, но, несомненно, наибольший вклад в развитие подводных лодок в России внес И. Г. Бубнов...
Среди зачинателей подводного кораблестроения, принявших, если так можно выразиться, ключевые решения, приведшие к появлению классического типа дизель-электрической лодки, Бубнову принадлежит место не менее высокое, чем Голланду и Лобефу. Ведь именно эти конструкторы разработали три основных типа подводных лодок. В конструкциях Голланда главная водяная цистерна занимала нижнюю часть лодки, причем центр тяжести этой цистерны находился на одной вертикали с центром тяжести лодки. Размеры цистерны выбирались так, чтобы при полном ее заполнении лодка не шла камнем ко дну. Поэтому заполнить цистерну можно было очень быстро при открытых до конца кингстонах, не опасаясь дифферента. Недостаток голландовской схемы — массивность прочного корпуса, внутри которого должны были размещаться все балластные и топливные цистерны.
Лобеф вывел все главные цистерны из прочного корпуса. И поскольку они заполнялись полностью, он сделал их свободно сообщающимися с забортной водой. Хотя наружный корпус получился легким, связи между ним и прочным корпусом были столь тяжелыми, что выигрыша в весе не достигалось. Поэтому Бубнов предложил разместить легкие, сообщающиеся с забортной водой цистерны в носу и на корме, благодаря чему достиг максимального облегчения прочного корпуса.
Второй особенностью так называемого русского типа подводных лодок, разработанного Бубновым, было необычайно мощное торпедное вооружение. В то время как на иностранных лодках устанавливалось 1–2 трубчатых торпедных аппарата, на отечественных лодках число торпедных аппаратов было 4–8. Это достигалось за счет поворотных решетчатых аппаратов конструкции С. Джевецкого, устанавливаемых в надстройке. Такие аппараты при выстреле не давали демаскирующего лодку воздушного пузыря и не требовали довольно сложной системы компенсации веса выстреленной торпеды. Но главной причиной приверженности русских моряков к решетчатым аппаратам была возможность залповой торпедной стрельбы. Поэтому, несмотря на опасность оборжавления торпед и возможность их повреждения при погружении лодки на предельные глубины, этот тип вооружения долго сохранялся на лодках, спроектированных И. Бубновым.