Только теперь она почувствовала, что теряла со смертью мужа. Прежде всего она заметила, что дворянство в Шотландии привыкло к мятежам и захватило власть в свои руки, что ее королевство против ее воли вступило в союз с соседней, прежде недружественной державой, что народ исповедует чужую религию. Обычаи, власть, политика, вера — все ей грозило опасностью. Она предалась глубокой печали и лишь через несколько недель стала принимать иностранных послов, выражавших ей соболезнование и уже делавших ей от различных королей предложения вступить в новый брак. Елизавета послала графа Бедфорда выразить ей сожаление, надеясь, что этим склонит ее подписать парламентские акты о господстве реформаторской религии в Шотландии. Но Мария Стюарт, ответив Елизавете любезным письмом, не подписала актов. Между тем партия католиков предложила ей немедленно вернуться в Шотландию. Через некоторое время Мария Стюарт решила отправиться в Шотландию, скорее не по желанию, а по необходимости. Она страшно боялась этого переезда. 14 августа она села на корабль в Кале. Заливаясь слезами, печально повторяла: «Прощай, Франция!..»
Через 7 дней она благополучно прибыла в Лейтский порт. Ее встретили народ и дворянство, проводившее королеву в замок ее предков, в Эдинбург. Радушие граждан хотя и тронуло ее, но не обрадовало. Она сравнивала бедность и дикость своей страны с пышностью Парижа. Вечером граждане Эдинбурга явились под ее окна, выражая музыкой своих скрипок и пением псалмов радость по случаю ее приезда.
Марии Стюарт пришлось столкнуться с самыми разнообразными затруднениями на шотландском престоле. Ей пришлось вести борьбу с господствующей протестантской партией. Нокс восстал против исповедания ею католической религии. Он, как иудейский пророк в древности, предстал пред ней и напомнил о страшных казнях Божиих за идолопоклонство. Однако королева, напоминая ему об обязанностях подданного и христианина, иронически заметила: «Значит, подданные мои должны повиноваться вам, а не мне; они должны делать то, что им угодно, а не то, что я им приказываю.
Вместо того чтобы быть их королевой, я должна учиться быть их подданною.»
Нокс, отступая, сказал: «Я желаю одного, чтобы государи и подданные повиновались Богу, который повелевает королям и королевам быть отцами и матерями, чтобы питать свою церковь…» Мария ответила: «Не вашу церковь я буду питать, а римскую, которую считаю истинною церковью Божиею…» Нокс обрушился на римскую церковь, но королева, не слушая, немедленно отпустила его. Однако, следуя благоразумным советам графа Джемса и государственного секретаря Летингтона, она объявила в совете, что считает и признает господствующей религией протестантскую, а всякое действие, направленное против нее, будет караться смертью.
Для себя Мария выхлопотала у совета свободу вероисповедания. Вскоре она занялась внутренним распорядком в своем государстве. Лорду Джемсу, наименованному графом Map, по случаю его супружества с дочерью графа Маршала она вверила чрезвычайную власть для восстановления покорности в мятежных округах. Многие фамилии высшего дворянства, как, например, Гордоны, Гамильтоны, графы Гэнтли и др., были недовольны падением католицизма и составили заговор против королевы и Мара. Но граф Map случайно узнал об этом заговоре и арестовал Гамильтонов, графа Босуэла и др. Гордоны и граф Гэнтли собрали небольшое войско и укрепили свои замки.
Королева во главе небольшой армии под предводительством графа Мара отправилась к их владениям, осадила их и одержала полную победу. Представители этих непокорных фамилий были арестованы, а имения их конфискованы. Теперь Марии Стюарт предстояло сблизиться, хотя бы внешне, со своей могущественной соседкой Елизаветой, дабы добиться от нее прав на наследование английской короны. Но, преследуя эти важные планы, Мария Стюарт отдавалась в то же время увлечениям своих лет и своего характера при шотландском дворе, который она оживляла своею молодостью, вкусом, прелестями и грацией. Она перенесла туда обычаи и удовольствия французского двора. Окруженная привлекательными молодыми женщинами из лучших фамилий государства, она занималась то музыкой, то танцами, то соколиной охотой или сочиняла стихи с теми, кто так же, как и она, любил поэзию.