В конце июля начались бомбардировки города. К Москве удавалось пробиться лишь одиночным самолетам врага, но все же несколько бомб упали на известные всем москвичам здания — театр имени Вахтангова на Арбате, Всесоюзную книжную палату на Кремлевской набережной, даже ЦК ВКП(б) на Старой площади и территорию самого Кремля.
В Москву привезли первых раненых фронтовиков. Очень скоро санитарные эшелоны стали прибывать на столичные вокзалы каждодневно. Мест в стационарах не хватало, под госпитали спешно переоборудовали школы. Ближе к осени начали эвакуировать из города оборонные предприятия вместе с персоналом и детей. Затем дошла очередь и до правительственных учреждений, вплоть до наркоматов, так что в городе Куйбышеве (ныне снова Самаре) образовался как бы филиал столицы.
В города Поволжья, Урала и Сибири были направлены сотрудники, а главным образом, сотрудницы НКВД, в которых на тот момент не было острой нужды ни в Москве, ни на фронтах.
Была откомандирована в Новосибирск, в управление введенной повсеместно военной цензуры на время и Мария Вильковыская вместе с матерью Короткова и теперь уже двумя детьми — как раз в 1941 году в семье появилась вторая дочь — Ксения.
Надсадный вой сирен воздушной тревоги теперь раздавался уже каждую ночь, иногда по нескольку раз. Город мгновенно пустел — под бомбоубежища стали использовать и станции метро. На «Маяковскую» женщины с детьми теперь спускались загодя, еще с вечера.
Война привела к очередной, восьмой по счету (и далеко не последней) реорганизации органов государственной безопасности. Подобные новации никогда не проходили безболезненно для сотрудников: менялись не только названия (что терпимо), но и отношения между людьми в связи с многочисленными перемещениями по службе, то есть кадровыми перестановками.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 20 июля 1941 года НКВД и НКГБ были вновь объединены в НКВД СССР. Наркомом назначили Лаврентия Берию, его первым заместителем снова стал Всеволод Меркулов. 30 июня был образован Государственный Комитет Обороны (ГКО) под председательством И. В. Сталина. Берия был назначен членом ГКО. Если учесть, что одновременно он являлся заместителем Председателя Совнаркома СССР и кандидатом в члены Политбюро ЦК ВКП(б), то можно лишь догадываться, какая громадная власть была сосредоточена в его руках.
Заместителями наркома НКВД были назначены Виктор Абакумов (он же начальник управления Особых отделов), Авраамий Завенягин, Богдан Кобулов, Иван Серов, Иван Масленников (по войскам), Сергей Круглов и Василий Чернышев. Впрочем, Масленников и Круглов вскоре убыли на фронт, но с сохранением статуса замнаркома.
Главное управление государственной безопасности в объединенном наркомате воссоздано не было. Оперативно-чекистские управления курировали напрямую сам нарком и некоторые его заместители.
Зарубежная разведка теперь называлась Первым управлением, начальником его остался Павел Фитин. Курировал отныне управление нарком. Статус бывших отделений также был повышен — они стали отделами.
Контрразведка именовалась Втором управлением, Петр Федотов также остался его начальником. Курировал контрразведку первый замнаркома Всеволод Меркулов.
Таким образом, если раньше Берия был для Короткова хоть и прямым, но достаточно отдаленным высшим начальником, то теперь стал почти что непосредственным. Это во много крат увеличивало его ответственность.
Ушел из бывшего 5-го отдела, ныне Первого управления, заместитель его начальника Павел Судоплатов. Еще 5 июля была образована Особая группа для руководства разведывательно-диверсионной работой в тылу врага, то есть на оккупированной немцами территории Советского Союза. Судоплатова назначили ее начальником. В октябре Особая группа была преобразована во 2-й отдел, а в январе 1942 года в Четвертое управление НКВД СССР. В распоряжение группы направили большое число профессиональных чекистов — и разведчиков и контрразведчиков. Некоторых по «заявке» Судоплатова нарком разрешил взять прямо из… внутренней тюрьмы, в том числе смертников Якова Серебрянского, Петра Зубова, Ивана Каминского. Зачислили, точнее восстановили в кадрах, и некоторых ветеранов, в разное время и по разным причинам уволенных, но репрессиям не подвергшихся. Так, добровольно вернулся на службу уволенный в 1939 году самим Берией за необоснованное массовое прекращение «следственных дел» капитан госбезопасности Дмитрий Медведев, будущий прославленный партизанский командир, писатель, Герой Советского Союза.