5 апреля сын Веласко письменно разоблачил заговор, но Аудиенция повела себя столь же нерешительно, как и Мартин; был назначен новый вице-король, а члены Аудиенции не могли решить, на чью сторону встать. В это время супруга Мартина родила двойню. Младший маркиз неосознанно отпраздновал крещение с отцовской пышностью: 30 июня собор Мехико стал сценой спектакля, поставленного с нарочитой роскошью. Сторонники Кортеса торжествовали победу. По крайней мере, им казалось, что они победили.
16 июля 1566 года Мартин был вызван на заседание правительства Новой Испании и был арестован Цейносом, председателем Аудиенции. Это было началом масштабной полицейской операции, в ходе которой были задержаны все оппозиционеры. Луис и Мартин, сын Марины, были брошены в тюрьму в тот же день. В камере к ним присоединились прочие видные заговорщики общим числом около шестидесяти. Суд был скорым, и приговора долго ждать не пришлось: смертная казнь для двух сыновей-метисов Кортеса и двух братьев Авила. 3 августа Гиль и Алонсо де Авила были обезглавлены на главной площади Мехико; их дома были разрушены, а земли засеяны солью. Имя Кортеса напоминало теперь лишь о проигранном деле.
Францисканцы дорого поплатились за участие в противостоянии с короной на стороне независимой и креольской Мексики. В 1565 году архиепископ Монтуфар лишил орден церковных привилегий, пожалованных братьям в 1522 году. Король запретил всякую деятельность монахов, направленную в защиту интересов коренного населения. Совет Индий воспрещал им печатать книги, имеющие отношение к индейцам. У францисканцев отняли смысл жизни.
Но история повторилась, как в хорошо поставленной трагедии наступает неожиданный театральный финал: 17 сентября 1566 года в Веракрусе высадился новый вице-король Гастон де Перальта. Едва ступив на берег, представитель испанского короля приостановил все судебные процессы. Он не спешил в Мехико, собирал информацию, изучал настроения. Месяц спустя прибыв в столицу Новой Испании, он отозвал войска, мобилизованные Аудиенцией, вернул пушки в арсеналы и отменил принятые ею параноидальные меры безопасности. Ко всеобщему удивлению, Перальта оказался сторонником Кортеса! Он воспротивился конфискации имущества маркиза, которой требовал Филипп II, достойный сын своего отца. Вице-король отменил смертный приговор двум старшим братьям, затем отклонил обвинения следователей одно за другим. Но вице-король поддержал сыновей Кортеса только потому, что почувствовал ауру, все еще окружавшую конкистадора даже спустя двадцать лет после его кончины. Планы бюрократов и налоговые ожидания королевских казначеев столкнулись с реальностью: Мексика, такая, какой ее создал Кортес, не являлась ни копией, ни частью Испании. Это была совершенно другая страна, со своей самобытностью, своей территорией, жителями и цивилизацией с трехтысячелетней историей.
Филиппом II овладел страх. Он даже послал наемных убийц. Но осторожный вице-король Перальта счел более правильным экстрадировать маркиза и его брата Луиса в Испанию, чем спас им жизнь. В апреле 1567 года братья оставили Мексику и вскоре предстали перед Советом Индий. Из трех назначенных королем визитадоров только двое добрались до Веракруса живыми: Алонсо Муньос и Луис Карильо. Прибыв в Мехико 11 ноября, они отстранили от должности вице-короля за его потворство сторонникам Кортеса и францисканцам. Опираясь на доминиканцев, аппарат инквизиции и королевских казначеев, Муньос повел себя как настоящий тиран. Он снова арестовал всех участников заговора и устроил над ними суд скорый и неправый. В январе 1568 года посыпались смертные приговоры, отличавшиеся только способом приведения в исполнение: повешение, обезглавливание, четвертование, колесование… 8 января сын Марины был подвергнут зверским пыткам и смог их вынести исключительно благодаря природному здоровью. Он был виноват только в том, что родился сыном Кортеса, и к тому же метисом. Муньос нашел меру воздействия против тех, кого не мог казнить: изгнание из Новой Испании. Перед высылкой в Кастилию они должны были уплатить штраф в звонкой монете, все их имущество конфисковывалось, как и у казненных. Метисы и креолы покидали Мексику, их владения переходили в новые руки, мечта Кортеса рассыпалась в прах.
Останки Эрнана Кортеса в конце концов достигли Новой Испании, но уже слишком поздно. В июле 1566 года, когда гроб с прахом конкистадора выгружали в Веракрусе, его трое сыновей томились в тюрьме. Событие, которым должно было стать это возвращение, уже не отвечало изменившейся обстановке.
Как и в 1530 году, когда Кортесу запретили находиться в Мехико и он был вынужден укрыться в Текскоко, его останки также оказались изгнанными за ворота столицы. Его без лишней огласки похоронили во францисканском монастыре Текскоко рядом с матерью и безвременно усопшим сыном. Кортес оставался изгоем, а слава его была забыта.
Совет Индий выработал тот же подход, что и Муньос: память о Кортесе было необходимо искоренить. Мартин и Луис были отправлены воевать с берберами, маркграфство Кортеса конфисковали, а маркиза заставили выплатить сто пятьдесят тысяч дукатов «залога». Корона разорила наследников маркиза дель Валле, чтобы больше никто в Новой Испании не мог соперничать с королевской властью. Францисканцы напрасно возродили миф о Кецалькоатле: ни Кортес, ни пернатый Змей не пришли вернуть себе власть над Мексикой. Официальные запреты контрастировали с крепнувшей легендой. Память о конкистадоре ожила в двух новых летописях: хронике Франсиско Сервантеса де Салазара, составленной в Мехико в 1566 году, и труде Берналя Диаса дель Кастильо, начатом в Сантьяго в Гватемале и завершенном в 1568 году. Обе рукописи были тайно помещены в архив, как и все хроники францисканцев об индейцах. Труды д'Ольмоса, де Мотолинии и де Саагуна так и не были опубликованы. Хотя апостолические привилегии францисканцев были восстановлены папой Пием V в 1567 году, уже в 1572 году орден полностью утратил свою независимость. Монахи были наказаны за преданность индейцам, защиту языков коренного населения и интерес к доиспанской истории.